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秦灭六国以后，秦王政自以为“德兼三皇，功过五帝”，遂“采上古帝位号，号曰皇帝”。他自称始皇帝，“后世以计数，二世、三世至于万世，传之无穷”。
从此，皇帝制度成为中国古代基本的政治制度。
皇帝拥有至高无上的权力，凡行政、司法、军事、财政、官吏的任免、重大工程的营建等国家政务的最后决定权，均属于皇帝。其命为“制”，令为“诏”，是国家机器运行的最重要的根据，也是官吏执行政务的最高准则。
皇权独尊是专制主义政治制度的核心和集中表现，天下大权集于中央，中央大权集于皇帝，以致“天下事无大小皆决于上”。
对此，李斯为之辩解说：“明君独断，故权不在臣也。然后能灭仁义之涂，掩驰说之口，困烈士之行，塞聪揜明，内独视听，故外不可倾以仁义烈士之行，而内不可夺以谏说忿争之辩。”
皇帝以下，建立了统一的官僚机构体系。丞相是受命于皇帝总领百官的最高行政官，由他主持朝议并将朝议结果上奏皇帝裁决。同时，综理中央与郡县的上计与考课，负责官员的荐举、委任和赏罚，执掌封驳与谏诤，等等。
太尉是管理军事的最高长官，秦统一前称为“国尉”。据《史记·秦始皇本纪》，尉缭为国尉，“秦王从其计，见尉缭亢礼，衣服食饮与缭同”，可见其受到的钦重与地位之显赫。统一之后改称太尉，《汉书·百官表》：“太尉，秦官，金印紫授，掌武事。”
御史大夫，为副丞相。秦统一前，御史已渐次演变为弹劾官邪的司宪之官，并有御史大夫以为御史之率。统一以后，御史大夫为副丞相，执掌群臣奏章，下达皇帝诏令，并兼理国家监察事务。
丞相、太尉和御史大夫合称三公，是执掌国家政务、军事、监察的中枢机关。《通典·职官一》说：“自周衰，官失而百职乱，战国并争，各有变易。暨秦兼天下，建皇帝之号，立百官之职，不师古，始罢侯，置守。太尉主五兵，丞相总百揆，又置御史大夫，以贰于相。”由于秦始皇“惧宰官之不修，立监牧以董之，畏督监之容曲，设司察以纠之。宰牧相累，监察相司，人怀异心，上下殊务”。
因此，提高了监察机关的地位和职权，御史大夫成为三公之一。
三公之下设九卿：奉常，掌管宗庙礼仪；郎中令，统辖皇帝的侍从警卫；卫尉，负责宫廷警卫；太仆，掌管宫廷御马和国家的马政；廷尉，掌管刑辟；典客，掌管外交和少数民族事务；宗正，掌管皇室事务；治粟内史，掌管租税钱谷和财政收支；少府，掌管供皇室需用的“山海池泽之税”及宫室营建。九卿制是从战国时代的官制发展而来的，在专制制度下，君国一体，因此，九卿之中只有廷尉、典客和治粟内史是真正掌管政务的部门，其余六卿主要是为皇室服务，带有宫廷机关的性质。“三公九卿制”是秦统一后国家结构的主要体制，对西汉王朝有着直接的影响。
秦的地方制度，于统一后将郡县二级制推行至全国。如《汉书·地理志》所言：“秦兼并四海，以为周制微弱，终为诸侯所丧，故不立尺土之类封，分天下为郡县。”另据《史记·秦始皇本纪》，始皇二十六年分天下为三十六郡，彻底废除了“分邦而治，分土而食”的采邑制度，建立了朝廷统辖的“海内为郡县”的地方制度。
县以下实行“以县统乡，以乡统里”的基层管理体制。无论中央及地方官吏，均由皇帝任命产生，只领俸禄，不享有封邑，从而形成了庞大的职业官僚群体，执掌着兵刑钱谷等国家事务，在保证国家机器正常运行的同时，又成为支撑中央集权的君主专制制度的支柱。
皇帝制度的建立为监察机制的强化提供了载体，而官僚制度和郡县制度的确立，又为监察活动提供了较大的空间。因此，秦统一后监察制度有了重大发展，奠定了后世监察制度的始基。