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按理说，阐明了慧远以如来藏缘起为宗的立场就可以直接展开其真识心缘起思想了，但问题却没有如此简单。学界都知道慧远是借助《楞伽经》《大乘起信论》和《摄大乘论》等经论的心识思想来铺陈其如来藏缘起系统的，但因为慧远自著的《义章》是一部佛学思想词典类的著作，每论及一义皆将他所判四宗的相关教理罗列在一起，而且往往从总别、开合、增一数等多个侧面对法义加以条分缕析，致使其真识心缘起系统的基本架构隐晦不彰。而时人的研究亦多未从把握此一架构入手，因此笔者以为有必要先对其思想系统加以衡定。
慧远说，如果随识的含义来分的话，识可被分成无量种。为什么说识无量？他并未加以说明，但这应当是本于《摄大乘论》的思想。《摄大乘论》基于万法唯识的教理，将本识（玄奘译为阿赖耶识）、第七识、前六识以及六识所认识的境相都可以称为识 487 ，人所对境无有限量，其识自然也就无有限量。不过，这是从经验事实的角度说的，理论上不能直接对无量的识进行分析。在理论上，慧远最多对识作出了一、二、三、四、五、六、七、八、九、十、十一、十三、十八、六十等种种区分，而其中直接关乎其心识系统的仅有八识、三识和四识三种分类，其他种种分类要么是从其他角度而有的立论，要么是依此三种心识说而来的开合，对其系统并无影响。
先看其八识说。据慧远称，他是依《楞伽经》安立“八识”之名的 488 ，所谓八识指眼、耳、鼻、舌、身、意、阿陀那和阿梨耶这八种识。佛经所以安立八识，慧远说前六种是“随根受名；后之二种，就体立称” 489 。根即眼、耳、鼻、舌、身、意六根，尘即色、声、香、味、触、法六种境，“依此生心，能有了别，故名眼识乃至意识” 490 。
至于后两识，则是因为“体含真伪，故复分二” 491 。所谓“体含真伪”，并不是说七八二识真妄间杂，而是说第七识体妄、第八识体真：
第七妄识，心外无法，妄取有相，故名为妄。第八真识，体如一味，妙出情妄，故说为真；又复随缘种种故异变，体无失坏故名为真，如一味药流出异味而体无异；又以恒沙真法集成，内照自体恒沙真法 492 ，故名为真。 493
慧远说第七识之体为根本无明，不能如实知“心生法生，心灭法灭”的实相，妄执一切法为实有，因此此识是妄识，这与他后面对妄识的相关论义似不一致，依彼处说，此识是因为认实为虚而成为妄，即此识将真识心中的一切清净佛法颠倒为实体之法来了别。实际上，慧远此处是从体上说，彼处为从用上论，本质上是一回事，我们不能被他立论角度的差异所迷惑。
阿梨耶识有三义，即如如一味义、不变随缘义和真法集成义，第一、三两义都是约体相显阿梨耶识体真，第二义则是约用明阿梨耶识真性不改为真。慧远在这里是以识体之真妄作为七、八二识成立的理由，并因之称第七识为妄识、第八识为真识，与摄论师和唯识宗的论说都非常不同（详见下文）。这是他的真识心缘起观使然。
次观其三识说。慧远讨论八识，其实是为详论三识做一铺垫，他在论述中最重视的是三识，其关于识的内涵、依持、熏习、三性、相起相摄、有修无修、有尽无尽等内容，都是在三识系统中得到处理的。
慧远的三识说亦本于《楞伽经》，该经中佛陀回答大慧菩萨关于识有几种生灭相的问题时说：“略说有三种识，广说有八相。何等为三？谓真识、现识及分别事识。” 494 该经约三识谈到真识受不思议熏变而成现识和分别事识，慧远则先广论八识与三识的开合关系，而后再论述三识的内容和性质。
慧远认为，八识摄为三识可以从三门来论述：一是从事识、妄识和真识相分说，二是从三种识的真妄离合说，三是从三种识的真妄和合本末说。由于此中第二门所论为识的三性三无性问题，不能算是对识本身的分类，故实际上只有两重三识 495 ，即真识、妄识与事识一重以及本识、阿陀那识与生起六识一重。
慧远从第一门种开出的三识（第一重三识），实际上是依八识说略作变化的结果。他约识的“从本起末” 496 义说：
从本起末，亦得分三：废末谈本，心性本净，缘起集成无尽法界，是其真识；依本起末，认实为虚、非有见有，是其妄识；依本起末，认虚为实，非实见实，是其事识。 497
慧远称此门为“事、妄及真离分为三”。从其八识义看，此“离”是指从分相门将阿梨耶识分为真妄二识，因此这里的真识仅仅以自性清净的真识心的体性“缘起集成无尽法界”为义，相当于其八识说中第八识的第一、三两义。“依本起末”包括“认实为虚”和“非有见有”两义，前者是依此真识心而起的妄识不知法界真实常、乐、我、净的实性，妄认为虚妄法；后者指妄识将虚妄法执为有差别性相之法，是则此处妄识的内容相当于其八识说中阿梨耶识的随妄流转（已被根本无明熏覆）义与依之而起的阿陀那识之和。依妄识而起的事识进一步执定妄识所执诸法差别性相为实有，这与其八识说中事识的内涵相同。
其由“真妄和合本末分三”一门中的“初定其相”项开出的三识（第二重三识），则是依《摄大乘论》而来。他说：“初定其相，如《摄论》说：一是本识；二阿陀那识；三生起六识。” 498 其中本识指真妄和合的阿梨耶识：
据妄摄真，真随妄转，共成众生。于此共中，真识之心为彼无始恶习所熏，生无明地，所生无明不离真心，共为神本，名为本识，此亦名为阿梨耶识。故《论》 499 说言：“如来之藏，不生灭法与生灭合，名阿梨耶。” 500
我们发现，慧远虽然说依据《摄大乘论》安立上述的三识，但实际上他提供的教证是《起信论》，这似乎不应理。不过，因为《起信论》的阿梨耶识是已被根本无明熏染了的染污识，与《摄大乘论》中的本识相同，因此他可以从教理上借之来证成其说。此中“真”指如来藏之体，即真识心；“妄”指无始恶习；“神本”，依慧远所谓“本识是心神知之性，心于诸法性能领记” 501 之说，知其所指为“神知之本”，即本识是其余诸识能了别诸法的根本。慧远说本识为阿梨耶识的别名，它由众生本具的不生不灭的真识心与生灭的根本无明和合而成，由于此识为众生一切识之本，故称为本识。实际上，此处的本识仅仅相当于其八识说中阿梨耶识的第二义，即阿梨耶识的在缠义。
阿陀那识为本识所生之识：
此阿梨耶为彼无始我见所熏，成我种子。此种力故，起阿陀那执我之心，依此我相起于我见、我慢、我爱。 502
阿梨耶识因受到无始恶习中的我见习气所熏（即唯识家所说的我爱熏习），形成了我见种子。我见种子不断积聚，便形成一种执著阿梨耶识为自内我的妄执；由此妄执复生我见、我慢、我爱等心所，而与此识相应。是则慧远所谓阿陀那识相当于其八识说中的妄识。
生起六识亦为本识所生：
又此本识为无始来六识、根、尘名字熏故，成其种子。此种力故，变起六种生起之识及六根、尘，如依睡心起于梦中根、尘及识。 503
本识受无始已来即有的六识、六根和六尘的名字习气所熏习（即唯识家所说的名言熏习），便生起六识、六根和六尘。是则慧远所谓生起六识与其八识说中的事识亦无二致。
复探其四识说。慧远从四门讨论了四识，即开妄合真、开真合妄、真妄俱开、体相不同，而此中对确定其真识心缘起思想的基本架构有影响者则是三四两门：
三、真妄俱开以说四种。真中分二：一、阿摩罗识，此云无垢，亦曰本净。就真论真，真体常净，故曰无垢，此犹是前心真如门。二、阿梨耶识，此云无没，即前真心随妄流转，体无失坏，故曰无没，故《起信论》言：“如来之藏，不生灭法与生灭合，名为阿梨耶。”妄中分二，谓妄与事。真妄各二，故合有四。四、体相不同，离分四种。相状如何？如上所说，心真如门是其心体，即以为一。心生灭门是其心相，于中分三：一是本识，真与痴合；二依本识起阿陀那执我之识；三依本识起于六种生起之识。以此通前，合说为四。 504
慧远在论四识说前，曾依《起信论》的心真如和心生灭二门将识分为体与相两种，其中识体即心真如，相通指心真如与心生灭和合后的识。 505 因此，第三门中的“此犹是前心真如门”，即指阿摩罗识为心真如。这么说，慧远是要告诉我们：阿摩罗识等同于心真如，阿梨耶识等同于本识，妄识等同于阿陀那识，事识等同于生起六识。阿摩罗识一名虽本于真谛译籍，但慧远所理解的阿摩罗识不是摄论师所理解的转染还净以后在果位显现的纯净识，而是如来藏系经论中偏于体性位的心真如（即他所谓真识心），因此慧远在这里实际上是将摄论学的心识理论统摄于他依如来藏系经典成立的心识系统中了。而因为《义章》为词典类著作，所以他的种种心识说令人觉得好像是平列在一起的不同说法，他喜好分解的特点更增添了这一印象，结果难免让人眼花缭乱，不知所措。
目前，研究慧远心识思想者已不乏其人，如胜又俊教、吉津宜英、竹村牧男、韩镜清、廖明活、刘元琪等先生，他们皆取得了一定的成果，但可以说都未能将慧远上述诸说加以贯通。
这些成果可分成佛教历史学、佛教哲学和佛教教理学三类。胜又俊教、吉津宜英和竹村牧男先生的研究属于历史学的研究，因其研究题目和方法所限而无法会通慧远的心识思想，如竹村牧男先生一方面说，“慧远的识说，是在《楞伽经》所说‘八识’的框架中，由真谛译的《摄大乘论》与《起信论》所构成的”；另一方面又说，“实际上，慧远也立第九阿摩罗识，此时，关于第八阿梨耶识，他还说有‘认为识真’与‘真妄和合’两种立场”。 506 至于慧远的八识说与九识之间识什么关系，他则不置一词。
刘元琪先生的研究是具有相当深度的佛教哲学研究，但由于他是对慧远的《义章》加以通盘研究，重点不在研究慧远的宗义，所以也未关注这个问题。
韩镜清先生的研究虽属于佛学教理学的研究，由于他固守玄奘所传唯识学的立场，认为慧远的唯识思想充满错误，不但没有对慧远诸说加以会通，甚至指责 “慧远把八识分到三种境界里去而又造成两层缘起，第一层是依真起妄，第二层是依妄起事” 507 ，这无异于说慧远的思想根本不成立。
最具启发意义的是廖明活先生的研究，他的研究虽然主要是一种历史学的研究，并且最终也未能会通慧远的心识诸说，但他在一一细心地研究了慧远的心识思想后 508 ，于《净影慧远思想述要》一书中敏感地意识到了这一问题。他说，慧远的“八识分类中的阿陀那识，大体相当于《起信论》所说的意；而本识等三识分类中的阿陀那识，则跟瑜伽行典籍所说的染污意多有相近。还有八识分类中的阿梨耶识，基本上是指真心自体；而本识等三识分类则以‘阿梨耶’之名，来称呼跟妄相和合的本识。何以同名而有异义？这些异义当怎样会通？慧远并没有作出说明” 509 。廖明活先生提出的问题慧远自然不会说明，因为他的目标读者是佛教信仰者，不必要说明，但我们却应当对此加以说明。
综观慧远的心识诸说，其间的确存在着廖明活先生所说的障人眼目之处，这促使我们追问：慧远的种种心识说是否需要会通？能否会通？如何会通？
慧远的心识诸说需要会通，这有两方面的理由：一是来自佛学思想的要求，二是更好地理解慧远的真识心缘起思想的需要。就前一方面讲，慧远本身就依佛经告诉我们，学习和研究佛学应遵循“法四依”的原则，即依法不依人、依义不依语、依了义经不依不了义经、依智不依识。 510 如将这一原则贯穿于对慧远思想的研究，就意味着我们应当理解并揭示慧远本人有关心识思想的根本看法（了义），而不能停留于他的种种差别说法（不了义）。就后一方面讲，慧远有时从体性上称阿梨耶识为真识心，有时又从相用上称之为真妄和合识，有时从本的层面称妄识为真妄和合识，有时从末的层面称之为妄识，他这种做法也许更切合心识实际运作的过程，但在理论上却容易引起混乱；而如果我们仅仅依其中一门来理解慧远的心识思想，又难免出现偏差，比如慧远的研究者普遍认为他不立真妄和合的阿梨耶识、他仅仅在真识心与妄识之间论熏习（详见下文）等见解，就是偏取其思想之一端的结果。
慧远的心识诸说能够会通，其依据是诸说的差异主要是由于他讨论问题的方法和角度不同造成的，并无实质性的隔碍。例如，他在八识说中虽称阿梨耶识为真识，但无碍于他的阿梨耶识本身是真妄和合识；八识说与三识说中的阿陀那识摄义虽有广狭之异，要害在于两者皆非真妄和合识，而是妄识。
那么，我们应当如何会通慧远的心识诸说呢？笔者以为，应当以其四识说加以会通，理由不仅仅是四识说体现了慧远依真识心缘起思想统摄摄论学的心识理论的特点，还因为慧远论述众生烦恼的流转和还灭过程都以此说为纲骨，只因这两个过程都属于心生灭门，他才依旧沿用三识的说法。 511 这与他在《义章·八识义》中特重三识说并不矛盾，因为他在那里是分别从分相门和摄相门论三识的。这样，慧远的真识心缘起系统的基本构架就得到了初步厘定。
接下来，我们为了方便研究，还得确定一套统一的概念。由于慧远主要基于如来藏系经论来理解阿摩罗识，而其思想的特点又是以真识心缘起统摄摄论学的心识思想，因此笔者以为用他常常使用的另一个概念——真识心——来称此处的阿摩罗识较为合适（理由详见下文），而其他几个识则最好分别用阿梨耶识、妄识和事识的称谓。 512 这样，慧远的真识心缘起系统就可以用几个关键词简单标示如下：真识心→阿梨耶识→妄识→事识。如果从其佛学思想的所依体下贯其系统，这实际上不是一个由八识或三识而是由四识（合前六识而言）或九识（分前六识而言）构成的真识心缘起系统，形式上与摄论师的系统更加相近。