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在我国实施区域卫生规划是一项开创性的工作，是对传统计划体制下形成的卫生发展模式、发展观念、卫生事业管理体制和管理方式的挑战，它涉及面广，矛盾突出，难度很大。分析起来困难和问题主要有：
1.观念改变难。区域卫生规划是以一种全新的，从人群需要出发的规划管理模式取代传统的、以机构为中心的计划和经费分配办法。长期在计划管理体制下形成的传统、陈旧的管理观念和方式不是一朝一夕可以改变的，而不转变观念，区域卫生规划工作就难以推动。
2.体制转换难。区域卫生规划涉及现行卫生管理体制的改革，而这种部门所有、条块分割的体制是长期形成的，不仅存在于卫生行业，而且社会发展的其他行业也如此，卫生行业率先全面调整会相当困难。对于各部门和企业兴办的各类卫生机构，卫生行政部门难以实现全行业管理。
3.职能转变难。长期以来，卫生行政部门直接管理部分卫生机构，内部各系统作为独立的利益主体，过多地强调各自的利益，缺乏区域整体优化意识，职能交叉、自成体系，区域内很难形成合力。卫生行政部门如果不能真正从微观管理转变到宏观管理，区域卫生规划也难以实施。
4.卫生资源的存量调整难。存量调整要打破固有格局，涉及到机构、人员各方面利益关系的调整，会产生很多人为的障碍。
5.规划制订难。区域卫生规划涉及卫生发展的主要领域，需要重构（或调整）区域内的卫生服务体系，这是一个复杂的系统工程，特别是对卫生需求如何量化，基本医疗如何规范，资源配置的客观标准和评价指标体系如何确定等，目前这一工作还十分薄弱，给规划工作本身带来困难。
同时，我们还应该看到，当前开展区域卫生规划工作，也有很多有利的条件，充满着希望和机遇。
首先，区域卫生规划工作越来越引起社会的关注，特别是得到了政府领导的重视。随着国家经济和社会的发展，社会主义市场经济体制的确立，以及卫生事业的发展和职工医疗保障制度改革的不断深入，卫生资源配置问题日益突出。国务院在研究深化卫生领域改革的过程中，提出在扩大职工医疗保障制度改革试点的同时，积极推动开展区域卫生规划工作。在1996年召开的全国卫生大会上提出了相应的要求，并明确写入《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》。第二，区域卫生规划工作已经不仅仅是卫生部门的事，而且也已作为地方政府的工作内容，有各个部门的协同和支持。多年来区域卫生规划工作基本局限在卫生部门内部和局部地区，由于工作难度大，研究性的成分多而实质性的进展缓慢。今后区域卫生规划工作是作为政府宏观管理卫生事业发展的重要职责，通过计划、财政、卫生等各部门的密切配合以及其它部门的积极支持开展工作，势必会得到较大发展。第三，区域卫生规划工作的开展具有很好的基础。80年代初卫生部就曾举办过有国内外专家和卫生管理干部参加的区域卫生规划研讨班；利用世界银行贷款在九江、金华、宝鸡三个市进行区域卫生规划实施试点；全国有20多个地市在卫生部有关司局的指导下，成立了区域卫生发展研究协作组，有些地市也在探索制订和实施区域卫生规划的路子。这一切研究和探索都为今后的工作积累了不少有益的经验。