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西汉末年，外戚王莽掌握了实权，并于公元8年正式代汉称帝，改国号为“新”，建立了新莽政权，结束了西汉王朝两百多年的统治。
王莽建国以后，为了巩固统治、摆脱西汉末年以来严重的社会危机，在古文经学影响下，假托符命，仿照《周礼》进行了一系列的“复古改制”。
新莽王朝的中央监察机关，主要由司命府、大司徒司直和司隶校尉三机构组成。《后汉书·马援传》注说：“王莽置司命官，上公以下皆纠察。”由于丞相改名为大司徒，因此，原丞相司直也更名为大司徒司直。至于司隶校尉的职权基本同于西汉。
新莽王朝对地方的监察，大体是京畿地区“分三辅为六尉郡；河内、河东、弘农、河南、颍川、南阳为六队郡”，
置执法左右刺奸之官，负责监察。《汉书·王莽传》说：王莽“置执法左右刺奸，选用能吏侯霸等分督六尉、六队，如汉刺史”。
除此之外，将全国划分为二十五个监察区，或称州，或称部，每州、部各置一人监察，州为州牧，部为部监。他们是中央派出监察郡一级的官员，相当于西汉中后期的刺史，但其地位略高。《汉书·王莽传》说：王莽“置州牧、部监二十五人，见礼如三公。监位上大夫（即两千石官），各主五郡”。
然而，新莽政权从建立之始就处于极不稳定的状态。王莽进行的复古改制，不仅未能缓和社会危机，反而激化了社会矛盾，造成地方上的严重混乱和整个国家的动荡不安，以致人心思汉，天下起兵，新莽政权最终被农民起义军所推翻。公元25年，刘秀在河北即皇帝位，不久定都洛阳，建立起东汉政权。
光武帝刘秀为了巩固东汉政权，开始实施一系列稳定政局、恢复和发展经济的措施。同时，一改王莽遗留下来的复古式的国家体制，重新建立中央和地方的各级管理机构，恢复了西汉时期已逐步完善的监察制度。
东汉政权在承袭西汉旧制的基础上，为了适应东汉初期社会发展和加强专制集权的需要，对政权机构的设置进行了一系列改革。
首先，恢复了三公，但其作用、政治地位和权势均大大下降，由尚书台分割了三公的大部分职权。如《后汉书·仲长统传》所说：“光武皇帝愠数世之失权，忿强臣之窃命，矫枉过直，政不任下，虽置三公，事归台阁。自此以来，三公之职，备员而已。”在三公的分工上，将西汉末期的大司马列于三公之首，不仅掌管武事，也分管诸多行政事务。大司徒不再具有中枢决策大权，变成了“掌人民及四方民事功课”的管理机构。大司空不再行使监察权，变成了“掌四方水土功课事”的工程管理机构。
其次，尚书台成为中枢决策机构。尚书原是卑微之职，属少府，秦时设立。汉景帝时，只负收藏诏书之责。武帝时，始加重尚书的职权，参与议政，并分曹理事，成为皇帝近侧参政的办事机构。东汉时，光武帝重用尚书，使原属少府的尚书台机构，不仅“主赞奏事，总领纲纪”，“出纳王命，为王喉舌”，
还负责“选举诛赏”，权“重于三公”。
如同李固所说：“今陛下之有尚书，犹天之有北斗也。斗为天喉舌，尚书亦为陛下喉舌。斗斟酌元气，运平四时，尚书出纳王命，赋政四海，权尊埶重，责之所归。”
尚书台实际上已发展成为国家最高行政管理机关。其长官为尚书令，负责“出纳王命，敷奏万机”，成为实际的宰相。据《汉官仪》记载：“尚书令主赞奏，总典纲纪，无所不统……朝会下陛奏事，增秩二千石。”光武帝甚至特诏尚书令、御史中丞、司隶校尉于朝会时均专席独坐，京师谓之“三独坐”。
尚书台所属六曹机构，设六曹尚书，秩各六百石，分管六曹所属行政事务，成为实际的行政机构主体。
再次，建立州、郡、县三级地方制度。东汉初，实行郡县二级行政体制，并恢复了十三州部刺史，仍以“监察”为其主要职能。但至灵帝中平五年，为镇压黄巾起义，以州为单位，集中一州所辖各郡之军、财、民力，于是，改刺史为州牧，凡重要之州均由中央九卿官员充任州牧，直接掌握一州的军事、行政、民事大权。非九卿官员所领之州仍称州刺史。十三州逐渐演变成郡以上的一级行政管理机构，形成了州、郡、县三级地方制度。州级行政机构的设立，曾在一定时期、一定程度上加强了中央政府对地方的管理。但由于州牧拥兵自重，渐次成为地方割据势力。
东汉时期的监察体制，适应形势的变化和中枢机构的变动，也作了一些调整。
光武帝建立东汉政权以后，一方面认识到外戚势力的危险，“不假后党以权”。另一方面为避免三公权重的威胁，实行“虽置三公，事归台阁”。与此同时，进一步加强监察机关的职能。设御史台为中央主要的监察机构，不再称“府”。由于御史大夫更名为大司空，成为专管水土之官，完全脱离了监察系统，由此御史中丞遂正式成为法定的御史台最高长官。《历代职官表》卷十八说：“自东汉省御史大夫，而以中丞为台率，始专纠察之任，其后历代或复置大夫，或设中丞，规制各殊，要皆中丞之互名。”御史中丞不仅在朝会时设专席独坐，御史台也与尚书台、谒者台并称为“三台”，可见其权位之尊。西汉时御史府名义上隶属少府，少府掌管皇帝个人的饮食、医药、衣服、财货以及其他皇室事务。由于少府设在宫内，因此，御史府设在少府衙门，也有便于皇帝随时指挥掌控之意。东汉御史台建立以后，不再隶属少府，从此成为直属于皇帝的独立监察机构，标志着监察制度的重要发展。
御史中丞以下设治书侍御史二人，秩六百石。“掌选明法律者为之，凡天下诸谳疑事，掌以法律当其是非。”
设侍御史十五人，秩六百石，职掌“察举非法，受公卿郡吏奏事，有违失，举劾之。凡郊庙之祀及大朝会、大封拜，则二人监威仪，有违失，则劾奏”。
此外，御史中丞还督领刺史监察地方，刺史每年八月巡察所部郡国，录囚徒，课殿最，年终至京师御史台奏本言事。
东汉时期司隶校尉的组织机构、权力和地位也有较大的提升，据《后汉书·宣秉列传》：“建武元年，拜御史中丞。光武特诏御史中丞与司隶校尉、尚书令会同并专席而坐，故京师号曰‘三独坐’。明年，迁司隶校尉，务举大纲，简略苛细，百僚敬之。”又据蔡质《汉官典职仪式选用》：“司隶诣台廷议，处九卿上，朝贺处公卿下，陪（位）卿上。初除，谒大将军、三公，通谒持板揖。”从中可见司隶校尉地位的尊崇。
就司隶校尉的职权而言，也有扩大的趋势。《后汉书·百官四》本注说：司隶校尉“孝武帝初置，持节，掌察举百官以下，及京师近郡犯法者。元帝去节，成帝省，建武中复置，并领一州”。事实上其监察对象已涉及外戚、高官和宦官。东汉初，鲁郡太守鲍永任司隶校尉，以事劾光武帝叔父大不敬，朝廷肃然。鲍永又任命不避强权的鲍恢为都官从事，为此光武帝常曰：“贵戚且宜敛手，以避二鲍。”
顺帝永建元年，虞诩代陈禅为司隶校尉，数月间连奏太傅冯石、太尉刘熹、中常侍程璜、陈秉、孟生、李闰等人，“百官侧目，号为苛刻”。
灵帝光和二年，九江太守阳球迁司隶校尉，劾奏中常侍王甫干乱朝政，收捕拷掠王甫父子，令其悉死杖下。复拟惩治大猾豪右，“权门闻之，莫不屏气”，“京师畏震”。
不仅如此，司隶校尉还可以奉诏捕杀罪犯，逮捕公卿和外戚。延光四年，顺帝“诏司隶校尉：‘惟阎显、江京近亲当伏辜诛，其余务崇宽贷。’”
延熹二年，“大将军梁冀谋为乱，八月丁丑，帝御前殿，诏司隶校尉张彪将兵围冀第，收大将军印绶，冀与妻皆自杀”。
桓帝时，李膺任司隶校尉，时宦官张让弟张朔为野王令，贪残无道，杀害孕妇。随后逃往京师，匿于兄舍。李膺率吏将其抓获，下洛阳狱。由于司隶校尉严于执法，使得“诸黄门常侍，皆鞠躬屏气，休沐不敢复官省。（桓）帝怪问其故，并叩头泣曰：‘畏李校尉。’”
安帝初年，邓太后“诏告司隶校尉、河南尹、南阳太守曰：‘每览前代外戚宾客，假借威权，轻薄謥詷，至有浊乱奉公，为人患苦。咎在执法怠懈，不辄行其罚故也。今车骑将军骘等虽怀敬顺之志，而宗门广大，姻戚不少，宾客奸猾，多干禁宪，其明加检勑，勿兼容护。’”
这表明，司隶校尉甚至成了东汉后期外戚宦官与皇权之间斗争的倚重力量，可见其权势之重。因此，东汉末权臣竞相争夺这一职位，如镇东将军曹操和远在渤海任太守的袁绍，都自领司隶校尉。
司隶校尉的属官有从事史十二人，假佐二十五人。其具体职责是：“都官从事，主察举百官犯法者；功曹从事，主州选署及众事；别驾从事，校尉行部则奉引录众事；簿曹从事，主财谷簿书。其有军事，则置兵曹从事，主兵事，其余部郡国从事，每郡国各一人，主督促文书，察举非法，皆州自辟除。”假佐主要负责文书、选用、监试、时节祠祀、平法律等事务。
在行政监察系统方面：司徒司直主管“助督录诸州事”，
“州郡所举上奏，司直察能否以惩虚实”，
可见，其职掌与西汉时期的丞相司直有所不同。此后，随着御史台与司隶校尉的权重以及司徒职能的转变，司直于建武十八年撤销。至东汉末，献帝建安八年复置，但负责监察京师官员，所谓“督中都官”。
与东汉初相比，其地位与权力有所回升。次年，献帝诏司直比司隶校尉，坐次同席而在上。《后汉书·献帝纪》注引《献帝起居注》曰：“建安八年十二月，复置司直，不属司徒，掌督中都官，不领诸州。九年十一月，诏司直比司隶校尉，坐同席在上，假传置，从事三人，书佐四人。”
在地方上，郡守及其属官督邮继续行使监察权，《后汉书·百官志五》本注曰：“凡郡国皆掌治民，进贤劝功，决讼检奸。常以春行所主县，劝民农桑，振救乏绝。秋冬遣无害吏（汉代官名，见于《汉律》。亦称“无害都吏”，犹言公平吏。谓能公正执法、主持公道的官吏。）案讯诸囚，平其罪法，论课殿最，岁尽遣吏上计。”可见，每年春季由郡守“行县”，以劝民农桑；秋冬则由督邮巡察诸县，重点是审理刑狱和考课县官。苏谦为右扶风督邮，部内美阳县令李暠勾结宦官具瑗，“贪暴为民患”，苏谦“案得其臧，论输左校”。
督邮在监察过程中，对违法官吏的惩处必须上报太守，由太守下令执行。太守惩治属县官吏，一般也要由督邮实施。
此外，在县一级设廷掾为监察官，每县将所辖各乡分为五部，每部派一名廷掾负责监察部内各乡吏员。《后汉书·百官志五》本注曰：“五官为廷掾，监乡五部。”廷掾的设置，使得对地方的监察由两级增至三级，地方最低监察官也由监县的郡属官员发展到监乡的县属官员，这是地方监察制度进一步强化的表现。廷掾对基层官员的监察，在整个国家的政治运作中具有极为重要的地位，对于防范地方吏治败坏，维护统治根基，缓和地方各种矛盾起着重要的作用。东汉前期政局稳定，吏治清明，基层监察的功绩不可忽视。
东汉初期，仍分天下为十三州，设刺史十二人，各领一州；京畿一州，由司隶校尉兼理。刺史对地方的监察范围不断扩大，并加重了劾奏处分权。虽父母之丧，亦不得去职，可见其职位之重要。
西汉时，刺史奏事须经三公审核案验，之后再呈皇帝裁决；东汉时，刺史可以直接奏事于皇帝。《后汉书·朱浮传》说：“旧制，州牧奏二千石长吏不任位者，事皆先下三公，三公遣掾史案验，然后黜退。帝时用明察，不复委任三府，而权归刺举之吏。”随着劾奏权的加重，致使一些刺史滥用职权，因而章帝时御史中丞马严上封事说：“臣伏见方今刺史太守专州典郡，不务奉事尽心为国，而司察偏阿，取与自己，同则举为尤异，异则中以刑法，不即垂头塞耳，采求财赂。今益州刺史朱酺、扬州刺史倪说、凉州刺史尹业等，每行考事，辄有物故，又选举不实，曾无贬坐，是使臣下得作威福也。故事，州郡所举上奏，司直察能否以惩虚实，今宜加防检，式遵前制。”
刺史在行使监察权的同时，其掾属分别主管钱谷、兵马、选举等具体行政事务，表明其职权已日趋行政化。至东汉末年，为了镇压农民反抗，灵帝于中平五年采纳太常刘焉的建议，以九卿重臣出领州牧，大大提高了州牧的地位和权力。据《后汉书·刘焉传》记载：“时，灵帝政化衰缺，四方兵寇，焉以为刺史威轻，既不能禁，且用非其人，辄增暴乱，乃建议改置牧伯，镇安方夏，清选重臣，以居其任。焉乃阴求为交址，以避时难。议未即行，会益州刺史郗俭在政烦扰，谣言远闻，而并州刺史张懿、凉州刺史耿鄙并为寇贼所害，故焉议得用。出焉为监军使者，领益州牧，太仆黄琬为豫州牧，宗正刘虞为幽州牧，皆以本秩居职。州任之重，自此而始。”例如，冀州牧袁绍被封为邺侯、拜大将军，兼督冀、青、幽、并四州。以其长子袁谭“出为青州刺史”，“中子熙为幽州刺史，外甥高干为并州刺史”。
然而其结果与东汉统治者的预期相反，中央失去对地方的控制，州牧变成了拥兵自重、独霸一方的地方势力，由此开启了东汉末年军阀割据的序幕。
东汉时期还以临时性监察来补充经常性的监察，如天子或亲自或遣使巡视郡国；地方则由郡太守行县。章帝曾说：“朕惟巡狩之制，以宣声教，考同遐迩，解释结怨也。今‘四国无政，不用其良’，驾言出游，欲亲知其剧易。”
顺帝、桓帝时都曾多次派人巡察郡国。郡太守于每年春季定期行县，有时则派僚属巡视郡内各县。和帝时和敞为汝南太守，每年春天，都“分遣儒术大吏案行属县”。
东汉时，谏官仍然设在光禄勋之下，有光禄大夫、太中大夫、中散大夫、谏议大夫、议郎等。其职责仍为掌“论议”或“顾问应对”。如《后汉书·百官志二》所说：“凡大夫、议郎皆掌顾问应对，无常事，唯诏命所使。”灵帝建宁三年，蔡邕任议郎，上书评论《三互法》，指出其失。继而又上书论政事七要，揭露州县弊政，直言吏治得失，引起灵帝重视。
此外，谏官也负责选举和循行察举天下。