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在特委下面，专设有宣传、军事两个委员会。前两次武装起义都被认为宣传不够，宣传委员会（特别宣委）专攻这一薄弱环节，他们针对上海本地不同阶层的民众，制定了不同的宣传口号和策略。
南下的鲁军使用军票，将军费分摊到普通市民身上，特别宣委就向一般市民和商人提出口号“反对鲁军使用军票”。两次武装起义都有工友死伤，特别宣委在对工人进行宣传时，便强调要“为死者报仇，建市民政府”。
军事委员会（特别军委）以周恩来为主，赵世炎等人为辅。周恩来本身的职务是中央军委书记，那个时候，中共有三种组织形式，分别是共青团、党委和军委，这三种组织形式可谓一层比一层严格，换句话说，中央军委在组织上比党团还要严密。凡军委成员一律不编入普通支部，原则上军委成员和他们的工作也都不会让普通党员知道，因此很多党员都对军委不太了解。
周恩来能够担任这么重要组织的一把手，与其过往履历是分不开的。那年他与赵世炎等一同旅欧，回国后即担任了黄埔军校政治部主任，周恩来不仅熟悉军事，而且在黄埔学生乃至北伐军中也有较高的威望。
特别军委一成立，周恩来即从已到达浙江的北伐军中调来共产党员侯镜如，让他分管工人纠察队的训练。侯镜如是黄埔第一期毕业生，参加过东征、北伐，有一定的军事知识和经验，在他的调教下，一段时间后，已经有一千八百名纠察队员可以较好地使用武器了。
毫无疑问，武器以及夺取武器在武装起义中占据着相当重要的位置。可是在第二次武装起义时，却有许多人没有认识到这一点，一些工人虽然占领了警署，但也只不过是捣毁署内的家具而已，枪械连碰都没碰一下。
必须像攻占香烟桥警署那样组织起来，未来的起义才能取得成功。在周恩来、赵世炎的领导下，特别军委对上海八个区的工人纠察队实行了统一的编制和组织，工人集中的区均设立了纠察队总指挥部，下设大队、中队和小队，总指挥由特委统一指派，大队以下指挥则由受过军事训练的工人担任。
经过重新编组，以往纠察队中组织分散、指挥混乱的状况终于得到彻底改变。
第二次武装起义后，闸北工商界为了维护自身的安全，征得上海驻军同意，建立了一种名为保卫团的武装组织。周恩来和赵世炎知道后，便分别动员一些未暴露身份的纠察队员加入。
有的纠察队员开始想不通，说保卫团是保卫资本家的，我们难道去保卫资本家？周恩来听了哈哈一笑，问他：“我们现在缺什么？”
队员回答缺枪支和弹药。
周恩来说，保卫团不但有枪支弹药，还有合法身份呢，纠察队打进去后，正好可以掩护军事训练以及其它起义准备工作。
有的队员虽然明知这是一计，但又认为自己是党员，加入保卫团会搞臭名声，日后被群众看不起。赵世炎耐心解释，告诉他们即便群众一时产生一些误会，日后也会得到澄清，“是铁是钢，时间和事实会给我们作证的，一时有些误会，对于革命者来说，又算得了什么？”
经过动员，纠察队先后有一百多人参加保卫团，有人还当了班排长。他们白天公开参加训练，学习军事知识，晚上再把枪带回家，用于训练其余的纠察队员。
因为有了保卫团这层外衣，连起义准备阶段的武器搬运都变得方便多了。有一次周恩来准备了两只皮箱，里面放的全是手枪、盒子炮和子弹。加入保卫团的纠察队员任其祥等人奉命带着这两只皮箱，乘一辆小汽车，从位于法租界的军委机关出发，送往指定地点。
任其祥等人都穿着保卫团的制服，外面罩一大褂。等汽车一离开法租界，进入华界，他们便马上把外面的大褂脱掉，露出制服。在路边站岗的警察原想“抄靶子”（旧上海用语，即警察搜身），一看是保卫团的人，也就抬手放行了。
中途，小汽车被上海警备司令部的小汽车盯上了，而且一直紧随不舍。在这种情况下，他们干脆将小汽车先直接开到保卫团团部。盯梢的汽车见状没了脾气，不得不怏怏离去。
当然保卫团的制服也不是万能的，而且有时情况紧急，制服也未必穿在身上，这时候就得靠点随机应变的能力和胆量了。
一天傍晚，任其祥麟雇了一辆汽车，准备将一箱武器送交共和新路的工人纠察队队部。路上突然遇到一位包探（旧上海租界的密探），拦着汽车要进行检查。
包探整天在上海滩的各个旮旯里转悠，方方面面的人都认识。他认出任其祥是商务印书馆的工人，便厉声喝问道：“你到啥地方去？”
任其祥非常冷静地回答：“到车站！”随后指了指箱子：“你要不要看，这是一箱手榴弹。”
包探不知真假，反倒怂了，忙说：“好，你走吧。”
实际上，任其祥当时已握紧了衣袋里藏着的手枪，准备万不得已就给他来一下子。
汽车接着开到共和新路的弄堂口，发现有两个警察站在那里。任其祥疑心是队部出了问题，但此时他已经下车，不好再走，于是只得硬着头皮走进弄口。
到了队部门口，任其祥用暗号敲了敲门，幸好开门的是自己人，证明队部并未被发现或遭到破坏。
箱子还在车上，但警察也仍在弄口看着。有人建议再坐着汽车到街上兜一圈，等警察走后再抬箱子，可问题是马上要戒严了，汽车没法在街上兜风。
没有其它办法，大家把牙一咬，当着警察的面，大着胆子把箱子抬进了队部。奇怪的是，警察居然熟视无睹，就像没看到一样，大概他们也预感到暴风雨将至，不愿再继续招恨惹怨了。