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弗洛伊德的所有发现都建构在无意识的基础之上，他后期的总结性著作《自我与本我》开篇就从“无意识”说起。实际上，“无意识”这个概念并非他的首创，在他之前，还有漫长的无意识发现史。所以我们非常有必要对无意识的发现过程做简单梳理。
什么是无意识？按照弗洛伊德的观点，无意识是指由于压抑而无法进入意识层面的想法、欲望与其他深层心理内容。从日常来说，梦境、口误、错失行为等精神现象都是无意识溢出的“症状”；从发生学说，所有被我们文化建制和制度建制压抑的精神领域，都可以说是无意识领域。
最早对无意识领域展开研究的其实是古希腊哲学家赫拉克利特（Herakleitus）
。《赫拉克利特著作残篇》中记录了他郑重地说：“我研究了自己。”他不仅研究了自己，还研究了自己的无意识领域，比如梦与醒、灵魂的本质等问题；他还从自我观察出发，展开了关于人类自我主体性的研究。
赫拉克利特研究自己，从“寻找和探听过我自己”开始，第一个感觉是“灵魂在地府里嗅着”。他对灵魂有精微的观察：“正如蜘蛛坐在蛛网中间，只要苍蝇碰断一根蛛丝，它就立刻发觉，很快跑过去，好像因为蛛丝被碰断而感到痛苦似的。同样情形，人的灵魂当身体某一部分受损害时，就连忙跑到那里，好像不能忍受身体的损害似的，因为它以一定的联系牢固地联结在身体上面。”（引自《赫拉克利特著作残篇》，下同）
这段话说明赫拉克利特不是灵肉二元论者，而是持有灵肉紧密联系、不可分割的观点。他也思考感官，说“眼睛和耳朵对于人们是坏的见证，如果他们有着粗鄙的灵魂的话”。这话表明，他已开始将哲学从讨论外部转向研究认识以及认识的主体——人的感官与灵魂。
灵魂到底有什么规律？赫拉克利特认为，道是人内心的根本规律。他说：“道为灵魂所固有，是增长着的。”这里的“道”可以理解为人的心理结构规律，用现代精神分析的话说，就是无意识的规律。这句话翻译成精神分析的话语就是，无意识是灵魂的本质性存在，但它会随着社会文化的写入而增加内容或发生改变。
关于人的内心本质，他又说：“你不可能找到灵魂的尽头，即使走遍了每一条道路，因为它的逻各斯
是很渊深的。”
这句话几乎就是弗洛伊德无意识理论的前奏，也是荣格集体无意识概念的意象表达。弗洛伊德认为无意识是人类心理的一个深渊，但是这个深渊他并没有走到头；后来荣格认为，个体无意识之后还有集体无意识。不过，考虑到人是由哺乳动物演化而来的，那么人类的集体无意识背后是不是还有哺乳动物的集体无意识？再往前追溯，是不是还有更低等动物的无意识沉淀？从这个角度看，灵魂的确没有尽头，如果有，那就得追溯到生命开始的地方。
赫拉克利特在思考自我与灵魂的问题时，显然没有找到本质性的答案，他的哲学家直觉让他聚焦在了关于灵魂的另一个现象上面，那就是人类的梦与醒。或许，解开梦与醒的秘密就可以解开人类灵魂的秘密，明白人类的内心。不得不说，赫拉克利特的直觉很灵敏，可惜他的时代没有别的知识支撑——没有达尔文也没有神经科学，于是他只能对梦境这个无意识现象做直觉性的分析与判断。
他对灵魂与梦境思考了很久才得出结论：“我们身上的生和死、醒和梦、少和老始终是同一的。前者转化，就成为后者；后者转化，就成为前者。”这体现了一个人内心观察的流变转化观点，类似我国“庄生晓梦迷蝴蝶”的哲学观。庄子还在疑惑人生是梦是醒，赫拉克利特则直接回答二者本质相同，不过是互相转化的两种状态。
梦作为无意识涌现出来的碎片，可以说是个迷人而难缠的题目，但赫拉克利特还是得出了一些深刻的洞见。比如“清醒的人们有一个共同的世界，可是在睡梦中的人们却离开这个共同世界，各自走进自己的世界”。这话是说，清醒理解宇宙的人有一个共同的世界，而那些没有宇宙观却做着尘世梦想的人则走向各自的梦想世界，那梦想与梦境并无区别。所以赫拉克利特说“不能像睡着的人那样行事和说话，因为我们在梦中也自以为在行事和说话”。这是一个绝妙的讽刺，很多人醒着行事也如梦游。
最后赫拉克利特回到现实，说“我们在醒时看见的一切就是死亡，而我们在睡梦中看到的一切就是睡眠”。事实不正是如此吗？万物生机勃勃的同时，也在一点点死去；睡梦中的一切看似宏伟，却只是梦境。
研究了人的灵魂、梦与醒、内在世界，赫拉克利特终于对人类的心理与命运有了一个直觉性的判断。通过上述心理研究，他得出一个影响深远的结论：“人的性格就是他的灵魂与命运。”也就是说，人的性格结构本身就暗含了一套无意识结构，而这套无意识结构如同轮子一样转动，引导人的命运。可以说，这句话已经说出了个体心理学的根本知识。后世的精神分析将“性格决定命运”这句箴言发展为幼儿心理学、性格生成学和人格构造学，实为赫拉克利特洞见的延续。
如果我们把赫拉克利特留下的这些自我研究残篇综合起来看，可以说，他是第一个把哲学研究对象扭转到人类自身主体之上的哲学家，第一个提出灵魂是一个深渊的哲学家，第一个靠直觉洞见梦与醒在无意识层面同构的哲学家，他还是第一个分析心理结构与命运关系的哲学家。可以说，赫拉克利特对人的自我、主体、无意识、梦与醒等核心问题都做了研究。从这个角度来说，他是精神分析的真正远祖，一位被忽视的无意识研究开创者。
赫拉克利特研究自己，他的第一个感觉是“灵魂在地府里嗅着”。
他对灵魂有精微的观察：“正如蜘蛛坐在蛛网中间，只要苍蝇碰断一根蛛丝，它就立刻发觉，很快跑过去，好像因为蛛丝被碰断而感到痛苦似的。同样情形，人的灵魂当身体某一部分受损害时，就连忙跑到那里，好像不能忍受身体的损害似的，因为它以一定的联系牢固地联结在身体上面。”