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应用微生物学（Applied Microbiology），是以一定的直接或间接应用目标研究微生物及其相互作用和与环境作用的科学。
随着人口的迅速增长、工农业生产的迅速发展和人民生活水平的不断提高，人类面临着食品的安全、环境的污染及修复、资源的压力、传染病的新生与复发等越来越多的问题，这对人类的生活和健康以及各种生态系统构成了直接或间接的威胁。为了有效地保护人们的生活环境，我们要更新技术、改进工艺、减少污染物产生的总量，即清洁生产的方法，对已经进入环境中的分散污染物进行处理。人类需要不断地强化学习技能和创新思维方式，以便能够解决未来出现的新问题。