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1926年5月，国民党召开二届二中全会。会前蒋介石与鲍罗廷会商国共合作，借机抛出了“整理党务决议案”。这是一个志在对中共发展进行限制的方案，其中之一便是规定共产党人不能再担任国民党中央党部的部长。鲍罗廷明知其弊，但由于一心想要拉住蒋介石，在未与中共中央商量相关细节的情况下，就点头同意了。
方案在会上通过后，中共虽然仍参加国民革命的各项工作，但事实上却成了在野党。大家对此都很气愤，有的说：“鲍罗廷被绑票了，张国焘、谭平山做了投降代表（张、谭均为当时中共在广东的负责人）。”还有的说：“为何不退出国民党？为何要被动地受处罚、被整理？”
在国民党二届二中全会上，公认的赢家有且只有一个，那就是蒋介石，他由此登上权力的顶峰，并首开军权高于党权的先例。
至于中共、国民党左派，甚至包括直接挂着右派标签的西山会议派，则全都是输家——
会后不久，毛泽东的宣传部长、谭平山的组织部长、林伯渠的农民部长等职务均被国民党人所取代，至此国民党中央党部内再无一个共产党员。
汪精卫失去了在国民党中央及国民政府的领导权，实权完全落到蒋介石手中。
西山会议派认为“整理党务案”将“容共”变成了“联共”，等于承认了中共在两党合作中的名分，因此也很是懊丧。
“被绑票”的鲍罗廷当然亦是输家之一，可是事已至此，他只能故作镇静，继续打肿脸充胖子，作种种有利于自己的解释：“我们没有被驱逐出广东，那就显示我们仍有胜利的机会，只此一点，就可证明我们的处理方针并不算是完全错误的。”
一而再，再而三的容忍和退让，所换来的未必就是和谐。通过“整理党务案”，大家都对蒋介石有了一个新的认识，鲍罗廷亦不例外。
谭平山当时曾找到张国焘，说他是老同盟会员，“蒋介石如此专横，中共又如此忍让”，他不要干共产党了。谭平山宣称他要以老同盟会会员的资格，联络李济深（时任国民革命军第四军军长）以及广东的老国民党党员，公开与蒋介石和浙江系对抗。
在谭平山的要求下，张国焘陪着他去找了鲍罗廷。张国焘起初还以为鲍罗廷对谭平山的态度会不以为然，没想到他不但没有表示出任何反对意见，还问谭平山：“你有什么办法联络李济深？”谭平山一看鲍罗廷感兴趣，就说他可以试一试。
双方把话说到这里，鲍罗廷也不再掩饰他对蒋介石及其党羽的反感，这显示出他对于蒋介石虽然表面上仍极尽忍让之能事，实际已想利用国民党的内部矛盾来改变既成局面。
可惜李济深虽然反蒋但并不亲共，谭平山的联络工作并未能够收到显著成效。
不久国民革命军誓师北伐，北伐军先克武汉，再下南昌。1927年1月1日，国民政府从广州迁都武汉，并立即开始办公。然而仅仅两天之后，担任北伐军总司令的蒋介石就从南昌致电武汉，主张国民政府暂设南昌，由此揭开了建都之争的帷幕。
其实建都武汉原本就出自于蒋介石的提议，并经过了国民党中央与国民政府委员们的一致同意。他之所以出尔反尔，表面的理由是为了军事与战略的需要，即长江下游正在鏖战，建都南昌更有利于指挥和统筹，实际却是要“挟天子以令诸侯”，一方面继续在国民党内争夺权力，另一方面着手做反共的准备。
蒋介石如此为所欲为，首先在国民政府内部就引起了极大非议。时任财政部长的宋子文从其主管部门出发，认为经济危机已经在革命地区蔓延，一旦迁都南昌，整个财政都要失败。担任代理组织部长的陈公博也认为迁都南昌不仅会影响到国民政府的威信，而且南昌本身缺乏同北伐军所占领的各个地区建立可靠联系的条件。
面对巨大的反对声浪，蒋介石被迫口头同意定都武汉，说：“当然，是准备搬的。”可是与此同时，他又为自己找了一个可以无限期推托的借口：“你们晓得，总司令应当靠近前线，而你们明白，现在前线是在东边，部队正在浙江和南京作战。”