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弥生时代与绳文时代最大的区别在于，日本列岛由狩猎、捕捞、采集的自然经济转变为以水稻耕作为主的农业生产经济。当时的自然环境与绳文时代完全相同，但弥生人选择居址时，往往选择适合经营水田的地点。这些地点多为靠近河流、湖泊的平坦地区或是较低洼的地区，更多的则是沿海的地势低洼或平坦的地带。亦即是说弥生时代的聚落，因受到水稻耕作这一条件的影响，已从绳文时代的山丘上移到了低平的地带。弥生时代的聚落遗址，早期在海滨附近还留有小贝丘遗址，中期以后多位于低地。中期的聚落，已经形成了一个相当规模的集团住宅。东京都大田区久ケ原·岭一带的多摩河西的肥沃台地上，发现有许多遗址。遗址大小不等，而且保持着一定的方向，大约属于有着规定间隔距离的居住遗址。即使不是同时期营造的，它们的布局与排列也是非常合理的。晚期的聚落遗址无论是规模还是数量都有所增加。
在绳文时代晚期即已出现了小型的环壕聚落，而到了弥生时代环壕聚落由于农业的出现，水稻的大量种植和推广，与之相适应的环壕聚落亦随之形成和发展起来。
聚落的布局与绳文时代相比已发生了巨大的变化，主要是环壕聚落的大量出现。日本由于20世纪30年代首次发掘了规模较大的福冈市比惠环壕聚落遗址，发现了用环壕围绕的弥生时代聚落遗址。环壕聚落在九州地区发现数量最多，属弥生时代早期的已发现很多，中、晚期则数量愈来愈多。迄今为止，在日本各地已发现的环壕聚落达数百处之多。环壕聚落大小不一，结构亦不完全相同。小的只有几座房屋，在外部挖出一个方形的壕沟，使之成为一个相对独立的区域，这是一种较小的环壕聚落。较大的环壕聚落还分成内环壕和外环壕。在环壕内、外有居住址和贮藏穴，也有的贮藏穴均在环壕内，而不见居住址。即是说，这样的环壕是为贮藏专用的。用于贮藏的仓库有两种：一种是地下竖穴式贮藏仓，用于放置土器或粮食，上部应有简单的顶棚；另一种是建在地面之上的高床式贮藏仓，主要为放置粮食用，这种贮藏仓有时难以和居住的房屋相区分。到弥生时代中期，环壕聚落的内涵发生了很大的变化，环壕内以房屋为主，在房屋周围分布有一些贮藏穴，这种布局应是真正意义上的聚落。由于人们的居住区域和贮藏区域都集中在同一环壕内，构成了一个人类集团的完整区域。到了弥生时代后期，环壕聚落的内涵又有所变化，此时的贮藏设施多为高床仓库，环壕内为居住址，高床仓库建在环壕外。
环壕聚落规模宏大、遗存丰富的典型例子当首推九州地区的佐贺县吉野里遗址，这个聚落迄今为止被称为弥生时代最大的遗址。遗址位于吉野里丘陵上。在弥生时代的中期后段开始出现了环绕丘陵而设的大规模环壕。环壕南北长1000米，东西最宽处约600米，外环壕总长2500余米。环壕剖面呈“V”字形，深约3.5米。在中部偏南的丘陵顶部还设有内环壕。在聚落中心又挖掘了南北长约150米、东西宽70—80米的环壕，这样就形成了具有外壕和内壕的环壕聚落。外环壕内侧还有土墙和栅栏。外环壕有5个出入口，内环壕有3个出入口。有的出入口还发现有宽7米供出入的土桥。在内环壕内侧西北部还发现了被认为是宫殿类特殊建筑的遗迹。聚落外还发现有墓地。
吉野里遗址共发现土坑半地穴式房屋290座以上，观望楼3个，贮藏穴150个，干栏式建筑100座以上，瓮棺葬2313座以上，土圹墓和木棺墓316座以上，石棺墓11座，祭祀坑约50个，人工堆筑的坟丘墓2处。瓮棺墓地成人和儿童是有区别的，一般来说，器高70厘米以上、口径在40厘米以上的大型瓮棺为成人用；器高50厘米以上、口径40厘米以下的小型瓮棺为幼儿和儿童用。其中大型的成人瓮棺占63%以上，幼儿和儿童的小型瓮棺不足37%。根据成人和幼儿、儿童的瓮棺葬的比例，可见幼儿和儿童的死亡率占成人的半数以上。瓮棺为倾斜放置，倾斜角为30°—40°。
土坑半地穴式房屋有圆形、椭圆形、长方形、方形等，以圆形居多。面积大小不一，小则不足10平方米，大则数十平方米。贮藏穴有圆形、椭圆形、方形、长方形几种，以圆形居多。在有的贮藏穴内发现有炭化稻米。高床仓库主要发现于外环壕的南侧，以单间为主，也发现有多间的。面积在10平方米以下，大者达20余平方米。有的高床仓库内发现有炭化稻米。观望楼发现3处，位于内壕向外凸出处的内侧。其中有2座为双间建筑，1座为单间建筑。吉野里V区SB1138观望楼的内部中央偏西南处有2个柱洞，推测应为立置木梯的柱洞。在南部台地上形成了包含前期环壕聚落在内的超过20公顷规模的环壕聚落。在其南边的山脊上垒有看上去像祭坛的大规模人工土丘。
此外，在环壕聚落内的南部设有铸造剑和矛的青铜器手工作坊，这表明当时除稻作以外手工业的生产也比较繁荣。在环壕聚落北方的山脊上筑有几处由许多瓮棺墓组成的大型墓地。墓地内的墓群周边存在着装有打破了的祭祀用土器（涂朱土器）的灰坑。在墓地中存在可以与一般区别开的地方，营造有被认为是埋葬历代首领的大型坟丘墓。只有这里才集中发现了铜剑和玻璃制圆管，说明已有明显的阶层分化和首领权的确立。在北坟丘墓东侧的大型灰坑里发掘出了大量祭祀用土器。再朝北，建有包围着前期、中期环壕遗址的更大规模的环壕，并发展为南北长约1千米、东西最宽处0.6千米、超过0.4平方千米的日本国内最大规模的环壕聚落。
到了后期后半段的所谓邪马台国时代，在聚落内部形成了职能不同的几个空间，北内郭为首领住宅以及祭祀的空间；南内郭为实际管理国家的高层人物（大人）的居住空间，还有储备空间，它不仅是吉野里环壕聚落，而且也是收藏全国物资的干栏式仓库。以环壕按功能来区分空间，俨然形成了一国之“都”的体制。特别是在北内郭内，在中期筑造的北坟丘墓的南北主轴的南延伸线上，有一个被看作是祭殿的12.5米见方的大型立柱式干栏建筑。从北内郭内部出土了许多中期以后的祭祀遗物。几乎与用环壕区分南北内郭同时，在中期建造的南部祭祀祭坛遗迹周围也挖有沟（环壕），这表明在后期的环壕聚落内已正式给祭祀空间留有位置。可以认为，在环壕聚落北端的坟丘墓和北内郭一带举行的祭祀，与在南端的祭坛举行的祭祀，其目的和内容都不一样。
福冈市板付遗址发现有外环壕和内环壕。内环壕平面呈椭圆形，直径81—110米，面积约6700平方米。外环壕平面呈不规则长方形，南北长370米，东西宽170米。内环壕剖面呈“V”字形，宽约5米，深约2.5米。在内环壕内测的西部有一条南北走向的条形壕沟，将整个内环壕的内侧区分为大、小两个不同的区块。在西区内发现有集中的贮藏穴群，贮藏穴内出土有弥生时代早期的土器。东区的大部分区块基本为空白地带，推测应为居住区，可能是由于破坏较严重，未发现居住遗址。环壕外发现有水田遗迹，水田内发现有人的足迹。在内环壕的南侧和外环壕北侧地带也发现有大量贮藏穴，内环壕的北侧和外环壕南侧的地带发现有儿童墓地，外环壕外侧的北部地带发现有贮藏穴和墓地。环壕聚落多以单环壕为主，罕见双重环壕。环壕内主要为居住区，发现有成片的居住址和贮藏穴。或有儿童墓地，成人墓地多位于环壕外。少数环壕内有专门的贮藏穴场所，如福冈县的葛川遗址环壕内的贮藏穴又被有意的分成若干群。这些被分成若干群的贮藏穴推测应与环壕外不同的居住人群有着密切联系。在环壕外有的还发现有水田遗址。
关于环壕的功能，多数学者都认为其主要功能是区划和防御，或者可以这样推测——早期环壕主要是为了防御野兽的侵袭，到了中、晚期，从墓葬中出土的青铜剑、镞等武器，以及建有高高的观望楼来看，当时已经有了战争，环壕由此应运而生。
弥生时代的房屋以土坑半地穴式建筑为主，也有一定数量的地面式建筑和干栏式建筑。形状以圆形居多，其次为长方形或方形，个别为多角形。典型的半地穴式房屋，一般的平面为方形、长方形和圆形。根据室内柱洞的有无，可知当时的长方形和方形房屋的屋顶有“人”字形结构和“山”字形结构两种。室内有柱洞的应为“山”字形房屋，室内没有柱洞的，应是在竖穴外的地表上埋两排相对倾斜埋入地下的木柱。这种房屋的屋顶应为“人”字形。圆形的屋顶应为攒尖式屋顶。房址大小不等，大的有数十平方米，小的仅有数平方米。以奈良县唐古遗址为例来分析一下这个时期屋顶的构造。屋顶是在直径为3厘米的椽子上密密铺上细枝条，并且用藤蔓等物把椽子与枝条缠住，再于上面盖一层厚厚的葺草。当然也有例外，东京都久原遗址的竖穴顶部用的是细竹作椽，屋顶的覆盖物是草和树皮等。唐古遗址在厚12厘米的草葺上还放置树皮，仅杉树皮就厚15厘米。土坑半地穴式房址内没有柱洞的，都在房址外的地表上发现有柱洞遗迹，可能采取的是在外部埋柱子的做法。而且这种柱洞遗迹往往只发现两排，推测这是一种“人”字形结构的屋顶。还有的房址内发现4个柱洞，推测为“山”字形结构的屋顶。其炉灶的位置，往往在两个柱洞的中央，其上部为出烟孔。据绘画资料，也可以证明弥生时代有高床建筑。曾在香川县出土的一个铜铎纹饰上就发现了这样的画面，一个4根柱子支撑起的“人”字形建筑，建筑物的地面在空中，由梯子才能上去。为了支撑梁，另外还有2根独立的柱子。这是一幅非常珍贵的高床建筑资料。
弥生时代除了高床建筑外，还发现有地窖式的贮藏仓。它是直径1—2米、深40—50厘米的小竖穴，平面为圆形。内部放数个乃至10个左右的土器，器内除残留有桃核外，还有束缚物品的绳圈等。一般这种贮藏仓的上部都有简单的屋顶。水井的发明是这个时期生产和经济生活中的一大成就，因为这一发明可以使人们开辟更多广阔的生存空间。在奈良县唐古聚落遗址中发现有水井，是将一个直径80厘米、长150厘米的粗树干挖空后埋入地下。此外还有两侧是在地下打数根木桩围成桶状，并用芦苇编织成井壁。井坑打通了黏土层达到沙土层，将地下水吸上来，这就是简易的水井。后两例水井属弥生时代晚期。使用水井最早可追溯到弥生时代的早期末段。弥生时代已开始使用水井，这是确信无疑的。
绳文时代盛行的拔牙风习，弥生时代仍在继续流行。名古屋市热田高藏贝丘遗址发现了一例拔牙的人骨；富山县冰见郡宇波村大境洞窑和千叶县安房郡神户村安房神社洞窑中也都发现了拔牙的人骨。其中热田和大境的人骨上颚和下颚的犬齿都被拔除。安房神社的人骨是上颚犬齿及第二门齿、下颚门齿全被拔除。金关大夫先生的调查表明，上颚犬齿和下颚的全门齿都被拔除的均为女性。这是从长崎县北松浦郡狮子村根狮子遗址发掘中获得的资料，可见拔牙的风气在弥生时代仍流行。还有一些这方面的资料，属于弥生文化分布的边缘区域。所以有些学者认为，弥生时代的拔牙风气受绳文时代的影响，是从南方传来的一种习俗。不过这方面的资料还不丰富，只能说在绳文时代传统文化较浓的地区，到了弥生时代，拔牙风俗还有某种程度的残留。
弥生时代的埋葬习俗与绳文时代相比较有很大不同。此时已经一改绳文时代较单一的土圹墓埋葬方式。除继续流行土圹墓、瓮棺墓外，石棺墓和木棺墓也很盛行。新出现了支石墓（亦称石棚墓）、方形围沟墓、方形台状墓等。
瓮棺墓和支石墓的分布范围主要集中在九州地区北部。石棺墓除主要集中在九州地区北部外，也见于本州西部的山口县一带。土圹墓和方形周沟墓分布在九州和本州各地，范围较广，有的墓中用木棺。各类墓中的尸体多为仰身直肢。大多数墓很少有或完全没有随葬品。但在九州地区北部的佐贺县宇木汲田、福冈县的三云、须玖等遗址中有少数墓却有数量甚多的珍贵随葬品，种类包括铜剑、铜矛、铜镜、各种珠饰和玻璃璧等。少量墓中有随葬野猪下颌骨的习俗。以上现象表明当时的社会已存在着少数占统治地位的人，他们拥有大量的财富。
土圹墓是最常见的一种埋葬方式。有长方形、椭圆形和圆形几种，以长方形居多。不见葬具，随葬品极少见。在福冈县中寺尾遗址和山口县中浜遗址发现的瓮棺墓和石棺墓，其年代要早于土圹墓。早期随葬品主要为小陶壶，其后开始随葬少量铁器。中期以后，在福冈县的标野桁遗址和龟甲等遗址发现有土圹石盖墓，即在土圹墓之上用数块大石板覆盖。瓮棺墓已开始形成较大的墓地。较大的瓮棺墓地多集中发现于福冈县西部、佐贺县东部和熊本县北部地区。瓮棺主要是以大型的土器作为盛殓尸体的葬具，以壶和罐最为常见。以石板或木板为盖的成为单棺；2个土器组合的为合口瓮棺；极少数为3个土器组合的。合口瓮棺的结合处有的用泥条封住。瓮棺的墓圹多为圆形或椭圆形，墓圹向一侧倾斜，瓮棺倾斜放置于墓圹内。合口棺的棺身形状往往是同样大的瓮形土器，也有的是用壶、器盖、豆、残破大陶片等作瓮棺盖。一般来说，棺身都较大，器高1米左右。成人用大型瓮棺，儿童则用小型瓮棺。单棺葬和合口棺葬，埋葬时往往与水平方向呈30度倾斜放置。
关于这种埋葬方式，有人认为是挖掘土圹时为了省力，或者是考虑填土的压力对瓮棺不利而这么放置；也有可能是先把死者的半身放入作为棺身的瓮中然后再盖上棺盖的瓮，所以斜埋的情况居多。亦见有个别人骨大头朝下的例子。葬式多为直肢葬，屈肢葬较少，有少量二次葬。瓮棺内有的涂朱，瓮棺中绝大多数不见随葬品，但也有一些瓮棺内随葬有镜、剑、矛、玉、璧等。可以推测这些用来表示特定个体的财力和权力，而这种权力正在逐渐产生，此时应当是贫富差别和阶级产生的萌芽阶段。弥生时代早期偏晚阶段开始流行瓮棺葬，中期时传播至熊本县北部地区，晚期时瓮棺的数量锐减。瓮棺的分布中心以福冈县西部和佐贺县东部地区最为密集。瓮棺中有的随葬品较丰富。福冈县三云遗址发现的瓮棺，出土有35枚前汉时期的铜镜和2件铜矛。须玖冈本遗址D地点出土有20余件前汉时期的铜镜、铜矛和铜剑。
石棺墓利用石板垒砌而成的石棺，盖为石板或木板。头部的石棺略宽，足端略窄。大型石棺长1.5—2米、宽0.5—0.6米；小型石棺长0.6—1米、宽0.3—0.4米。棺内埋个体多少不等，在山口县土井浜遗址发现有一棺埋5人的例子。棺内随葬品罕见，多为小土器，此外还有少量贝制品、青铜器和铁器。石棺墓顶多见有小的封土堆。棺内尸体多为蜷曲葬，既有成人，也有儿童。木棺的形式与石棺相同，唯材质不同，系用木板组合而成。考古发掘中所见的木棺多已朽烂，但在墓圹的底部大多遗留有木棺的朽痕，有的还发现有铁棺钉。墓圹多采用二段式坑壁，墓圹口较大，向下则依据木棺的大小挖掘出墓圹，墓地大多不铺木板。墓圹两端挖有沟槽，堵板立置于沟槽内，两侧及顶均用较大木板组合成木棺，随葬品罕见。
在九州地区发现有300余座支石墓，多为二次葬。支石墓裸露于地面之上，是在地面上用稍小型基石支撑着的板状巨石，即利用数块条形板石立栽于地下一部分，条形板石之上盖一块巨大的石板。最大的条形盖石长约4米，多数长约1.5米、宽约1.2米。支石墓最先出现于西北九州地区，至弥生时代中期向南传播到熊本县，向东北传播至山口县。支石墓内置放木棺、箱式石棺。随葬品较少，仅见有少量土器和石器。在长崎县原山遗址发现的支石墓中，石棺很小，死者为二次葬，为火葬后的烧骨残骸。方形围沟墓是在墓葬的外侧挖有“V”字形或“U”字形的方形或圆形的围沟，中央为土圹墓和木棺葬。方形围沟边长10米—15米，大者边长20多米。围沟内多发现有残破的土器，推测应是当时人们在墓前举行祭祀活动后将土器丢弃在围沟内。
在大阪府的瓜生堂遗址方形围沟墓葬之上有高于地面的堆土，一般来说，已发现的墓葬之上有堆土的现象主要发现于近畿地区。方形围沟墓在中国、四国和南关东地区发现数量最多，年代最早的是大阪府的池上遗址、四池遗址、东奈良遗址和安满遗址。年代大约相当于早期偏晚阶段。中期以后方形围沟墓已波及至东海、北陆地区，晚期时波及至更广袤地区。方形围沟墓大体上可分为三种：①以大阪府的瓜生堂遗址为代表，地面建有高1.2米的祭坛。祭坛之上发现有6座木棺墓、6座瓮棺墓和1座土圹墓；②大阪府的安沟遗址，围沟内仅发现1—2座土圹墓。此类方形围沟墓在北陆地区和东海地区多有分布：③发现有极少量的大型方形围沟墓，如神奈川县的3座方形围沟墓。方形台状墓即是在平地或小丘陵之上人工修建成方形土台，上为平顶，四面为斜坡状，有的在近底部用石块层层垒砌，还有的四角向外突出。较大的高台墓边长15—18米，高2米，在高台之上有土圹墓、石棺墓和瓮棺墓葬等。方形台状墓主要发现于弥生时代中期。
冈山县四辻遗址发现的方形台状墓边长约14米。内设有多座土圹墓，北侧有17座土圹墓和2座瓮棺，南侧有31座土圹墓。岛根县仲仙寺遗址的9号方形台状四隅向外突出墓，边长15—18米，高2米。四隅向外突出，推测是用于建坟时运土的通道，或是利于祭祀。在方形台状墓的斜坡底部可能是为了防止坍塌而垒砌有护坡的石块。墓中央有3座木棺墓，仲仙寺遗址的10号方形台状四隅突出墓，其形状与结构与9号墓大体像似。
上述各类墓葬中，石棺墓、瓮棺墓和支石墓主要集中在九州地区，特别是在九州的北部地区发现较多。这三类墓葬在中国的北方地区，特别是东北地区发现较多。推测日本弥生时代的这三种墓葬形式应是从中国通过朝鲜半岛传入日本九州地区的。另一种墓葬即方形高台墓，无论从人工修建高台，还是在高台上修建墓葬来看，都与长江下游地区良渚文化发现的祭坛相似，但由于二者之间年代相距太远，是否有着渊源关系尚难下定论。再有，弥生时代虽然发现的方形高台墓不多，但应当是继弥生时代之后的古坟时代的大型古坟的祖型。