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《战争与和平》创作于一八六三年至一八六九年。在这之前，托尔斯泰曾打算写一部叫作《十二月党人》的小说。六十年代初写成了几章，其中描绘了一八五六年从流放地回来的十二月党人拉巴佐夫的形象，此人历经磨难，仍保持着青年时代的锐气。后来托尔斯泰的创作构思发生了变化。他在《战争与和平》前言的一个草稿里讲了构思变化的过程，他说：“一八五六年我开始写一部具有一定倾向的小说，主人公应是一个带着家眷回到俄国内地的十二月党人。不知不觉地我从现代转到了一八二五年，转到了我的主人公迷惘和不幸的时代，放弃了已写好的开头。但是一八二五年我的主人公已是一个有了家室的成年人。为了理解他，我需要转而研究他的青年时代，而他的青年时代正好与一八一二年俄国的一个光荣时代相吻合。于是我又一次抛弃了开了头的东西，决定从一八一二年写起……”接着他又说：“如果只写我们如何战胜波拿巴的法国而不写我们的失败和耻辱，我觉得有点不好意思下笔……于是就从一八五六年回溯到了一八〇五年，打算领着我的主人公（已不是一个，而是许多男女主人公）从这时起经历一八〇五年、一八一二年、一八二五年和一八五六年的历史事件。”
托尔斯泰于一八六三年动笔，从保存下来的手稿来看，小说有过十五种开头。前四个开头从一八一一年写起，接下来的两个开头改为从一八〇八年写起，到第七个开头才把情节开始发生的时间挪到一八〇五年。而地点时而在童山，时而在彼得堡，时而在莫斯科，时而又转回彼得堡，只有第七个开头情节发生的地点在国外的奥尔米茨营地。最后终于把开头的时间地点定在一八〇五年七月彼得堡一个宫廷女官的客厅里。
经过艰苦的创作探索和反复的加工，托尔斯泰终于写出了小说的第一部，它以《一八〇五年》为题发表在《俄罗斯通报》一八六五年第一、二期上。接着该杂志一八六六年第一期至第四期发表了第二部，这一部仍以《一八〇五年》为题，不过加上了《战争》这一副标题。这时这部小说的名称和整个构思尚未最后确定下来。
一八六六年五月托尔斯泰给费特写信说：“我希望在一八六七年前结束我的小说，并以《万事大吉》为书名出单行本……”
在他这时为小说后面的部分所拟定的提纲里，情节的发展与后来的定本有明显的不同，基本上是一个否极泰来、有情人终成眷属的结局。这与作者要把小说定名为《万事大吉》的意图是吻合的。但是作者没有按时完成他的计划，这主要是因为他在写一八一二年卫国战争的过程中对这场战争的性质有了更加深刻的认识，对这个主题做了更深的开掘，原来的构思发生了变化。他重新审订了已写成的部分并做了修改，放弃了原来的结尾，引进了新的人物，加入了许多历史的和哲学的议论，描绘了人民战争的更加宏伟的图景，对主人公的命运做了新的安排，并且决定放弃《万事大吉》的书名，将小说定名为《战争与和平》。从流传下来的文字材料来看，作者本人首次用《战争与和平》作为书名是在一八六七年三月下旬，他在给拉夫罗夫的信中宣布同意以《战争与和平》为书名排印自己的书。
到一八六七年底出版了小说的前三卷，开始排印第四卷。一八六八年至一八六九年托尔斯泰写完了余下的部分，全书六卷于一八六九年出齐，这就是小说的第一版（一八六七至一八六九年）。一八六八年十月出版了前四卷第二版，这次出版前托尔斯泰亲自看了校样并做了修改。这四卷与一八六九年出版的后两卷合在一起，成为整部小说的第二版（一八六八至一八六九年）。
上面说过，托尔斯泰在创作《战争与和平》的过程中构思发生了明显变化，许多段落进行多次的改写，文字进行了反复的推敲和锤炼。保存下来的手稿多达五千多页，草稿和异文共有一千六百余页，收入《托尔斯泰全集（百岁纪念版）》时，用了整整三卷。从中可以看出，托尔斯泰在创作这部巨著上付出了多么艰辛的劳动。他不仅在稿子上不断涂抹修改，而且在看校样时也这样做。这种做法有时不为人们所理解。例如曾帮助托尔斯泰工作并负责监印《战争与和平》的巴尔捷涅夫在托尔斯泰要他把小说第一部的全部校样寄去以便进行修改时写信给托尔斯泰说：“天知道您在干什么。这样我们永远修改不完和出版不了……您的大部分涂改是不必要的。”托尔斯泰给他回信说：“我不能不像这样进行涂改，并且清楚地知道，这样涂改有很大好处。”
反复修改成为托尔斯泰在创作中遵循的原则，他还说过，“应当永远抛开不进行修改地写作的想法”
。他又说，“主要的是，应当不急急忙忙地写作，不要对十次、二十次地修正和改写同一个东西感到腻烦”
。他的包括《战争与和平》在内的一部部杰作就是这样经过反复修改、精雕细刻而成的。
一八七三年在出版《托尔斯泰文集（八卷集）》时收入了《战争与和平》。这是这部小说的第三版。以后它的许多版本都是随着文集出版的。作者在把小说收入这个《文集》前，对它做了较大的改动。首先把小说中的全部法文改为俄文，并去掉了关于战争、历史和哲学的议论（其中关于一八一二年战争的议论以及《尾声》第一部的前四章和整个第二部编成题为《关于一八一二年战争的文章》的附录），这大概是因为考虑和接受了有人提出的小说中法文和议论过多的意见。当时他曾写信给帮他修改作品的斯特拉霍夫说：“去掉法文我有时感到可惜，但是总的来说，我觉得不用法文要好些。我还觉得，把关于战争、历史和哲学的议论从小说中去掉，可使它变得不那么累赘，不过这些议论单独说来还是很有意思的。”
对小说的结构也做了改变，把原有的六卷改为四卷，原有的第一卷不变，原有的第二、三卷合为第二卷，原有的第四卷和第五卷第一部合为第三卷，原有的第五卷其余部分和第六卷合为第四卷。从内容来看，这样分卷比较合理，而且各卷的篇幅也比较均匀。这种分卷方法为后来各种版本所沿用。此外，托尔斯泰对文字做了改动。这是作者亲自对小说所做的最后一次修改。一八八〇年出版的《托尔斯泰文集（第三版）》所收的《战争与和平》是照一八七三年的版本排印的。这是《战争与和平》的第四版。
在这之后，托尔斯泰把作品出版的事务交由妻子索菲娅·安德烈耶夫娜·托尔斯泰娅负责。在她的主持下于一八八六年出版了《托尔斯泰文集》的第五版和第六版。在第五版中，《战争与和平》根据一八六八至一八六九年的第二版恢复了法文和各种议论，不过保留了一八七三年的第三版把全文分为四卷的划分和所做的文字修改。同时出版的第六版（廉价版）大概是为了便于普通读者阅读，没有恢复法文。根据托尔斯泰的家庭教师伊瓦金在他一八八五年八月十三日的笔记里的记载，托尔斯泰曾坐在一旁听他给伯爵夫人读《战争与和平》的校样。
可见，他是知道《战争与和平》要出新版本的事的。但是没有事实证明他参与了出版工作。众所周知，这时他的世界观已发生转变，文学观也有很大变化，他把自己过去的作品称为老爷的“消遣”，认为一切都要重新写，因此大概不会有兴趣来折腾自己的旧作，很难说这个版本的改动是他自己的主意。
在这之后，《战争与和平》又出了五版，其中第七版（一八八七年）、第八版（一八八九年）和第十版（一八九七年）没有恢复法文，第九版（一八九三年）和第十一版（一九〇三年）恢复了。就这样，在托尔斯泰生前，《战争与和平》曾有过四种不同的版本：一、一八六八至一八六九年的第二版，分六卷，有法文和议论；二、一八七三年的第三版，分四卷，去掉法文和议论；三、一八八六年的第五版，分四卷，恢复法文和议论；四、一八八六年的第六版，只恢复议论，没有恢复法文。
十月革命后，根据列宁的倡议筹备出版《托尔斯泰全集》。第一卷在一九二八年作家百岁诞辰时出版，因此这个版本叫作“百岁纪念版”。全书共九十卷，到一九五八年才出齐。其中《战争与和平》收在第九卷至第十二卷，曾印刷过两次。第一次印刷（一九三〇至一九三三年）所依据的版本是一八八六年的第五版；第二次印刷（一九三七至一九四〇年）则以一八六八至一八六九年的版本为基础，采用了一八七三年版本的所有修改。因此这两次印刷的文本存在一定的差别。关于哪个版本应看作《战争与和平》最后定本的问题，二十世纪六十年代初苏联学术界有过争论。奥普利斯卡娅提出应把“百岁纪念版”中第二次印刷的版本看作定本。
古德济则认为定本应是一八七三年的版本，理由是：这是托尔斯泰对小说进行最后一次加工的结果。
他的看法遭到托尔斯泰生平和创作的最老的研究者古谢夫的批评，古谢夫认为应把一八八六年的版本看作定本，因为这个版本表达了作者最后的创作意志。
扎依坚什努尔的看法与上述学者的看法都有所不同。她根据托尔斯泰与合作者的来往信件和其他材料，认定一八七三年出第三版前对一八六八至一八六九年版本的修改并不完全是作者做的，有相当大的部分属于斯特拉霍夫所为，因此认可一八七三年版本的全部修改是不合适的。根据这一点，她认为不能把“百岁纪念版”中第二次印刷的版本作为定本。同时她也认为不能把“百岁纪念版”中依据一八八六年版本的第一次印刷的版本作为定本，因为作者并未参与一八八六年版本的出版。此外，她还指出“百岁纪念版”的两个版本都没有根据手稿进行校勘，以致许多抄写、印刷和辨读上的错误未能改正，据她统计这样的错讹多达一千八百五十五处。
二十世纪六十年代上半期出版了《托尔斯泰文集》的二十卷集。其中《战争与和平》（第四卷至第七卷）主要以一八六八至一八六九年的版本为蓝本，采纳了一八七三年的版本的分卷方法和其中托尔斯泰本人所做的修改，并根据手稿和其他原始材料进行了校勘，改正了各种错误和编辑的不正确的辨读。七八十年代之交出版的《托尔斯泰文集（二十二卷集）》中《战争与和平》根据上述二十卷集印刷，不同的是，这个版本除附有作者撰写的《关于〈战争与和平〉一书的几句话》一文外，在每卷后有更为详尽的注释。现在这个版本被认为是比较完备的版本。