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现代物流学的核心问题就是用系统的观点来研究。
物流系统分析是指在一定的时间和空间里，将其所从事的物流活动和过程作为一个整体来处理，以系统的观点、系统工程的理论和方法进行分析研究，以实现其时间和空间的经济效益，或者更详细地描述，是指从对象系统整体最优出发，在优先系统目标、确定系统准则的基础上，根据物流的目标要求，分析构成系统各级子系统的功能和相互关系，以及系统同环境的相互影响，寻求实现系统目标的最佳途径。
进行物流系统分析时要运用科学的分析工具和计算方法，对系统的目的、功能、结构、环境、费用和效益等进行充分、细致的调查研究，收集、比较、分析和处理有关数据，建立若干个拟订方案，比较和评价物流结果，寻求系统整体效益最佳和有限资源配备最佳的方案，为决策者最后的抉择提供科学依据。
物流系统分析的目的在于通过分析，比较各种拟订方案的功能、费用、效益和可靠习惯等各项技术、经济指标，向决策者提供可帮助做出正确决策的资料和信息。所以，物流系统分析实际上就是在明确目的的前提下，分析与确定系统所应具备的功能和相应的环境条件。
根据系统分析的基本含义，物流系统分析的主要内容有系统目标、系统结构、替代方案、费用和效益、系统模型、系统优化、系统的评价基准及评价等。
（1）人的要素，人是所有系统的核心要素，也是系统的第一要素。
（2）资金要素，资金是所有企业系统的动力。
（3）物的要素，包括物流系统的劳动对象，即各种实物。
（4）信息要素，包括物流系统所需要处理的信息，即物流信息。
物流系统的功能要素指的是物流系统所具有的基本能力，这些基本能力有效地组合、联结在一起，变成了物流系统的总功能，便能合理、有效地实现物流系统的总目的。
功能要素主要包括运输、储存保管、包装、装卸搬运、流通加工、配送、物流信息等要素。
（1）流体，即“物”。
（2）载体，即承载“物”的设备和这些设备据以运作的设施，如汽车和道路。
（3）流向，即“物”转移的方向。
（4）流量，即物流的数量表现。
（5）流程，即物流路径的数量表现，也就是物流经过的里程。
（6）流速，即流体流动的速度。
（7）流效，即流体流动的效率和效益、成本与服务等。
（1）法律制度，决定物流系统的结构、组织、领导、管理方式，是物流系统的重要保障。
（2）行政命令，是决定物流系统正常运转的重要支持要素。
（3）标准化，是保证物流环节协调运行，保证物流系统与其他系统在技术上实现联结的重要支撑条件。
（4）商业习惯，是整个物流系统为了使用户达到满意所提供服务的基本要求，了解商业习惯，将使物流系统始终以客户为主进行运营，从而达到企业的目的。
（1）基础设施是组织物流系统运行的基础物质条件，包括物流场站、物流中心、仓库、物流线路、建筑、公路、铁路、港口等。
（2）物流装备是保证物流系统开动的条件，包括仓库货架、进出库设备、加工设备、运输设备、装卸机械等。
（3）物流工具是物流系统运行的物质条件，包括包装工具、维修保养工具、办公设备等。
（4）信息技术及网络是掌握和传递物流信息的手段，根据所需信息水平的不同，包括通信设备及线路、传真设备、计算机及网络设备等。
（5）组织及管理是物流系统的“软件”，起着连接、调运、运筹、协调、指挥其他各要素以保障物流系统目的的实现的作用。
这是一种对系统进行统筹规划，寻求最优方案的数学方法。其具体理论与方法包括线性规划、动态规划、整数规划、排队规划和库存论等。这些理论和方法都是为了解决物流系统中物流设施选址、物流作业的资源配置、货物配载、物料储存的时间与数量等问题。
统筹法，是指运用网络来统筹安排、合理规划系统的各个环节。它用网络图来描述活动流程的线路，把事件作为节点，在保证关键线路的前提下安排其他活动，调整相互关系，以保证按期完成整个计划。该项技术可用于物流作业的合理安排。
在一定的约束条件下，求出使目标函数最优的解。物流系统包括许多参数，这些参数相互制约、互为条件，同时受外界环境的影响。系统优化研究的内容就是在不可控参数变化时，根据系统的目标，如何确定可控参数的值，以使系统达到最优状况。
利用模型对实际系统进行仿真实验研究。根据系统分析的目的，在分析系统各要素性质及其相互关系的基础上，建立能描述系统结构或行为过程的，且具有一定逻辑关系或数量关系的仿真模型，据此进行试验或定量分析，以获得正确决策所需的各种信息。
主因素分析法、层次分析法、聚类分析法、遗传算法、模拟退火算法等方法是近年来的流行方法。