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从顺治十八年（1661）开始，清朝统治进入了一个新的时期。索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣辅政，使满洲贵族保守势力重新抬头。他们大幅度扭转顺治以来加强中央集权、加快封建过程的基本路线，一系列汉化措施被改变，康熙皇帝受到公开侮慢和轻视，大权旁落辅臣之手。鳌拜集团结党擅权，上凌幼君，下扰生民，民族矛盾日趋激化，上层统治集团内部出现危机，全国政治形势不断恶化，终于引发了一系列震动全国的大事件。
顺治十八年正月初九（1661年2月7日），八岁的玄烨开始了他长达六十二年的皇帝生涯。
对未来，年幼的康熙皇帝也许想得很少，然而这个自小怀着要使“天下
安，生民乐业，共享太平”
的少年君主此刻充满了信心：他的身后，是最可信赖的祖母孝庄文皇后；他的面前，站着父亲和祖母亲自挑选的经验丰富、忠于皇室的四位辅政大臣，他们就是自己继承父业、实现宏伟抱负的可靠后盾。
的确，他的祖母，这位年近半百、身历三朝的皇室女性，十八年前靠着自己的机智和谋略，使自己的儿子福临成为一国之君；如今，历史又一次将她推到这个少年天子的背后。她会呕尽心血，呵护她的嫡孙长大成人；她会以丰富的经验、超人的才干、卓越的政治见解和高贵的气质将他培养教育成一个合格的君主。碍于“母后不得预政”的古训，她知道自己无法公开听政，因而在顺治皇帝病笃之时，她和顺治皇帝匆匆做出以相互制约的四异姓大臣共同辅政的决策。她十分清楚，这实在是个“诸害取其轻”的不得已之计，险恶的形势逼迫她既要设法协调早已十分紧张的上三旗之间的关系和地位，又要时刻提防天子大权再度旁落权臣之手。为此，她煞费苦心，不得不采取一些措施来加以防范，包括“凡涉军政大事，四大臣议定后，须奏请太皇太后裁决”。她希冀四位大臣能够竭忠尽力，遵照先帝的遗诏来辅佐康熙皇帝，能像他们在先帝灵前发的誓言那样，“协忠诚，共生死，辅佐政务”，“惟以忠心仰报先皇帝大恩”
；她暗祈上三旗的首领们能以皇室为中心，团结合作，共商大业；她盼望诸王、贝勒、贝子、大臣们都能“与四大臣同心协力，以辅幼主”。只有这样，她那初登皇位的嫡孙才能顺利渡过这场政权危机，才能确保大清王朝事业的延续。
孝庄文皇后的警觉和担心并非没有根据，大臣辅政这种畸形政治体制注定了康熙朝政治从一开始便走上坎坷之途。
居四大辅臣之首的是素有威望的一等伯索尼。这位出身于正黄旗的贵族将领，早年为清朝兴起立下过赫赫战功，是一位政治上十分成熟的大臣。太宗崇德末年，为拥立皇子为帝，他曾以死相争；多尔衮当政时，他不畏权势，多有得罪，受到“褫职、输赎锾、追夺赏赐”的惩治，直至顺治皇帝亲政，方被“自昭陵召还”，复为二等精奇尼哈番
。他屡被授予内大臣兼议政大臣、总管内务府等要职，参议军政大事。他曾上疏顺治皇帝，历数京师内外败政弊端，奏请严饬查禁。这位数十年效忠皇室的老臣，一向胆大心细，办事干练，加上数历荣辱沉浮，身经皇太极、多尔衮、顺治皇帝三个时期，尤其谙于宫中政治，顺治皇帝对他十分赞赏。可以说，由这位劳苦功高、深孚众望的旧臣辅佐皇权，没有什么令人不放心的。
然而，此时的索尼已到花甲之年，体衰多病，开始走下坡路。当年激昂进取的锐气雄风日渐为晚年的暮气所取代。尽管他依然持重、坚定，但已无力应付日益复杂的内部争讦，面对数百万平方公里的广袤大地，他似乎感到了那股弓矛剑戟也无法制服的力量，而能够使他在今后的日子里承当起首席辅臣大任的，只有那百世不变的“祖宗之法”。事实证明，从辅政伊始，他那满洲旧贵族落后、僵化、保守的倾向便无遗地表现出来。
居索尼之次的苏克萨哈，也是一位出入疆场的武将。他的父亲苏纳是努尔哈赤八额驸之一，原本隶属正黄旗，皇太极时期黄、白易帜，随同父母转为正白旗。他曾以军功受命署理牛录章京，屡建战功，骁勇过人。顺治初，两白旗地位随多尔衮势力增长，重占优势，为他趁机进取提供了机会。但这位年轻的武士一心投身于征战，并不刻意钻营，因而在这场黄、白旗权力的角斗中并没有陷得很深。顺治皇帝亲政以后，他因“告发有功”晋为议政大臣、镶白旗护军统领，被封为拖沙拉哈番
。十多年来，他竭忠尽力，东征南进，战功无数，受到顺治皇帝的一再嘉奖和擢拔。顺治十三年（1656），他受封二等精奇尼哈番，任内大臣，留在皇帝身边。他对君主及太后的忠诚，使他不仅成为皇帝的心腹，也深得太后的喜爱。顺治皇帝病危期间，他一刻不离左右，皇上的“特赦”御旨和为皇太子定名“玄烨”御讳的圣谕都由他亲自传送。为报知遇之恩，他曾真诚地要求以身陪殉。顺治皇帝恳切地对他说：你要明白，为我而死是比较容易的，但你辅佐太子的责任才更重要！皇太后在权衡上三旗利益关系时，便选中了苏克萨哈，由他作为平衡满洲各旗势力的砝码。就这样，他接受了与其他三位两黄旗要臣共同辅政的责任。
令人遗憾的是，无论怎样，苏克萨哈只是一员刚毅善战的猛将，他忠诚勇猛，却缺乏最基本的文化素养；他虽受到太皇太后的庇护，却不具备应有的政治经验和敏锐的眼光；在宫中，他以白旗的弱势地位而高居于出身两黄旗的遏必隆、鳌拜之上，这一切都预示着，未来的辅政生涯中，他将面临无法摆脱的矛盾与冲突。当然，他的贵族旧臣的阅历和身世，决定了在日后的辅政中，同样会采取索尼那种坚定地维护满洲贵族利益和昔日的“淳朴旧制”、抵制“汉俗”的态度。
出身于满洲簪缨之家的遏必隆，是在性格上与前述两位辅政大臣相差极远的顺治宠臣。早在太宗天聪元年（1627），他便以军功承袭其父总兵官世职。天聪八年（1635），又被擢为头等侍卫，世袭罔替。他以勇猛善战博得皇太极赞赏，并随两位兄长车尔格、图尔格一起由原隶属的镶白旗转入镶黄旗。崇德末年，他与索尼、鳌拜等两黄旗大臣拥立豪格；不成，又同对天盟誓，誓辅福临。他屡屡得罪于两白旗大臣和多尔衮等人，顺治初年受到多尔衮、阿济格一伙不停的打击。尽管他入关后挥师南征，建立功业，回京后却被一再非难，乃至于落得革去官爵、牛录，抄走家产，被逼回镶白旗的下场，险些送掉性命。顺治皇帝亲政后，他的冤屈方被平申，并重返镶黄旗。在顺治皇帝的恩庇下，遏必隆很快得到擢拔，连被加封多罗额驸、一等公，任议政大臣，领侍卫内大臣。孝庄文皇后生病期间，他亲侍左右，废寝忘食，深得孝庄文皇后的赏识。嗣后被晋封为少傅兼太子太傅。四辅臣中，他排位第三，并将女儿钮祜禄氏送入宫内，立为贵妃。二十多年的风云变幻使得遏必隆深知宫中政治的险恶，他没有能力也不愿意插足满洲上层贵族残酷的内部角逐之中。他很少对军政要事干预评论，多是唯唯诺诺地附和或干脆保持沉默；即使有所不满，亦轻易不作流露。他出身将门，对实际政治知之甚少，更谈不上远见卓识。虽位居鳌拜之先，却甘拜下风。一日上朝，他竟恭让鳌拜居前位。旧日叱咤风云的风采早已荡然无存，内部的争斗已将他变得僵化、胆小、圆滑，到后来，他终于蜕变为鳌拜的应声虫。
四辅臣中排位最后的是镶黄旗护军统领鳌拜。他自少年时代即驰骋沙场，为清朝开国大业屡立大功。皇太极去世后，他也曾为拥立皇子而发誓“宁死从帝于地下”。多尔衮摄政，这个身世显赫、性情桀骜不驯的青年将领不曾有丝毫阿附之意，尽管他为镇压明末农民起义军出生入死，功勋卓著，却无人论功；相反，却被多尔衮数次寻机报复，屡降罪责，乃至被三次论死。顺治皇帝则以他“军绩颇多，且为国效力之处，其功甚懋”，并擢为二等公。其后数遇优升，授领侍卫内大臣职，得参与军政大事。孝庄文皇后病重时，他率侍卫“昼夜勤劳，食息不暇”，加封太傅、太子太保。在宫中，他总是以维持满洲旧制为己任，而且重视武备训练，因而他不仅成为皇帝、太后的心腹，也深受宫中保守的上层贵族们的赏识。顺治末年，鳌拜俨然成为宫中颇具影响的人物。因而，尽管屈居四大臣之末，他却毫无甘罢之心，认为无论是出身、功业、体魄，乃至心计，他都绝不亚于排在他前面的三位老臣，凭着自己的抱负和能力，迟早有一天会出人头地。就这样，他踌躇满志，毫不逊让地登上了辅政大臣的舞台。
顺治皇帝亲政后，经过不断努力，上三旗的势力进一步扩张，到顺治末年，皇权又随着满族的日益封建化不断得到加强。然而上三旗的贵族首领对不断强化封建专制的皇权，以及顺治皇帝为达到这一目的而采取的一系列汉化措施，进行了顽强的抵抗。四辅政大臣都是上三旗的王公贵族，出身高贵，地位显赫，又在本旗内有着举足轻重的影响，是上三旗旧贵族的政治代表。如今，国家政务由他们直接掌管，保守的上三旗势力与皇权的对抗便毫无掩饰地显现出来；而且，这些长期驰骋疆场、战功卓著的武将，虽都是深得顺治皇帝信赖的宠臣，但都缺乏犀利的政治眼光和处理国家事务的经验，他们的思想感情与中原高度发达的农业、商业、手工业经济格格不入，他们基本不具备良好的文化素养，既不了解也不理解博大精深的汉族文化，他们只是热切地希望由他们来维护各自的和贵族们的共同利益，维护和恢复祖制。因此，康熙皇帝即位之初，对于这个年方冲龄的小皇帝，他们并不曾将其放在眼中。一日皇帝出幸，要大臣鳌拜奏明太皇太后，鳌拜不但违命不去，反而无礼地要求康熙皇帝自己去上奏。康熙皇帝习武时因弓软要求加硬，苏克萨哈便讥讽皇帝“寡嘴琐碎”，“自作知识”。同时，为了实行满洲贵族的有效统治，辅政伊始，他们即对顺治皇帝入关后的朝政大纲及汉化路线进行大幅度的修正，取而代之的是一系列“率祖制，复旧章”的活动。这样，康熙初年的政治呈现出明显的倒退色彩。
首先是十三衙门的废除。顺治皇帝亲政后，一改当初设内务府、罢太监不用之旧制，于顺治十一年裁内务府，改设八监、三司、二局，统称“十三衙门”，兼用满人近臣与宦官。顺治十八年（1661）二月，四辅政大臣刚刚履任，即向全国发布命令：“朕（当然不是康熙皇帝本人，只是康熙皇帝的口吻、名义）禀承先志，厘剔弊端，因而详细体察，乃知满洲佟义、内官吴良辅阴险狡诈，巧售其奸。……各衙门事务任意把持，广兴营造，糜冒钱粮，以致万民告匮，兵饷不敷。……坏本朝淳朴之风俗，变祖宗久定之典章。……十三衙门尽行革去，凡事皆遵太祖、太宗定制，内官俱永不用。”
首倡者吴良辅也以“变易旧制”的罪名论斩。同时，为了处理各种宫中事务，重新恢复内务府，以御用监之职立广储司，尚膳监之职改采捕衙门，以惜薪司之职改工部，又改御马监称阿敦衙门，兵仗局称武备院。十三衙门的废除，固然在一定程度上减轻了宦官干政、奸人侵权的弊病，然而废除之本意，主要还是在于维持满洲“淳朴之风俗”，恢复“祖宗久定之典章”，用以抵制汉族的政治制度和宫廷传统。事实上太监之弊并未因此举而真正革除，只是由上三旗包衣充当内务府职而已。
其次是罢内阁、翰林院，复设“内三院”。这是四大辅臣秉政后的另一项举措。顺治十五年（1658），顺治皇帝为加强皇权，采用了明朝中枢机构的体制，裁去通称为“内三院”的秘书、弘文、国史三院，改为内阁，以内阁大学士主持，同时设立翰林院，并对国家机构做了重要调整。顺治十八年（1661）六月，顺治皇帝的改革方案重被推翻。四辅政大臣所颁诏谕称：“朕兹于一切政务，思欲率循祖制，咸复旧章，以副先帝遗命。内三院衙门，自太宗皇帝时设立，今应仍复旧制。设内秘书院、内国史院、内弘文院，其内阁、翰林院名色俱停罢。内三院应设满、汉大学士、学士等官。”
七月，内三院重新开设，各设满洲大学士一员、汉学士一员，并规定，一旦见缺满洲学士即应推补，汉学士则不必这样。康熙元年（1662）二月，翰林院并入内三院，其侍讲学士、侍讲也因此一并裁汰。
特别值得重视的是，朝廷内部保守势力的抬头，不只大大改变了顺治时期的政治体制，而且顺治皇帝为加快封建化过程、缓解民族矛盾所采取的重用汉族官吏、笼络汉族地主士人的政策也出现了摇摆不定和倾斜。
对于汉族官吏，顺治皇帝曾经采取了严加控制与收买重用并行的办法，明令明朝原各衙门官吏“俱照旧录用”，设法动员归隐山林的官员复出参政，甚至收买个别投降的农民起义军首领。很多汉族官吏通过不同的途径当上了高官重臣，如吏部尚书孙廷铨、武英殿大学士吴正治、大学士王熙等。然而，四辅政大臣执政后，却以考满、京察、大计等种种方法对朝中及地方汉族官吏严加“甄别”“更定”。从康熙元年（1662）至四年，先后颁布了“停止京察”“俱着三年考满”制度，并“停止督抚每二年荐举之例”，根据考满结果来确定是继续留用，抑或降级、革职。这一制度的贯彻，在很大程度上制约、压抑了地位较低的汉族官吏，同时也助长了官场的腐败风气。由于考满决定各级官员，尤其是府、州、县下层官吏的荣辱和前程，时间一久，上下贿赂、徇私舞弊、拉党结派开始成风；加上每年正月至四月是自陈考满时间，一到此时，一人一疏，六部又作诸多核奏，纷杂繁乱，也严重影响了国家事务的正常处理。不得已，议政大臣会议决定：今后各官升转，照例论俸，停止考满。康熙六年（1667），终于决定恢复以往“三年一次大计，六年一次京察”的旧例。如果说对于汉族官员，四辅政大臣只是通过制定考满制度加以压抑的话，那么对于广大汉族各阶层人民，四辅政大臣则不惜大打出手，进行残酷迫害和镇压。其中康熙初年的“哭庙”“奏销”“明史”“岭南”等震惊全国的大案，正是他们为打击汉族绅缙而制造出来的一个又一个“奇迹”。
顺治十八年（1661）初，顺治皇帝去世，哀诏到日，全国各省巡抚按例率属设位哭临。当时，江苏吴县知县任维新贪贿浮征，滥用非刑，百姓积怨已久。诸生金人瑞、倪用宾等听说世祖哀诏要传到江苏，并在文庙举行哭临大典，便商定由金人瑞手拟状稿，代表吴县百姓状告知县任维新。哭临当日，金人瑞等十八人率当地士绅千余，到文庙向前来的江南巡抚朱国治呈递揭帖，揭发县令贪暴吞款。然而，官官相护，朱国治非但不主持公道，反而将此事密奏于上，诬称当地士绅“集众千百，上惊先帝之灵”，并将十几个带头者系于牢狱。消息传至北京，四辅政大臣立即派侍郎叶尼前往审讯，并将为首十八人一律凌迟处死，家人、财产尽被籍没。“哭庙之狱”为康熙朝第一次大冤狱，在全国尤其是江南地区引起强烈震动。明末清初，江南名士多为讲学、论学而互相结社，蔚成风气，清廷对此早欲裁抑，只是苦于没有借口，此案一发，满洲贵族师出有名，立即以“大不敬”罪滥加诛戮。受此影响，讲学、结社之风几乎断绝。当时被杀者中，首为著名才子金人瑞。金人瑞字圣叹，所批六才子书传诵甚广，他死之后，当地士庶无不痛惜，并为歌谣称：“天呀天，圣叹杀头真是冤！今日圣叹国治杀，他日国治定被国贼歼！”
时隔不久，一场更大规模的打击汉族士绅的大案又一次轰动了江南大地，这就是顺治十八年（1661）上半年发生的“江南奏销案”。
江南赋役沉重，长期以来造成了严重的社会问题，大多数士绅、农民都为此苦不堪言，于是，拖欠便成为当地官员最难解决的问题。顺治十八年（1661）三月，四辅政大臣颁布各省巡抚以下、州县以上征催钱粮未完处分条例。条例规定，各地方官员，凡本地有拖欠钱粮，都应停止升转；限期未完者，将受革职、降级处分。这个所谓“辛丑新令”将追缴钱粮作为官吏升黜的标准，不仅完全修正了顺治以来任用官吏、考察政绩的基本标准，也由于它以无情追缴为惟一目的而极不得人心。几乎同时，四大辅臣把持下的朝廷又以财政紧张为借口，下令赋税十年并征。于是各地拖欠更是有增无已。按照规定，绅欠三百两以上、缙欠二百两以上，解部处分。一时间，无论上下官吏、新老士绅的命运全都与钱粮系在一起，因而人们都将“新令”视为“陷阱”，江南地区更是如此。
江南巡抚朱国治素以暴政为擅长，“辛丑新令”后，立即动手催缴，并将矛头直接指向汉族地主和知识分子。他催征急迫，以图邀功，士绅们凡有拖欠，不论多寡，即被诬为“抗粮”而报部题参，仅苏、松、常、镇四州绅士被造名册题参者即达一万三千五百余人。四辅政大臣立即下令，将名册所列士绅尽行革除功名，在籍者提解来京，送刑部从重议处，已故者提其家人。吴伟业、王端士、吴宁周、黄庭表、浦圣卿等名绅都被押解，拟送刑部。昆山探花叶方蔼，所欠不过一文制钱，亦被列入“抗粮”名册，遭到羞辱，以至江南流传“探花不值一文钱”的民谣。进士董含与其弟董苍水，因家“徒四壁立”，而一起遭到斥革。名册中甚至有误报者、续完者，乃至被官吏妄为注名者。同时，安徽、浙江等地也效法江南，利用“新例”威胁当地士绅，以邀功请赏。于是各地冤狱四起，凤阳等地被解士绅达数百人，以至各狱中诸生竟无立足之地！练川一地，凡欠百金以上者按籍追擒，绅缙俱在其中。一时名士备受威胁、鱼肉，许多人为之破家荡产。名儒翁叔元本已“家贫益甚”，负债累累，被迫纳无着，只得只身逃走，其夫人遭绑缚之辱，险些自尽，最后“乃鬻所居，值三十金，尽以输官，逃之穷乡”。许多地主、文士失去经营土地的兴趣和信心，将田产视为大累，纷纷出售，一时田价大跌，竟有一月间斥卖祖业过半。直至次年五月，新任巡抚韩世琦将各户完清者陆续报上，朝廷方下令释放被押解士绅。一年以后，御史龚鼎孳上疏，称由于钱粮新旧并征，参罚迭出，以至因旧欠而滋新欠，请求将康熙元年未缴钱粮尽行蠲免。朝廷准许了这一奏请。以江南为中心，波及全国各地的这场奏销大狱渐渐平息下来。虽然如此，这场轰动一时的奏销案却使广大江南士绅创痛至深，难以忘怀。他们当中有的乡试已中而被革生员，有的中了进士而举人已除，真正获全者无几。学校、书院为之一空，嘉定一学仅余二人，而书生文人以逋赋遭受杖击、鞭笞则成为屡见不鲜的常事。本来对清朝政府就极为不满的文人、绅缙们对满人统治更产生了极深的抵触情绪，一度趋于缓和的满汉民族矛盾又复尖锐起来。
在当时各起案件中，影响最大的则是康熙初年发生的庄廷鑨《明史》案。
天启年间，明朝大学士朱国桢退居故里，在家乡浙江湖州撰作了一部《明史》，并将其部分刊刻行世，其余诸臣传略部分仅存稿本。入清后，朱氏家道中衰，其后人便将书稿以千金之价卖给了同里富豪庄廷鑨。庄廷鑨是个盲人，素无才德，又无子嗣，为留名后世，利用金钱招聘当地知名文人茅元铭、吴之铭、蒋麟征、韦全佑等十数人，对朱氏书稿加以删润论断，并补以天启、崇祯年间史事，题为《明史辑略》，篡为自己所撰，并将参校者姓名列于书首。庄廷鑨病死后，其父庄允诚为悼念亡子，请礼部侍郎李令皙为之作序，将书刊印行世。因为原书稿成于明末，修订时又极少删削，故而文字中仍多有指斥降清官员为叛逆之语。谁知就是这些文字留下了把柄，并由此引发了一场轰动全国的庄氏史案。
康熙元年（1662），被黜原归安知县吴之荣侦知庄氏家资颇丰，便欲借此敲诈钱财，在遭到庄氏拒绝后，吴之荣恼羞成怒，生出了借告发庄氏之书打击报复，再图复起的恶毒念头。于是持庄氏私刻《明史辑略》，向江南将军松魁告发。岂料满族将军松魁无意扩大事态，将案件下移巡抚朱昌祚。朱昌祚复遣督学胡尚衡处理此案。这时庄家辗转得知消息，立即以重金上下打点，疏通关节，终于使案情暂时平息，吴之荣因诬告和侵吞反被逐出吴江。庄家忙将书中干禁之语尽行剔除，重加刊印。吴之荣身遭羞辱，更心怀愤恨，决意大加报复。他立刻携初刻旧版原书一部，上报刑部。康熙元年冬，朝廷急派刑部侍郎罗多等人来到南浔，严加勘查。在钦差带领下，次年正月，满洲官兵数百人开进湖州，紧闭城门，四处缉拿“要犯”。于是一场震惊海内的杀戮惨案拉开了序幕。
首先是庄氏家族立即陷于灭顶之灾，庄氏一家百余口被逮，庄允诚被械至京，死于狱中，庄廷鑨被开棺戮尸。至最后定案，其弟庄廷钺一家十数口连坐，凌迟处死；家产籍没，妻子充边为奴。
案发之前，由于不少学者参与该书修订，有的官员曾为该书作序，有的工匠为该书制版，有的书铺或士人曾经售卖、购买此书，而且在吴之荣告发之后，有的官员因收受贿赂，不予处理，所有这些干连人犯也都成为清朝政府缉拿和惩治的对象。其中弘光朝礼部侍郎、江阴县令李令皙曾为该书作序，案发后被系家人男女百十余人。事实上，李令皙此时早已双目失明，序实为他人代作。结果，李令皙与子、侄四人皆被杀害。列名庄氏《明史辑略》修订者的多为当时江南名士，其中有些人仅列名于书首，并未参加实际之修订，这时也都大难临头。茅元铭，明代著名文学家茅坤之后，平日闭门读书，庄廷鑨颇仰慕其名，故将其列于参评。茅元铭因此得罪入狱。在狱中他与潘柽章、吴炎等一起每日赋诗为事，见到满洲昏官则大骂不止。恼怒的满洲钦差们将茅氏七口判为死罪。同案被杀的还有年轻有为的学子吴炎、潘柽章，都是晚明诸生，他们精通历史，综贯百家，立志仿司马迁《史记》，私修明史，并撰成史稿。顾炎武很敬慕二人，曾将自己终身积累的史料尽数借给他们，《明史》藏在家中，后来都湮没无存了。庄廷鑨之父见吴炎、潘柽章也在修明史，以为他们与庄廷鑨不谋而合，也将吴炎、潘柽章姓名列入参评。入狱后，吴炎、潘柽章受尽酷刑，牙齿尽落，后皆身罹极刑。对二人之死，顾炎武十分悲伤，撰诗祭悼他们：“一代文章亡左马，千秋仁义在吴潘。”其他江南名士，一旦姓名列于书中，也难逃一死；得以幸免的，只有查继佐、陆圻和范骧。查、陆、范三人都是浙中名宿，吴之荣首告庄氏时，竟诬称查继佐、陆圻、范骧三人为刻订书同谋，查继佐尤为主笔。查继佐等据理力辩，证明早在初刊该书时，即已发现自己被冒名，遂申报官府。后经多方奔走，有广东总兵吴六奇出面亲保，查、陆、范三家一百七十六人才在受尽了狱中惊吓折磨之后，得以放归。经官府勘查，查氏等三家当属首告之人，籍没他人之财产，又多赏予三家，真是一时难辨是福是祸。查继佐狱中释放后，并未屈从于清朝政府的压迫，三十年后终于撰成《罪惟录》一书。陆圻曾在最紧张时对天许愿，若有逃生之机，便终身烧香念佛，因此，他一获自由，便遁入佛门，不知所终。
此次史案不仅打击了江南文人士子，对一些地方官吏也严惩不贷。江南将军松魁，事发后与幕僚程维藩同被押赴京师。松魁以满人不识汉字，以八议免死，削官回旗；程维藩自然落得被戮于市。提督梁化凤，系大功臣，数经辩解，得以开脱，方免一死；其幕僚徐秩三则成为替罪羊，丢了性命。湖州知府陈永命，当初受贿于庄氏，并将刻版劈毁，听到案发，自知难逃，畏罪自缢，后又遭磔尸，其弟江宁知县陈永赖则连坐被斩。湖州府学赵君宋，最初曾稽查庄氏《明史辑略》碍语数十条，自以为首告者，不料最终却以私匿逆书罪被斩。湖州太守谭希闵上任仅半月，便与推官李焕一起，以“知情不发，明知故纵”罪被绞杀于杭州钱塘门外。只有巡抚朱昌祚、督学胡尚衡贿赂有司，将罪过推诿于当初审核之学官，得以脱身。乌程县学王兆祯，到任未及半月便遭此恶狱。当时庄廷钺无处关押，被羁于乌程县学。学校中没有监铺，无法看守，王兆祯便答应由庄氏族人出面具保，使庄廷钺离县学还家，而庄廷钺却借机逃出湖州，北上寻父。结果，王兆祯反因“守锁失职”罪惨遭缢刑。
在庄氏文字狱的高潮期间，由于吴之荣的挟嫌诬陷，一些与此案无关的无辜者竟也受到严重的中伤与惩治。南浔富人朱佑明，向与吴之荣不合，吴之荣借朱佑明曾出资印行庄氏《明史辑略》之名，对朱佑明敲诈威胁。朱佑明严正驳斥，拒绝纳贿，于是吴之荣决定将朱佑明也拉入这场冤狱之中。原书之“旧为朱氏所撰”语下，被吴之荣夹刻“朱氏即朱佑明”字样；朱佑明曾买朱国桢家“美清堂”匾额，也被强诬为刻书证据。朱佑明终因申辩不成而被凌迟处死，他的三个儿子、一个侄子连坐被绞，妻孥被配旗下，家产籍没。
这场酷烈的文字大狱始发于康熙元年（1662）正月，决狱于康熙二年（1663）五月二十六日。这一天，杭州弼教坊大开杀戒，罹难者七十余人。书首列名十八人皆遭凌迟处死，刻工、印工、卖书、买书、藏书者尽斩无遗。凡姻亲党戚，仅因一字之连、一词之及，即被缉拿问刑；一人犯案，招致全家男女百口锒铛同缚。杭州城内一时囚系曾达两千余人！
只有告发者吴之荣，大受朝廷褒奖，不但官复原职，还得到庄、朱二家籍没的部分产业，最后竟荣升至右佥都御史。对这一重大案件，无论来自京都的满洲侍郎，抑或浙江各地方官吏，都十分清楚这是场十足的冤狱。然而，上有四大辅臣控制朝权，一意孤行，寻机制造大案，儆戒汉族文人；下有吴之荣等险恶之徒强诬滥咬，人们鉴于松魁等人的教训，不愿追究真情，惟恐招惹祸端。庄氏《明史》案就这样以赃官得势、无辜罹难的结果而告终，从而将康熙初年以四辅政大臣为首的满洲贵族毫无遏制的民族压迫和思想专制推向极端。
庄氏史案的审理结果在全国造成十分恶劣的影响。一时之间，不少无赖、文痞仰承四辅臣压抑汉族士绅的意图，纷纷赴官府告讦、诬陷，不少知名学者因著述中有某些“诋毁”清朝的逆悖之辞而受迫害，此后不久，便先后发生了孙奇逢《大难录》案、沈天甫逆书案、顾炎武《忠节录》案等。
孙奇逢《大难录》案发生于康熙二年（1663）。孙奇逢，字启泰，号锺元，又称夏峰先生，直隶容城人，是当时具有民族气节的著名学者。清兵入关后，他拒绝清廷的征召，率生徒迁居河南辉县苏门山，讲学于百泉书院，著述甚丰，为一代学术所宗。这年，一个贪心的告讦者将孙奇逢所著《甲申大难录》上报朝廷，诬陷此书为纪念亡明而作，文中词语有对清廷欠恭处。随即，主持刊印此书的济南知府李某被抓系狱。次年，孙奇逢亦以八十一岁高龄被押解赴京，对簿公堂。经过对该书的审查，官府认为作者此著仅为纪念死于甲申之役的“忠臣节士”而作，书中毫无犯讳不敬之词。在友人多方营救下，一年后，孙奇逢始无罪获释。无耻告讦者未能得逞，清朝政府也没抓到可以报复的把柄。然而多日身系囹圄，使孙奇逢的心灵受到了难以愈合的创害。
沈天甫逆书案发生在康熙六年（1667）。是年二月，江南人沈天甫指使同伙夏麟奇将一部题为《忠节录》的诗集携至中书吴中莱处，言明该书序言之一为吴中莱之父吴
所撰。该书署名陈济生编辑，收录黄尊素等南北各地名士的诗篇约一百八十章。诗、序内容多涉及明末清初各地抗清复明活动，悖逆之词比比皆是。陈济生，字皇土，江苏长洲人，明亡前曾官太仆寺丞，并编撰《再生记》《启祯两朝遗诗》等书。吴
为明崇祯时大学士。夏麟奇手持此书向吴中莱威胁道，若不纳贿银三千两，便将此书上报，依庄氏史案例，定会满门抄斩。吴中莱仔细核对了笔迹，以为此序绝非其父所撰，便向巡城御史告发此事。朝廷立即着人调查此案，发现“书内有名之人共百七十名，内有写序写诗讥伤本朝之人五十余名”。经核查严讯，全书实系沈天甫、吕中、夏麟奇、施明、吴石林、叶大等一群无耻文痞合伙伪撰而成，图谋先将书交给吴中莱，诈骗银三千两；不成，即将书呈送刑部，以图朝廷褒奖三品官衔。这完全是摹仿庄氏史案的制造者吴之荣的故伎。朝廷闻知，立即着刑部严加勘审。闰四月，终于将沈天甫、夏麟奇、吕中、叶大四人斩首示众。
沈天甫逆书案终结不久，山东莱州人姜元衡又告发浦乡知县黄坦、凤阳府推官黄贞麟等撰作“逆诗”《忠节录》，由著名学者顾炎武编辑发刻。此案一发，山东抚院立即将黄坦、黄贞麟、顾炎武等缉捕系狱。顾炎武，字宁人，原名继坤、绛，号亭林，江苏昆山县人。清兵入关，他心怀国恨家仇，参加了江南抗清斗争。失败后拒绝征召，义不事清。经过对《忠节录》一书的审查，发现该书虽有“悖逆”内容，但却是将沈天甫伪撰《忠节录》去除原序目及沈天甫状文中已披露内容后抄撮凑成，此《忠节录》即沈天甫伪撰之《忠节录》，与顾炎武无任何瓜葛。在对原告严加拷问后，真相再次大白。原来姜元衡系受顾炎武的仇家、山东地主谢长吉唆使而诬告，为的是借朝廷之文网，置顾氏于死地。此案并累及南北文士三百余人。案情虽已查明，然而顾炎武却困身狱中达半年之久。为此，他的朋友李因笃、朱彝尊等人四出求援，多方疏通，方将顾炎武解救出狱。同案之人也都在画供之后始行放归。一场牵连数百人陷于冤狱的文字案就这样不了了之。
从表面上看，无论孙奇逢《大难录》案或沈天甫《忠节录》案，其发生都是因无赖寻机敲诈银钱、希图骗取褒奖而陷人以罪，但就其本质而言，这些案件的出现，则是四辅政大臣压迫汉族学者文人的政策表现，是庄氏史案的余波。由于这些案件的恶性上升，严重破坏了社会秩序的稳定，一些官员先后上疏，对此加以激烈批评。康熙六年（1667），御史田六善上疏说：近见奸民捏成莫大之词，逞其诈害之术。在南方者，不曰“通海”则曰“逆书”；在北方者，不曰“于七逆党”则曰“逃人”。谓非此不足以上耸天听、下怖小民。有鉴于此，清朝政府规定：“以后如有首告实系谋反、逃人等事，即予审理，情实者据事奏闻，情虚者依律反坐。毋得借端生事，株累无辜。”
在寻找借口对汉族士绅严厉打击的同时，对于汉族人民的武装反抗斗争，四辅政大臣也变本加厉地予以血腥镇压。顺治十八年（1661）五月，山东发生了于七领导的胶东农民起义。受其影响，登州、莱州、宁海州、胶州湾一带农民纷纷响应。四辅政大臣立即派员前往镇压，斗争持续了一年多，胶东大地遭清军残酷血洗，沿海居民被强迫迁入内地，各旗兵马分驻登州、莱州、胶州三处。同时大肆搜捕“于七党”，仅莱阳一县被杀农民即达数百人。凡与于七有往来者，皆系于狱，当地士绅被牵连者亦达数十百家。浙江按察使宋琬，因受到族人宋一炳“与逆贼于七通谋”
的诬告，也被械送刑部狱中，直至康熙八年（1669），“公（宋琬）投牒自讼，冤始尽白”
。四辅政大臣的酷政导致汉族人民，尤其是知识分子与清朝统治政权更加严重的隔阂和对立。直到清除鳌拜集团之后，经过康熙皇帝许多耐心细致的工作，这些矛盾才逐渐缓和下来。