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1926年3月19日，中山舰舰长李之龙接到误传的命令，派中山舰返航广州。蒋介石得报，便认为传言到了落到实处的时候，汪精卫和苏俄、中共真的要联合起来对付他了，于是第二天便来了个先发制人，不仅下令逮捕李之龙，还出动武装部队，将苏联顾问团、中共机关乃至汪精卫的住所全部包围起来。
汪精卫事先对此自然是毫无所知，事件发生后才通过电话得到报告。汪氏平时性情温和，很少发火，但碰到这种窝心事，也忍不住了，他愤然挂断电话，此后便一言不发，不再在公开场面露面。
仅仅隔了两天，事情即水露石出，真相大白。当天国民党召开内部会议，汪精卫当着与会党政大员们的面，劈头盖脸地将蒋介石一顿痛骂，直骂得蒋介石面红耳赤，连头都抬不起来。
知道自己闯了祸，蒋介石一度也感到非常悲观和害怕。为了能够向方方面面有所交待，他选择了以退为进的办法，上书自请处分，并在孙中山像前立正，表示承认错误。
与此同时，蒋介石却又将了汪精卫一军，认为汪精卫在领导上也有错误，在处分他之前，汪应该先有一个态度。
汪精卫虽不直接执掌军队，但其实在军队中也拥有相当高的支持率。当时国民革命军共有六个军，除蒋介石自兼军长的第一军外，其余各军将领，尤其是粤籍的张发奎、薛岳等人都亲汪恶蒋，认为蒋介石一派是“浙江人外江佬排挤广东人”。
中山舰事件发生后，汪精卫在军政两界都得到了较为广泛的同情，只要他本人的意志坚决一点，不说趁势把蒋打翻在地，起码让他吃些苦头，受点教训总是可以做到的。
问题是汪精卫性格偏软，在他的政治生涯中，但凡需要他负起责任时，往往都会选择逃避和退缩。这次也不例外，他没有跟蒋介石正面交锋，而是声称“为党国威信计，不能再干下去了”，不久即以“迁地就医”为名秘密离穗。
汪精卫一溜号，剩下的亲汪分子和左派人士群龙无首，能做的也就仅止于发发牢骚罢了。
在中山舰事件中，不单单苏联顾问团、中共机关受到威胁，黄埔军校以及第一军里的中共党员也全部遭到扣押，连时任黄埔军校政治部主任的周恩来都未能幸免。众人对此都非常愤慨，认为蒋介石发动的这次事件即便所针对的对象并非中共，但事实上也让中共成了代罪羔羊。不少人要求联络各方，给予蒋介石以有力反击，更有人认为此事件一出，证明中共在国民党内合作的政策已无法继续下去，亟需改弦更张。
此前共产党在第一军中的力量其实是最强的，党员人数比别的军都多，除周恩来任第一军政治部主任兼一师党代表外，两个团长都是共产党员，营以下军官也有不少人是党员。
第一军又以黄埔教导团为老底子。众所周知，政治课在黄埔课程中占有相当大的比重，这些政治课过去全都是由周恩来负责的军校政治部所安排，授课的政治教官也多为恽代英、萧楚女等共产党员，因此共产党对黄埔教导团有着不可低估的影响力。
在当时的情况下，真要打起来，蒋介石能够指挥的力量并不多，如果中共能够把在第一军的力量充分发挥出来，再联合其余各军各派，甚至于还能把蒋介石逼至绝境。可是中共负责人对此却表现得信心不足，他们一味把希望寄托在汪精卫及国民党左派之上，觉得中共要独立对蒋介石进行反击，“不特力有不逮，对国民革命的前途也并不合算。”
苏联方面同样没有与蒋介石和国民党划清界限的决心。总顾问鲍罗廷返回广州后，为维护他本人和莫斯科的威信，把中山舰事件的责任都一古脑地推给了中共。与此同时，他仍称蒋介石不过是中派，甚至说“孙中山先生本人也只是一个中派”。最后苏联政府还以季山嘉未处理好与国民党的关系为由，将其予以撤职并召回国内问责，等于做了全面的退让。
毛泽东这时正在广州，任国民党中央宣传部代理部长，他的工作能力很强，据说连汪精卫都很看重他。大革命时期的毛泽东个性鲜明，有很多独立的见解，其主张之一，是认为以往太过注重支持蒋介石，而忽略了在国民革命军的其它各军中进行平衡发展，所以才酿成了尾大不掉的局面。
对于鲍罗廷和中央采取的退让政策，毛泽东也很不赞同，尤其鲍罗廷还将责任过错全部推给中共，更让他感到难以理解，为此他曾对张国焘说：“鲍罗廷这个洋鬼子居然玩弄这样的政治手腕……”
毛泽东虽有见地，但他不是中共中央的决策者，在党内的政治地位远远比不上张国焘等人，自然意见也得不到应有的重视。未几，中共中央决定接受蒋介石提出的条件，即要么退出军队，要么交出党员名单。周恩人等人从此被排挤出第一军，中共原先在第一军中的力量也遭到了严重削弱。
中山舰事件的结果，蒋介石不但没有受到处分，地位反而得到了提升。他喜出望外，为了表明自己至少是鲍罗廷所说的那种“中派”，特地在黄埔发表演说，骂了西山会议派一通，接着又下令同时解散黄埔军校内的两个对立组织，即左翼的“青年军人联合会”和右翼的“孙文主义学会”。
作为政坛上的权斗高手，蒋介石深谙“借力打力”的学问。在与鲍罗廷晤谈过程中，他转述了胡汉民的话，说胡汉民要他不再信任鲍罗廷并将鲍扣留起来。
胡汉民是国民党大佬、右派代表人物之一，蒋介石的所谓转述当然不是无意为之，实际就是在给鲍罗廷施以下马威。鲍罗廷哪能察觉不出来，但他既对蒋存有幻想，指望用蒋这个“中派”来对付右派，也就只能打碎牙齿和血吞，用忍气吞声的办法暂时敷衍过去。
蒋介石的政治嗅觉何其灵敏，一旦拨拉清楚鲍罗廷肚子里的那点小九九，他立即紧抓不放，于是在中山舰事件之后，很快就有了“整理党务案”。