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长久以来，科学家一直指责，教会以其先入信仰阻碍了进化哲学的发展。然而实际情况远比这复杂得多。科学建立了以物种为基点来观察描述有机界的学说体系，这给予物种这一概念以前所未有的精准和确定性。前已述及，在早先几个世纪里，对动植物的分类远没有像后来雷和林奈手中那样准确。有位不具姓名、特具独到眼光的观察家在五十多年前曾写道：“在‘物种’这一概念从科学那里获得自己的形态与明晰性之前，神学里是没有我们现在所理解的‘各别创造’这一教义的。直到17世纪，博物家才开始以精准的定义替代了早先对自然品物特征的模糊描述，从此，物种的形态与独特性才得以与这一概念结合起来。”
随着航海家对世界范围的不断扩大，新物种的命名所带来的科学热情和喜悦情绪日渐增长，人们对生命世界能够稳定并持久存在的信念也相应加强了。科学方法的精确分析，有赖于精准的定义，在其细致探究下，最终，“目”这一概念结晶成型了。如前所述，不变的存在之链，基督徒眼中世界的历史长度，圣经中对创世的描述，这些都倾向于对进化假说投不信任票。甚为讽刺的是，正是林奈所宣称的，自创世起物种绝对不变这一观点，反为神学所用，加强了这一反对趋势。林奈在科学界和文化界的赫赫威名，注定他的言论会受到广泛重视。从此以后，教会便将“物种不变”作为理有固然的教义了。科学，在其追寻秩序和准确分类的愿望驱使下，发现自己与基督教教义令人满意地结盟了——科学的发展促进了教义的精致。
然而，林奈刚一宣扬完他的观点，就开始意识到我们现在所说的自然的“善变”了。其时他正在其金主克利福德位于哈特营（Hartecamp）的植物园中工作。他看到变种自发地出现。他看到常态的植物出现了“变态”的植株。跟早先的雷一样，也许意识上更清楚些，他不得不将造物主所创造的“真种”与目下所见的令人困惑混乱的许多变种区分开来，这些变乱也许不过是巧妙的园丁随意摆布的结果。秉持这一思路，他仍然固持他最初的论点。他设想，所有物种最初的祖代父母都是创世之初在一个小岛上创造出来的，这小岛便是神所创的唯一干地，也就是世上最初的伊甸园。
当人们通过他的众多著作和不断增补的《自然系统》寻索这一主题时，我们会发现，他的怀疑和不确定日渐增多。他看到了通过杂交产生新物种的可能性。他承认自己不敢肯定“究竟这些物种是时长日久自行产生的呢，还是造物主在创世之初便已确定了所有物种的数目，从而给这一发展划定了界限”。
他小心翼翼地从后来版本的《系统》中删除了新物种不再出现的说法。物种不变，物种一语的确定性，已经不再固若金汤了。“Nullae species novae没有新种”的金言早已被世界奉为圭臬，可是对大师本人、曾经以几何学般的精确建起分类学大厦的林奈而言，如今所有的一切都飘摇不定，踉跄着走向未定与无常。只有自然产生的“目”类还差可确信。今时今日，想要搞清楚这一切对林奈究竟意味着什么，已经很难了。我们只知道他把人类跟猴子同归为灵长一目，还游戏似的摆弄着稀奇古怪的杂合动物念头和我们所知的一些排列组合。
毁掉他心智能力的中风有一种令人叹畏的象征意义。它带着一丝上天报应的意味，这是他早曾写到，一直忌怕着的。他年轻时看见过辉光四射的生命格局，像滴露的早晨剔透晶莹的蛛网。在那瞬间的闪烁中，他瞥见过真理的一面，跟人类知识的绝大部分一样真实，但同时却也是一种幻象。如今，通往众神之城的虹梁消失了，只留下一个失去记忆的老人。这位满怀激情的《自然系统》编纂者，连自己的书都已记不得了。命运为他安排了最可怕的结局：这个曾经给万物命名、并以此为傲的世界名人，最后连自己的名字都不知道了。在他的花园里，只剩下一根枯死的残株，在它周围，新生的花朵向阳绽放。
[4] Sir Charles Lyell，《地质学原理》Principles of Geology, Vol.3，3 rd ed.，London，1834，pp.84-85.