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蒋介石一向很注重军事实力，且自认已经军权在握，不过当时的实际状况是，国民革命军内除蒋自己的嫡系部队第一军外，其余各军首领大多跟蒋介石不对付。鲍罗廷也看到了这一点，他到武汉后，面对蒋介石的咄咄逼人，已不再一味妥协退让，而是开始联合反蒋的各军首领及国民党左派，通过组建反蒋阵线对蒋介石进行遏制，这就是所谓的“捧着左派去反蒋”。
反蒋阵线一开始声势很大，1927年3月举行的国民党二届三中全会更被认为是武汉反蒋运动最精彩的一幕。就在这次会议上，汪精卫得到重新肯定，蒋介石则被免去国民党中央主席等职，虽然保留了总司令的位置，但与他过去的权力相比，是大为削弱了。
会议还通过选举，使得谭平山等共产党员再次进入国民政府任职，其人数基本恢复到了中山舰事件以前的状况。
民国军事家蒋百里曾称蒋介石是一个“有决心的军人”，此人的权力欲望和独裁意志都非常强烈，但是在时机尚未成熟之前，也会把真实想法埋在心里，比如他曾表示根本不反对孙中山的联俄联共政策，也否认和汪精卫不和。现在发现自己地位不稳，他不但不再掩饰自己的反共意图和决心，而且开始有意识地利用“反共”这面旗帜来对反蒋阵营进行分化。
还在二届三中全会召开期间，蒋介石就率先在江西展开反共运动。先是枪杀了江西赣州总工会委员长陈赞贤，继而下令解散拥护武汉的国民党南昌市党部，由他指派亲信另行进行重组。
全会结束后，蒋介石又以武力解散了偏向左倾的国民党九江市党部和九江总工会。在其势力所达到的安庆、福州等地，也都先后发生了杀害中共党员的事件。
蒋介石的这一招很快就起到了作用，不赞成反蒋、对中共抱有敌意的国民党右派人士纷纷离开武汉，前往南昌，而中共党员和部分国民党左派则因在长江下游难于立足，开始向武汉集中。
建都之争从最初的党权和军权之争，迅速转化为蒋氏在南昌的反共阵线，与武汉的反蒋阵线之间的对垒，而且这种对垒形势一旦形成，双方便都失去了转圜余地，连武汉南昌间的各种联系都宣告断绝了。
可以这样说，在中共发动占领上海的工人武装起义之前，蒋介石一心想的就是如何“清党”（也称“清共”）。
对于“清党”，蒋介石曾表现得顾虑重重，因为国民革命军毕竟是在苏联和中共的帮助下建立起来的，如果进行大规模“清党”，势必要与苏联决裂，而且还得背上屠杀工农的骂名。除此之外，在实力方面他也觉得缺乏信心。
北伐开始后，国民革命军共编成八个军，除留守广东的一个军外，其余开到前线的七个军大部分都倾向于武汉政府，只有何应钦的第一军、新桂系（以李宗仁和白崇禧为首）的第七军站在蒋介石一边。
即便是号称蒋氏嫡系的第一军，虽然自中山舰事件以来，周恩来等许多共产党人已被迫退出，但共产党政治影响力仍不容小觑。第一师代师长薛岳、第二十一师师长严重被认为“俱有左倾倾象”，第二师师长刘峙虽反共并忠于蒋介石，可是该军的中下级军官都不听刘峙的。
1927年3月26日，蒋介石刚刚到达上海，白崇禧就向他报告：“第一军驻在沪杭、沪宁沿线，各师的各级干部均已自由行动，不听约束。”接着，第一军各师黄埔毕业的军官便成群结队地赶到上海，就他们的困惑和不解向“蒋校长”进行质询。
想当初在黄埔军校内，蒋介石曾口口声声，说要“服从第三国际领导”，“反共便是反革命”，“反农工便是替帝国主义服务”。大家质询的主要内容就是如今国共关系恶化，你“蒋校长”说过的这些话究竟还算不算数，如果不算数，又该做何解释。
蒋介石也不能把说过的话重新咽回肚子里去，只得分情况进行辩白、劝慰，有时候还要板起脸来骂上几句。
蒋介石不像汪精卫那样有好口才，为了这件事，他忙得口干舌躁，乃至于一整天都无法休息，等到好不容易把军官们支走，已是声音喑哑，面色苍白。
第一军军长何应钦倒是唯蒋介石马首是瞻，但问题是他也有了掌握不住部队的感觉，在不得已的情况下，只得给蒋介石发来了辞职电报。
部队控制不住，上海又成了共产党和工人的天下，在蒋介石等人看来，此时的上海，工会“气焰熏天，已完全脱离了国民党的掌握”。蒋介石为此沮丧不已，心急如焚，直到第七军军长李宗仁也来到上海。