下载掌阅APP，畅读海量书库
立即打开
司马迁，字子长，西汉左冯翊夏阳（今陕西韩城）人。据他在《史记·自序》中叙述，其祖先远溯到颛顼时代为掌管星象历法的天官重、黎氏。颛顼之时，重为南正，黎为北正，“正”即长官。南正为天官，掌观星象、定历法；北正为地官，执掌农事。周宣王时，重黎的后人程伯休甫军功显赫，为司马，于是居官为姓，称司马氏，世为周室太史。春秋、战国时期，礼崩乐坏，天下纷争，王室名存实亡，史官制度当然难以存留，司马氏史职中绝。东周惠、襄王时，司马氏去周适晋，到了五霸之首的晋国。可是好景不长，晋文公之后，大夫势力凸显，晋公室陷入一场持久的内乱，结果酿成韩、赵、魏三家分晋，司马氏各奔前程，一支到卫国，一支到赵国，另一支到秦国。
在卫国的一支司马氏后来在政治上颇有作为，司马喜做了中山国的相，《战国策·中山策》言“司马喜三相中山”。20世纪70年代，河北平山出土一铁足大鼎，长篇铭文证实为中山王赐予国相司马贮的器物。而在赵国的一支司马氏似乎染上燕赵慷慨任侠之风，与刀剑结下深缘。司马凯生蒯聩，即《史记·刺客列传》中与著名刺客荆轲论剑的盖聂，其后人司马卬在秦末助项羽灭秦有功，被封殷王。据《晋书·宣帝纪》载，司马卬即是三国时期与诸葛亮较量斗法的名将司马懿的祖先。
司马迁属于入秦的一支。入秦的司马氏定居少梁（今陕西韩城南西少梁），累世不徙，约过了三百年，司马错显于秦，官至蜀郡守，这是司马迁有确切世系可考的始祖。自司马错始司马氏世代仕宦，秦有事白起的司马靳及铁官司马昌。入汉后昌子司马无泽为汉市长，无泽子司马喜为五大夫，喜子即太史令司马谈，司马谈子司马迁。
由上述司马氏世系可以看出，五帝时重、黎氏的史迹渺不可考，历春秋、战国、秦至汉的建立，天下兵戈不息，司马氏分道扬镳，更无缘从事史职这样的斯文事业，一直到汉兴几十年后的武帝时期司马谈才据史职。司马迁强调司马氏的史职渊源，无非是加强自己的使命感，以先人自励，坚定遭受奇耻大辱后著史的信念与决心。
在司马氏家世中，对司马迁影响最著的当推其父司马谈。司马谈生年不详，生活在文、景、武帝时期，武帝建元、元封间为太史令。太史令官阶不高，秩六百石，职掌天官，即天时星历之事，与其远祖重黎氏相同。司马谈勤于问学，向当时著名的天文学家唐都学天官，跟随《易》学家杨何习《易》，又向黄生学黄老之术。司马谈生活在“休养生息”的文景时代，切身感受到无为而治的黄老政治为汉初带来“文景之治”的繁盛景象，又目睹了好大喜功的武帝内外“兴作”对汉王朝造成的危害，在对战国诸子思想的总结比较中，明显地体现出服膺黄老的倾向，撰成《论六家要旨》。这是一篇非常重要的文献，载于《史记·太史公自序》中，对司马迁《史记》的撰述产生了深刻影响。
在《论六家要旨》中，司马谈把战国以来各家学说概括为阴阳、儒、墨、名、法、道六家，认为“天下一致而百虑，同归而殊途”，指出六家学说都是为治理天下而开处的药方，这点上比先秦各家间党同伐异、相互攻讦要高明得多。接着司马谈逐一分析六家学说的长处和不足：儒家以六艺为教条，繁文缛节，“博而寡要，劳而少功”，但言君臣父子之道，序夫妇长幼之别，即注重社会和人伦秩序，“虽百家不能易也”；墨家讲求俭朴，过分吝啬，不别尊卑，“俭而难遵”，但主张强本节用，人给家足，“虽百家弗能废也”；法家不别尊卑贵贱，一断于法，“严而少恩”，但主张君尊臣卑，谨上下之别，“虽百家弗能改也”；阴阳家言吉凶灾祥，“未必然也”，但言春夏秋冬四时之大顺，“不可失也”。六家之中只有道家切于人事世道，使人精神专一，与时迁移，应物变化，遵循自然，以“虚无”为本，以“因循”为用，无为无不为，“指约而易操，事少而功多”。
很显然，司马谈《论六家要旨》的写作是以汉初文、景时代为背景的，对道家的肯定也就是对无为而治、休养生息政策的肯定，主张以道家思想为本，兼收各家的长处，实现一个长治久安的社会。司马迁吸收了其父的思想见解，《史记》之中洋溢着对文、景太平盛世的赞赏与憧憬，同时流露出对“今上”武帝劳民兴作的批评与刺讥。
作为一名史官，司马谈谨守职责，参与了很多朝廷重大礼仪的制订，如元狩二年（公元前121年）冬与祠官吕宽舒议定了祭祀后土的仪式，元鼎五年（公元前112年）冬参与制订封建国家最隆重的礼节——封禅大礼。可惜时运不济，两年之后的元封元年，武帝正式东巡泰山举行封禅，司马谈侍从武帝中途患病滞留洛阳，抱憾撒手尘寰。临终前司马谈把著史的重任托付给司马迁，要他弘扬祖先的业绩，完成著史的宏业。司马迁受公临终嘱托，成为后来著史的精神支柱。
景帝中元五年（公元前145年）司马迁出生在夏阳
。在其家乡东北方向近百里即今山西河津县与陕西韩城县交界处有一山名龙门山，黄河横穿峡谷而过，《尚书·禹贡》言“导河积石，至于龙门”，传说由大禹为疏通黄河开凿而成。这里山高谷深，水流湍急，充满神奇色彩，传说每年江海的鱼溯游群集于此，争跳龙门，跳上去者即化为龙腾空而去，跳不上去者便点额暴腮，触岩而亡，这就是“鲤鱼跳龙门”的神话故事。司马迁生于韩城，在《自序》中自豪地宣称“迁生龙门”，以百里之外的龙门作为自己的出生地望，是否蕴含着龙门神话的文化意味呢？他就是一条从龙门腾飞的华夏文明史上的文化巨龙。
司马迁在家乡度过了近二十年的耕读生活。《自序》说：“迁生龙门，耕牧河山之阳，年十岁则诵古文。”他出生在一个小康之家，祖父司马喜为五大夫，父亲司马谈为太史令，官阶不高，秩禄自然也不丰厚，这样的家境却为司马迁的成长提供了十分优越的条件。一方面，他耕牧桑梓，切身体验社会下层人民的生活，少却富家子弟游手好闲的恶习；另一方面，尚称殷实的家境为他读书提供了可靠的物质保障，使他自幼受到良好的文化熏陶。家乡秀丽的田园风光及文化知识的陶冶，成为他日后壮游天下、踏勘史迹的诱因。
“年十岁则诵古文”，“古文”相对于汉代通行的文字“今文”而言，指战国时文字。春秋、战国是文化昌明的时代，诸子百家为阐发各自的政治见解，著书立说，开坛授徒，形成“百家争鸣”的繁盛局面，留下了大量典籍。秦始皇统一六国，实行愚民的文化钳制政策，焚灭诗书。汉兴以后，典籍匮乏，只有少量藏匿下来的先秦典籍流传世间，称“古文”书。汉廷在鼓励天下献书的同时，又鼓励年长儒士凭记忆口授经典，派专人笔录，因用汉代通行文字记载，故称“今文”书。司马迁少时去秦未远，僻居乡间，无缘见到今文典籍，只能看到先秦的古文文献。战国各诸侯国文字各不相同，加之年代久隔，年仅十岁的司马迁阅读古文文献难度是可想而知的。幼年的读书经历也为他打下了坚实的史学基础，他在《史记》中常有提及，如《五帝本纪》赞：“总之不离古文者近是。予观《春秋》、《国语》，其发明《五帝德》、《帝系姓》章矣。”《三代世表》序：“余读《谍记》，黄帝以来皆有年数。稽其《历谱牒》、《终始五德之传》，古文咸不同，乖异。”《吴太伯世家》赞：“余读《春秋》古文。”如此等等，不胜枚举。
建元二年（公元前139年）武帝在其母王太后的原籍槐里县（治今陕西兴平东南）茂乡修建自己的陵园，称茂陵。次年，以钱财为诱饵，鼓励人民迁徙茂陵。元朔二年（公元前127年），武帝为加强对天下豪强的控制，采纳主父偃的建议，强令天下郡国豪强及家赀在三百万以上者迁徙茂陵。论家产司马氏不够迁移的资格，更与“豪强”无涉，因司马谈为太史令，是皇帝近臣，也于这年举家迁到茂陵，司马迁时年十八岁。
茂陵与长安近在咫尺，司马迁并不迷恋京师的声色犬马，两年之后便踏上了壮游的旅途。这次游历地区主要在江淮地带，也是汉以前人类历史活动的主要区域，《自序》中说：
二十而南游江淮，上会稽，探禹穴，窥九嶷，浮于沅、湘；北涉汶、泗，讲业齐、鲁之都，观孔子之遗风，乡射邹、峄；厄困鄱、薛、彭城，过梁、楚以归。
结合《史记》中的有关记载，我们可以绘出司马迁的壮游路线图：
从京师长安出发东南行，出武关（今陕西商南县境），经南阳（今河南南阳），南下由南郡（今湖北江陵）渡长江，溯沅水至湘西，又折向东南到九嶷，传说舜南巡卒后葬于此处。后北上长沙，至屈原自沉的汨罗江，深为屈原的悲惨遭遇而叹息，“适长沙，观屈原所自沉渊，未尝不垂涕，想见其为人”（《屈原贾生列传》赞）。
凭吊屈原后，越洞庭，出长江，顺流东下，登庐山，考察禹疏九江的遗迹，“余南登庐山，观禹疏九江”（《河渠书》）。又顺江东下，辗转到钱塘（今浙江杭州），上会稽山（今浙江绍兴南），传说禹在此大会诸侯庆功，因名会稽，山上有禹穴，即禹当年下榻之处。越王勾践在此卧薪尝胆，十年生聚，十年教训，终报吴灭国之仇。北上吴（今江苏苏州）观看了战国四君子之一楚春申君的宫室及吴王阖闾的古迹，登姑苏山，远眺五湖，湖水烟波浩渺，横无际涯，感叹：“甚哉！水之为利害也。”（《河渠书》）
司马迁北上渡江至淮阴（今江苏淮阴西南），这里是汉名将韩信的故乡及封地，聆听了乡绅遗老叙说的有关韩信的故事，他说：“吾如淮阴，淮阴人为余言：韩信虽为布衣时，其志与众异，其母死，贫无以葬，然乃行营高敞地，令其旁可置万家。余视其母冢，良然。”（《淮阴侯列传》赞）接着北渡淮水，沿泗水向北，到达故鲁都城曲阜（今山东曲阜），这里是孔子的故乡、儒家文化的发祥地。司马迁至此亲身感受到儒家文化的礼乐氛围，诗书传家，习礼讲乐，一派斯文景象，不由得赞道：“余读孔氏书，想见其为人。适鲁，观仲尼庙堂车服礼器，诸生以时习礼其家，余低回留之不能去云。”（《孔子世家》赞）敬仰徘徊，不忍离去。又到齐国都城临淄（今山东临淄），在邹县仔细察看了邹峄山的秦始皇颂德石刻，并在此习饮酒、射箭的礼节。
告别齐、鲁礼义之邦，司马迁南下至风俗迥异的薛（今山东滕县东南）、彭（今江苏铜山）。薛是齐孟尝君的封地，“其俗闾率多暴桀子弟，与邹、鲁殊”（《孟尝君列传》赞）。彭为项羽的都城，相毗邻的沛（今江苏沛县）、丰（今江苏丰县）是秦末农民战争及楚汉战争的主要战场，陈胜、吴广在沛郡蕲县（今安徽宿州）起义。项羽籍属下相（今江苏宿迁），与沛相隔不远，刘邦及其文士武将卢绾、萧何、曹参、周勃、樊哙、夏侯婴、周昌等皆属沛郡。这里经长时间战乱，民风强梁横暴，民生凋敝，司马迁在此常受困扰，不过还是收集了大量口碑材料，如刘邦早年的种种无赖行为及其文士武将的轶事，为他们的传记积累了珍贵的口碑材料。最后，司马迁过大梁（今河南开封），回到京师长安。
这次漫游的目的非常明确，就是对历史进行实地踏勘。“读万卷书，行万里路”是古人对完整人格的要求，文献中的理性知识与考察的感性体验相结合，印证了历史文献，增加对历史的感性认识，乃至对其文学风格亦产生深刻的影响。明清之际学者顾炎武评论说：“秦楚之际，兵所出入之途，曲折变化，惟太史公序之如指掌。……太史公胸中固有一天下之势，非后代书生之所能讥也。”
宋文学家苏辙评论司马迁的文章风格说：“太史公行天下，周览四海名山大川，与燕、赵间豪杰交游，故其文疏荡，颇有奇气。”
陆游《感兴》诗赞道：“饱以五车书，劳以万里行。险艰外备尝，愤郁中不平。山川与风俗，杂错而交并。邦家志忠孝，人鬼参幽明。感慨发奇节，涵养出正声，故其所述作，浩浩河流倾。”我们今天阅读《史记》，对上述学者所言都会有切身的感受。
司马迁回到茂陵，向古文大师孔安国习古文，向经学大师董仲舒学《公羊春秋》。孔安国为孔子后裔，学识渊博，元朔二年（公元前127年）为博士，元狩六年（公元前117年）出为临淮（治今江苏泗洪南）太守。司马迁问学当在孔安国出守之前，年在二十三至二十九岁之间。董仲舒是儒学的重要人物，其思想深刻影响了汉武帝，并进而对封建政治产生深刻影响。他于元狩二年（公元前121年）致仕，居茂陵，卒于元狩六年（公元前117年），司马迁问学当在此期间，差不多与问学孔安国同时。司马迁问学孔安国、董仲舒时间虽短，对他的影响却很大。汉人治学甚重师承家法，如果说问学孔安国为《史记》撰述准备了史学上的基础，问学董仲舒则为《史记》的撰述准备了思想理论上的基础。
司马迁大约在元狩五年（公元前118年）、二十七岁时走上仕途，出仕郎中。郎中是宫廷内职位并不高的官职，据《汉书·百官公卿表》载，郎官俸禄甚低，比三百石，“掌守门户，出充车骑”，即皇帝在宫时守卫宫门，出巡时侍从车驾，因而是皇帝的近侍。职位不高，却是贵胄子弟梦寐以求的美差。出仕郎中后与父亲太史令司马谈侍从武帝出巡，元鼎五年（公元前112年）西行至雍（今陕西凤翔），过陇，登崆峒山（今甘肃平凉市西）。次年，奉武帝之命出使西南，《自序》中说：“奉使西征巴蜀以南，南略邛、笮、昆明，还报命。”奉使西南是司马迁游历生涯的重要组成部分，对司马迁的民族观及《史记》中西南民族的记载有重要影响。
汉武帝是一个雄才大略的君主，时当国力强盛，他致力于开拓疆土，经略西南夷。西南夷是西夷和南夷的总称，其地域以巴、蜀为中心，以南称南夷，以西称西夷。武帝经营西南夷早在建元六年（公元前135年）就开始了，派唐蒙攻略西南，然后两度派辞赋家司马相如出使安抚。元鼎年间，武帝为对西南夷建立有效的统治，在边地推行郡县制度。司马迁此行就是奉武帝之命在西南设郡置吏，由长安西行至巴郡（今四川重庆）、犍为（今四川宜宾），往西入滇，由昆明、邛、笮然后取道蜀郡（今四川成都）回京师复命。
西南地区在武帝时代仍是蛮荒之地，高岸深谷，层峦叠嶂，司马迁于西南之行中亲自踏勘西南的山川形势，目睹了当地人文风俗，这些在《史记·西南夷列传》中留下了可靠的记载。他生逢盛世，担负出使西南的重任，也是政治上的极大荣耀。从维护大一统政权出发，司马迁摒弃了《春秋》以来严华、夷之别的观念，认为周边民族与中原同出一脉，体现出可贵的民族观。
武帝天性好动，在位五十四年中见诸记载的巡幸即达三十四次之多，巡幸的目的也五花八门，或行兵用武，或祭祀封禅，或访求仙道。司马氏父子作为侍臣，几乎每次都随武帝巡行，在逶逦数里的车马旗幡之中，一面加深了对历史的认识，一面目睹君权的威严，加深了对“今上”的认识，因而能写出别具一格的当代史。
征服南越，安抚西南，出击匈奴，这时的西汉王朝达到鼎盛状态。武帝踌躇满志，于元封元年（公元前110年）即司马迁奉使西南的次年，准备举行封禅大礼。封禅是祭祀天地的隆重礼节，先到泰山极顶设坛祭天，再到泰山脚下梁父山祭地，表明天子承顺天命，代表上天统理万民。是年正月，武帝巡幸到缑氏（今河南偃师南），然后准备东去泰山。司马谈侍从武帝至此，因病滞留洛阳无法东去，其时司马迁奉使西南回归拜见父亲。司马谈身为太史令，参与制订封禅大礼，但封禅这样隆重的礼节无法前往，认为是莫大遗憾，焦虑攻心，沉疴不起，临终前“执迁手而泣”说：
余先周室之太史也。自上世尝显功名于虞夏，典天官事。后世中绝，绝于予乎？汝复为太史，则续吾祖矣。今天子接千岁之统，封泰山，而余不得从行，是命也夫，命也夫！余死，汝必为太史；为太史，无忘吾所欲论著矣。（《太史公自序》）
司马迁“俯首流涕”说：“小子不敏，请悉论先人所次旧闻，弗敢阙。”（《太史公自序》）父亲临终遗命成为司马迁著史的主要动力。忠孝难以两全，司马迁君命在身，匆匆料理父亲后事，东去追赶武帝大队封禅人马，回复奉使西南之命，参加隆重的封禅大礼去了。
司马迁日夜兼程，很快跟上武帝车马。燕、齐多方术之士，诳称有长生不老术，武帝企求长生不老，听信方士，先东巡海上，听方士谈“神怪奇方者以万数”，“令言海中神山者数千人求蓬莱神人”（《封禅书》），结果如同秦始皇派童男女入海求仙及徐福东渡一样，泥牛入海无消息。武帝求仙不成，便登泰山举行祭祀天地的封禅大礼。下泰山后求仙之心仍不灭，又“东到海上，冀遇蓬莱焉”（《封禅书》），北到碣石（今河北昌黎北）、辽西（郡治今辽宁义县西），沿秦长城至九原（今内蒙古包头市西），然后沿秦始皇修筑的九原至甘泉（今陕西淳化西甘泉山）的直道回到长安。
扈从武帝封禅及巡幸北疆，司马迁目睹了武帝求仙的愚昧行为，在《封禅书》中予以记载和讥讽。从秦修筑长城、直道等浩大工程中看到了秦亡的缘由，他说：“吾适北边，自直道归，行观蒙恬所为秦筑长城亭障，堑山堙谷，通直道，固轻百姓力矣。”（《蒙恬列传》）
元封二年（公元前109年）司马迁又侍从武帝祠祭泰山，取道濮阳（今河南濮阳）回京。黄河在濮阳瓠子决口二十余年，南面十六郡人民饱受灾害，武帝路过此处，派九卿汲仁、光禄大夫郭昌招募数万民众堵塞决口。塞河需要大量木桩、柴薪等器材，武帝下令砍伐淇县境内的竹苑，人力不足，武帝下令扈从官员自将军以下至士卒每人负一捆柴草以塞河，司马迁当然参加了负薪塞河的行动。武帝临河边，举行祭河仪式，沉白马玉璧于河，并作歌二首，史称《瓠子之歌》，祭告河伯为生灵造福。在武帝的督率下，终于堵住决口，消除水患。司马迁亲逢其事，感到水之为利大，为害也烈，在《史记》中作专记天下水道形势利害的《河渠书》，他说：“余从负薪塞宣房，悲《瓠子》之诗而作《河渠书》。”（《河渠书》）
在汉代，史官是世袭的，确如司马谈临终所预言，在他卒后第三年即元封三年（公元前108年），司马迁做了太史令，时年三十七岁。任太史令后，能有机会阅读朝廷贮藏的文书档案，“史记石室金匮之书”，“百年之间，天下遗文古事靡不毕集太史公”（《太史公自序》）。这样，经过游历考察与遍观博览，具备著史的主客观条件，实现父亲遗命的时机成熟了，司马迁正式开始了《史记》的撰述工作。
任太史令后，司马迁积极从事《史记》的修撰。政治上除扈从武帝巡行外，一项非常重要的活动就是修订历法，这件事不可简单地视作太史令的分内职责，与封禅一样，是西汉政治生活中的一件大事，标志着刘汉“天命”的最后确立。
战国齐人邹衍创立“五德终始”学说，认为水、火、木、金、土五种物质按其自然属性相生相克，并将这种体系附会到社会历史之中，创立了自黄帝以降的五德更替体系，为政权的更替、新政权的建立提供理论依据。这种理论第一次为秦始皇所利用，周为火德，秦便以水德自居，水克火就是天经地义的了。新王当政，必须改朔易色，以示重新承顺天命，“王者易姓受命，必慎始初，改正朔，易服色，推本天元，顺承阙意”（《历书序》）。汉兴后为证明其政权为天所授，也纳入五德体系之中，但在汉承何德问题上一直存有分歧。高祖自认黑帝，得水德，因袭秦制。儒生公孙臣认为：“秦得水德，今汉受之，推终始传，则汉当土德，土德之应黄龙见。宜改正朔，易服色，色上黄。”（《封禅书》）“改正朔”即更改历法。著名学者贾谊也持此见：“悉草具其事议法，色尚黄，数用五，为官名，悉更秦之法。”（《屈原贾生列传》）但公孙臣意见遭到丞相张苍的反对，文帝十五年（公元前165年）据传成纪（今甘肃静宁南）出现一条黄龙，应验了公孙臣之言，于是文帝确信汉为土德，“乃召公孙臣，拜为博士，与诸生草改历服色事”（《封禅书》），但并未实行。
从本质上看，改朔易色归根结底是为了建立一套新的礼仪制度，武帝即位后着手解决这样一个关系到刘汉统治的重大理论问题，但遭到信奉黄老术的祖母窦太后的反对，不敢轻举妄动。至元封间，国力强盛，举行了承顺天命的封禅大礼，令太史令司马迁与壶遂等修订历法。从历法的科学性看，修订后的历法较秦使用的《颛顼历》有了很大进步，“晦、朔、弦、望皆最密，日月如合璧，五星如连珠”（《汉书·律历志》），以建寅之月为岁首，与“夏正”相同，也符合孔子“行夏之时”
的意旨，体现了司马迁高深的天学知识。新历称《太初历》，于公元前104年5月颁行，是年为太初元年，《汉书·武帝纪》载：“夏五月，正历，以正月为岁首，色上黄，数用五，定官名，协音律。”封禅与定历，标志着刘汉政权“天命”化的最后完成。
正当司马迁紧张著史、“草创未就”时，他却遭受了一场飞来横祸——“李陵之祸”。这不仅对司马迁的身心是一个巨大打击，对《史记》的思想内容乃至文气笔法都产生了深刻影响。
李陵为“飞将军”李广之孙，颇有其祖遗风，是不可多得的将才。天汉二年（公元前99年）武帝下令出击匈奴，九月，贰师将军李广利率三万骑兵出酒泉，拟击匈奴右贤王于天山。令李陵率五千步卒出居延作为策应偏师，李陵北行三十日，到达浚稽山（今蒙古高原图拉河与鄂尔浑河间），牵制单于。李陵及时实现武帝的战略部署，传报朝廷，武帝十分高兴，满朝文武举杯庆贺。孰料战局急转直下，单于见李陵孤军深入，亲率重兵将李陵军团团围住，兵力由三万增至九万。李陵且战且退，终因寡不敌众，在距边塞仅百余里地方全军覆没，李陵被俘。消息传到朝廷，刚刚举杯庆捷的武帝恼羞成怒，认定李陵负汉投降。司马迁深知李陵为人，认为李陵即使投降也是迫不得已，仗义执言说：
陵事亲孝，与士信，常奋不顾身，以殉国家之急。其素所畜积也，有国士之风。今举事一不幸，全躯保妻子之臣，随而媒蘖其短，诚可痛也。且陵提步卒不满五千，深輮戎马之地，抑数万之师，虏救死扶伤不暇，悉举引弓之民，共攻围之，转斗千里，矢尽道穷，士张空拳，冒白刃，北首争死敌。得人之死力，虽古名将不过也。身虽陷败，然其所摧败，亦足暴于天下。彼之不死，宜欲得当以报汉也。
司马迁一番耿直之言，激怒了武帝，被武帝下狱。后武帝听捕获的匈奴俘虏说李陵“教单于兵以备汉”，其实教练匈奴兵的是另一降将李绪，而非李陵，武帝龙颜大怒，不分青红皂白，族灭李陵。司马迁因“诬罔罪”受株连，按汉律当斩，入钱五十万可赎死，在征得官府同意的情况下也可以腐刑（宫刑）代死。司马迁家资菲薄，无力自赎，亲朋故旧避之唯恐不及，想到著史事业未成，父亲遗命未能实现，他极其理智又极其痛苦地选择了宫刑。
宫刑，又称腐刑，《汉书·刑法志》颜师古注曰“淫刑也”，说明宫刑本是惩治淫罪的，因而是一种十分羞辱的刑罪，在深受儒家文化熏陶的士人们看来尤其如此。阉宦之人出于职业上的需要接受宫刑，被视为“刑余之人”，向为士大夫所不齿。《孝经》第一章开宗明义，孔子对曾子说：“身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也。”在写给好友任安的信中司马迁痛心疾首地说：“太上不辱先，其次不辱身，其次不辱理色，其次不辱辞令，其次诎体受辱，其次易服受辱，其次关木索被垂楚受辱，其次剔发毛婴金铁受辱，其次毁肌肤断肢体受辱，最下腐刑极矣。”
在“十辱”当中，腐刑是最大的耻辱。司马迁并不畏死，他选择宫刑实际上比选择大辟之刑需要更大的勇气，要承受难以言状的精神上终生折磨，他说：“知死必勇，非死者难也，处死者难。”（《廉颇蔺相如列传》赞）受宫刑后心灵经受着剧烈的煎熬，“是以肠一日而九回，居则忽忽若有所亡，出则不知其所往，每念斯耻，汗未尝不发背沾衣也”
。
司马迁毕竟是理智的，他的自制力非常人所能企及。他熟谙历史，联想到往昔的贤哲们留下著述，名彪千古，都是经受了巨大的磨难，他说：
昔西伯拘羑里，演《周易》；仲尼陈蔡，作《春秋》；屈原放逐，著《离骚》；左丘失明，厥有《国语》；孙子膑脚，而论《兵法》；不韦迁蜀，世传《吕览》；韩非囚秦，《说难》《孤愤》；《诗》三百篇大抵贤圣发愤之所为作也。（《报任安书》）
从前贤事迹中，司马迁汲取了巨大的精神力量，遂发愤著史，终于建造了一座史学丰碑。
遭刑后不久司马迁即出狱，“为中书令，尊宠任职”
。中书令“领赞尚书，出入奏事，秩千石”
，负责皇帝与尚书间的联系，为枢机要职，位比秩六百石的太史令高得多。心理遭受极大创伤的司马迁并不在意高阶厚禄，公职之余以另一种心境继续《史记》的写作，并对已完稿部分进行重新审视，使《史记》从形式到内容升华到新的层次。征和二年（公元前91年），司马迁五十五岁，从他致挚友任安的信中可知，《史记》终于大功告成。他在《自序》中说：
网罗天下放失旧闻……上记轩辕，下至于兹，著十二本纪……作十表……作三十世家……作七十列传，凡百三十篇，五十二万六千五百字，为《太史公书》。
太史令，汉代又称太史公，司马迁在《自序》中以“太史公”称其父司马谈，他处以“太史公”自称。《史记》是他在太史令任上完成的著作，故称《太史公书》，至迟在东汉末桓帝初年改用现称。《太史公书》完成之后抄成两本，副本上献朝廷，正本藏于家中，宣帝时由其外孙杨恽宣布于世，由此名满天下。
司马迁卒年史无明载，一般认为卒于武帝末，享年六十岁左右。生平著述除《史记》外，现能见到者仅两篇，一篇为《报任安书》，载于《汉书·司马迁传》中；另一篇为慨叹怀才不遇的文赋《悲士不遇赋》，《艺文类聚》卷三十收录。
《史记》上奏朝廷后，便在朝臣中传阅；宣帝时司马迁外孙杨恽将《史记》传播于世，立即为文人学士竞相阅读。因其思想上的非正统性，必然受到统治者的改易删削；加之卷帙较大，在以简牍为载体的时代，流传过程中不可避免地出现讹错舛误，历代学者做了大量的增补、注释工作。
《史记》的增补以褚少孙功绩最著。褚氏为宣帝时人，宣帝五凤四年（公元前54年）应博士弟子选，次年以高第为郎，出入禁中，得以阅读司马迁上献的《太史公书》，深为折服，他以自己熟知的典故轶事增补入司马迁书中。褚氏补作文字老成洗练，颇得太史公遗风，行文中皆以“褚先生曰”标出，今本《史记》中凡十篇，分别见于《三代世表》、《建元以来侯者年表》、《陈涉世家》、《外戚世家》、《梁孝王世家》、《三王世家》、《田叔列传》、《滑稽列传》、《日者列传》、《龟策列传》，共计二万五千余字。
东汉末延笃作《史记音义》，为《史记》注释之始，至唐代达十五家之多，其中南朝宋裴骃的《史记集解》八十卷、唐司马贞的《史记索隐》三十卷及唐张守节的《史记正义》三十卷成就最高，世称《史记》“三家注”，各具特点。裴骃，河东闻喜（今属山西）人，官至南中郎参军，为《三国志注》作者裴松之之子。他以晋徐广《史记音义》为基础，博采九经、诸子、诸史和汉晋人注《史记》的成果，故称“集解”，重在释义；司马贞为国子博士，官至弘文馆学士，打破汉人疏不破注的原则，既注原文，也注《集解》，改正了不少《集解》的错误，音义并重；张守节为开元间人，稍晚于司马贞，积三十余年精力作《史记正义》，对原文及前人注释详加注释、考证，尤详地理。“三家注”对《史记》文字音义、名物制度乃至人物史事考订相当精审和全面，原本各自单行，至北宋合刻一处，并散见于原文之下，为后人阅读《史记》提供了莫大便利。
宋元明理学昌盛，对前代文献一改汉唐注重音义训诂的态度，而重在发挥其中的义理，由此决定了这时期《史记》研究以点评见长的特点。点评的内容涉及体例、笔法、文笔、所记人物史事及马班异同等方面，欧阳修、曾巩、王安石等著名学者都参与其事，明凌稚隆《史记评林》为其代表作，对后人颇有启发。今人杨燕起等编有《历代史家评〈史记〉》（北京师范大学出版社1986年版）一书，荟萃历代评论的精华，颇有参考价值。
清代是《史记》注释、研究的辉煌时代。清代考据学盛极一时，《史记》以其特殊的历史地位备受学者青睐，研究的深度和广度都超越前代，突出的成果如王鸣盛《史记商榷》、钱大昕《史记考异》、赵翼《史记札记》、杭世骏《史记考证》、梁玉绳《史记志疑》、王筠《史记校》、张文虎《校勘史记札记》、尚镕《史记辨正》、郭嵩涛《史记札记》、李慈铭《史记札记》、方苞《史记注补正》、吴汝纶《桐城吴先生点勘史记》、邵晋涵《史记辑评》等。
近代《史记》的研究进入新阶段，随着新史学的兴起，在研究方法、内容等方面发生了新的变化。概言之，方法上，不再局限于文献的互证，而是利用考古学的丰硕成果，取地下实物资料以证《史记》，王国维所称的“二重证据法”广泛使用；内容上，不再拘泥于文字训诂、名物制度、人物史事的考证思辨，而是深入发掘蕴藏《史记》中的思想，举凡太史公的政治观、哲学观、经济观、伦理观、史学观乃至医学、天文、地理等都在研究之列；层次上，《史记》研究不再是文人学士的书斋事业，而是注重普及化、社会化，真正实现“文章乃天下公器”的古训。著名学者梁启超、章炳麟、崔适、王国维、罗振玉、余嘉锡、郑鹤声、鲁迅、刘师培、钱玄同、顾颉刚、罗根泽、吕思勉、范文澜、翦伯赞、郭沫若等，都为《史记》研究作出了重要贡献，这其中又以新史学的奠基人梁启超用力最勤，见功殊多。
梁启超试图通过研究《史记》为新史学树立一个典范。在他的许多演讲和论著中，提倡阅读和学习《史记》，并具体指明了学习方法和研究步骤，为南开和清华开设的“中国历史研究法”“要籍解题及其读法”和“中学作文教学法”等课程，《史记》是其中重要内容。他将《史记》的读法分为常识的读法和专究的读法两种，在专究读法中，他提出了《史记》研究的具体课题：辨识后人窜乱、考证先秦史实、作新注、编制古今地名对照手册、补大事年表等。
新中国建立后，《史记》研究进入新的时期，成果丰硕，在深度和广度上都达到新的层次。据不完全统计，研究专著逾四十种，普及性及学术性兼顾。前者如季镇淮《司马迁》（上海人民出版社1955年版）、肖黎《司马迁评传》（吉林文史出版社1986年版）等。学术性专著占主要部分，或侧重于考证及资料汇集，如陈直《史记新证》（天津人民出版社1979年版）引用甲骨文、金文、秦汉权量、石刻、简牍、铜器及陶器铭文校勘、印证《史记》原文及“三家注”，创见良多；或侧重于《史记》的史学、文学、思想、美学等方面，如周经《司马迁、〈史记〉与档案》（档案出版社1986年版）、可永雪《史记文学成就论稿》（内蒙古人民出版社1991年版）、韩兆琦《史记通论》（北京师范大学出版社1990年版）、张大可《司马迁评传》（南京大学出版社1994年版）、宋嗣廉《史记艺术美研究》（东北师范大学出版社1986年版）等。此外，还有数部论文集，如《历史研究》编辑部编的《司马迁与〈史记〉论集》（陕西人民出版社1982年版）、刘乃和主编的《司马迁和〈史记〉》（北京出版社1987年版）、《文史哲》杂志社主编的《司马迁与〈史记〉》（中华书局1957年版）等，反映了较高的研究水平。据统计，新中国成立后各类报刊发表的有关司马迁及《史记》研究论文逾二千篇，蔚为大观。
与此同时，我国台湾地区及海外的《史记》研究也取得丰硕成果。台湾在注重学术探究的同时，较为重视普及工作，由台湾十四院校六十名教授协作翻译的《白话史记》是较早的全译本，1979年出版，发行后供不应求，1985年修订再版，岳麓书社于1987年重印修订本在大陆发行。
日本学者泷川资言于20世纪30年代出版的《史记会注考证》，集各家注释之大成，详加考证，断以己意，有较高的学术成就。继之，水泽利忠作《史记会注考证补》予以完善。
如前所述，《史记》成书后有两个抄本，副本上奏朝廷，立即在官僚阶层流传，桓宽《盐铁论》及刘向《别录》中已引用《史记》原文。正本藏于家中，宣帝时经杨恽宣示，迅即流传世间。考古发掘证实，西北地区出土西汉的残简中有《史记》零章断句，表明西汉末边郡地区有《史记》流传；从《史记》的引用情况推断，《史记》的抄本在东汉初年已广为流传了。
雕版印刷术的发明及推广，为《史记》的大规模流传提供了现实条件，也产生了众多版本。现存最早的《史记》刊本是南宋宁宗庆元二年（1196年）建安黄善夫刻本，也是最早的三家注合刻本，1922年商务印书馆影印，收入百衲本《二十四史》中。明刊本有凌稚隆《史记评林》本，南、北监刻本及毛晋汲古阁《十七史》刻本。凌稚隆辑录诸家评论，采用多种宋本校勘，翻刻《史记评林》一百三十卷；监本是嘉靖、万历年间由国子监刻的《二十一史》本；毛氏汲古阁本为公认的善本。清代有乾隆武英殿刻的《二十四史》本，通称殿本，是历代诸版本中最为通行的版本，有各种翻刻和影印本子。同治九年（1870年）金陵书局刊印张文虎校的《史记集解索隐正义》合刻本，世称金陵书局本。该版本经张文虎博取宋、元、明诸善本汇校汇考，又吸取了清学者梁玉绳《史记志疑》、王念孙《读书杂志》、钱大昕《史记考》的成果，择善而从，校勘精审，是清朝后期的善本。
“三家注”版本也是《史记》版本系统的重要组成部分。三家注原本各自单行，与《史记》卷数不相合。《隋书·经籍志》、《旧唐书·经籍志》及《新唐书·艺文志》著录《史记集解》八十卷，《新唐书·艺文志》著录《史记索隐》、《史记正义》各三十卷。单刻的八十卷本《史记集解》早已失传，现在有把《集解》散列在正文下的《史记集解》一百三十卷本。《正义》旧本失传，卷帙次第无从查考。惟独《索隐》有明末毛氏汲古阁刻本，卷数依旧。
近代印刷工艺进步，版本众多，流传的范围更为扩大。著名的《史记》版本有商务印书馆影印的殿本和百衲本，还有《国学基本丛书》本、《万有文库》本、中华书局《四部备要》本、开明书店缩印《二十五史》本、世界书局影印殿本及上海大光书局铅印本等。值得一提的是，1936年北平研究院出版顾颉刚、徐文珊点校的《史记》白话文本，首次采用标点对《史记》进行标点分段。这些版本在相应的历史阶段对《史记》的流传和普及起了重要作用。
现在最为通行也是质量最好的《史记》版本是中华书局点校本。由著名史家顾颉刚主持点校，以金陵局本为底本，广参众本，将原文分段，三家注散列于正文之下，眉目清晰，阅读方便，每篇后附有校勘记。
王伯祥的《史记选》是较好选本，王利器主持的《史记注译》是目前通行的较好全译本。
为配合查阅、利用《史记》，出版了各种形式的工具书。中华书局出版的《史记人名索引》和《史记地名索引》以点校本为依据，为查找《史记》人名、地名的便捷工具。杨燕起、俞樟华合编的《史记研究资料索引和论文专著提要》提供了大量《史记》研究方面的信息，为了解《史记》的研究状况提供了便利。