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就在周恩来遭到扣押的同时，闸北、南市、沪西、吴淞、浦东等十四处工人纠察队驻地都遭到了袭击，双方发生激烈枪战。
虽然纠察队已经提前知道流氓会来捣乱，但没有料到对方会化妆成工人，加上周恩来等人又脱离了指挥岗位，猝不及防之下，受到不小损失。
倘若仅仅是对付流氓，纠察队其实还不至过于被动。最初人们得到的信息是，青帮流氓用的都是盒子炮（即驳壳枪），没有长枪和重武器，人数也不是太多，纠察队只要稳住阵脚，反冲过去就可以把他们通通缴械。
转折点出现在军队的突然介入上。第二十六军以工人发生“内讧”，需要调解为名，突然开来并分别将纠察队驻地予以包围。他们命令双方都放下武器，实际只是为了收缴纠察队的枪械，纠察队稍一犹豫，军队即发动进攻。
在冲突中，纠察队当场牺牲一百二十人，负伤一百八十人，枪支被缴一千七百余支。
应该说纠察队之前也做了很多准备，尤其商务印书馆被作为了主要的战斗据点，里面不仅陈列着三次武装起义的战利品，而且还蓄藏了大批武器弹药和粮食。商务印书馆本身是楼房，非常坚固，如果要坚守以待援兵的话，估计守上一个月都没有太大问题。可是由于第二十六军和流氓特务合谋耍了诡计，商务印书馆很快就被其轻易占领，湖州会馆等据点也同样因此落入敌手。
工人纠察队是临时市政府的后盾和支柱，在纠察队遭到缴械后，白崇禧立即派军队查封了临时市政府，正在开会的执行委员连同办事员二十余人全部遭到逮捕。这个上海历史上第一个民选的联合民主政权，仅仅存在了二十四天，就被扼杀在了摇篮之中。
流氓特务们见目的已经达到，连忙循原路退入租界。在他们行动时，杜月笙等人放心不下，一直在租界的铁门内守候，看到自己的门徒返回，这才离开铁门打道回府。
周恩来离开第二师司令部后，原本仍想去纠察队总指挥部指挥战斗，途中才得知商务印书馆俱乐部已被军队占领，而且敌人正在对他进行追缉。为避开追捕，他独自一人雇了条小船，以黑夜为掩护，渡过黄浦江，暂时到一处较为偏僻的浦东贫民区进行隐蔽。
没想到这处贫民区是第一军第一师的防区，天一亮，十余名士兵便发现周恩来并将他拘押起来。这些士兵隶属于第一师第七团，团长鲍靖中是黄埔生，他前来进行审问，一进关押周恩来的临时小屋，就认出对方是当年黄埔军校的政治部主任，不由大吃一惊。
鲍靖中向来不赞成反共，经过一番激烈的思想斗争，他决定要冒险救出周恩来。
与此同时，第一师代政治部主任酆悌也得知了周恩来被抓的消息。这时已经有人主张将周恩来就地枪决，酆悌亦是黄埔生，他和鲍靖中一样，从内心里都很敬佩周恩来，认为此人才华出众，乃中国的第一流人才，杀之可惜。考虑再三，酆悌便打算出面劝说周恩来发表一个脱离中共的声明，以保全其性命。
看到酆悌匆匆赶来，鲍靖中以为营救周恩来的意图已被察觉，神情十分紧张。见此情形，酆悌心里明白了大半，他装作一无所知的样子，问了问七团“清共”的情况后，就起身离开了。
鲍靖中知道此地不宜久留，他让人找来一套军装，把周恩来化妆成本团的士兵，然后亲自骑马护送周恩来离开了浦东。
此时，上海的大街小巷和车站码头上，到处都张贴着蒋介石发布的通缉令，宣称谁如果能抓获“潜匿沪上的伍豪（周恩来的化名）”，即重奖现大洋八万元。
也幸亏有鲍靖中亲自护送，一行人骗过几道岗哨的盘问，经过几番周折，终于使周恩来安全脱险。