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在卫生资源配置主体多元化的条件下，实现区域内卫生资源的优化配置，是对在传统体制下形成的卫生管理体制的挑战。在市场经济条件下实施区域卫生规划，不仅可以绕过卫生资源配置主体多元化的投资体制，而且还可鼓励多渠道筹资，但是，不能回避管理体制问题，必须解决卫生资源多头管理的问题，建立起相对集中的管理体制，作为实施区域卫生规划的组织保障。
为了保证区域卫生规划的实施，必须建立起统筹规划、协调卫生全行业管理的机制，由政府授权有关部门具体组织实施。无论是从国际经验看，还是从我国各部门具体分工的情况看，作为专业的管理机构，卫生行政部门理应责无旁贷地承担区域卫生规划的组织和管理任务。
由卫生行政管理部门组织实施区域卫生规划是比较清楚的理论问题和政策问题，但是，区域卫生规划的地域范围怎样界定，各级卫生行政管理部门之间的权限如何划分，一直没有很好地解决，在一定程度上影响了区域卫生规划的实施。1996年召开的全国卫生大会对这些问题作出了明确的回答。《中共中央、国务院关于卫生改革与发展的决定》中指出：“市（地）级政府根据中央和省级人民政府制定的区域卫生规划指导原则和卫生资源配置标准制定当地区域卫生规划，并组织实施。卫生行政管理部门依据区域卫生规划，对区域内卫生发展实行政策指导，组织协调、监督检查；对现有的卫生资源要逐步调整，新增卫生资源要严格审批管理。”
以中共中央和国务院的权威性决定，赋予市（地）卫生行政管理部门组织实施区域卫生规划的职责，不仅理清了卫生行政管理部门各层次之间的职责与分工，也明确了卫生行政管理部门在社会卫生事业和卫生发展管理中的地位，为区域卫生规划的管理奠定了组织基础。区域卫生规划由市（地）政府全权负责，并委托其卫生行政管理部门具体组织实施，符合卫生事业社会化、地方化、专业化发展的国际潮流，符合市场经济条件下社会公益事业属地化的管理原则与发展方向。
在目前的投资格局与管理体制下，应成立由政府主管领导、政府有关部门参加的区域卫生规划委员会。区域卫生规划委员会的主要职责是：负责审议区域卫生规划以及实施进度、规划结果；审议和批准与实施区域卫生规划相关的重大政策措施；向当地的人民代表大会提交有关区域卫生规划的议案。
卫生行政管理部门作为区域卫生规划委员会常设的办事机构，具体负责区域卫生规划的制定、实施、监督和协调工作；在当地政府授权的范围内，运用行政的、法律的、经济的等手段，对区域内的卫生资源配置和卫生事业发展实行统一管理、统一监督；有权对不符合区域卫生规划原则和方案新增的医疗卫生机构与设施不予立项、不审批、不定点、不补助、不转诊，就诊的医疗费用不报销，并对未经批准而从事有关活动的机构和个人，坚决按照有关法律法规进行查处。
实施区域卫生规划，既是一项专业化的管理工作，也是一项复杂的社会化管理任务。其组织与管理不仅需要法律法规的保障，在管理的组织机构上也应形成全封闭的管理系统。一个完善的高效率的区域卫生规划的组织管理系统应当建立起决策机构、执行机构、监督机构和反馈机构四位一体的组织网络。
区域卫生规划的决策机构应当是市（地）人民代表大会以及有关的专门组织和机构。决策机构在区域卫生规划的管理体系中占有主导地位，包括其所属的智囊组织和信息组织。智囊组织的职能是为决策机构提出各种不同的备选方案，并尽可能地对各种方案进行价值分析和比较，当好参谋；信息组织的主要职能是为决策机构收集各有关方面的信息，并对收集的信息进行必要的处理。决策机构的职能是组织和协调智囊组织与信息组织的工作，对备选的决策方案进行最后的分析和评价，并作出最终的决策，委托区域内的卫生行政管理部门对已经批准的区域卫生规划组织与管理区域卫生规划的执行机构接受决策机构的领导，其职责是具体组织区域卫生规划的实施。
区域卫生规划的执行机构接受决策机构的领导，其主要职责是具体组织区域卫生规划的实施，区域内的卫生行政管理部门承担这一任务，区、县级以下各级政府的卫生管理部门也属于这一系统。区域内所有的卫生资源配置主体都必须在区域卫生规划的框架中配置和调整卫生资源。
区域卫生规划的监督机构的职能是，监督执行机构是否坚定而又灵活地执行了区域卫生规划的法律法规以及有关政策。其工作特点是具有同时性，即在组织实施的同时就对这一过程进行监督，在组织管理和工作上对决策机构具有独立性，省级卫生行政管理部门和市（地）政府委托的有关部门应当承担这一重任。
反馈机构的职能是独立、如实、系统地收集那些从不同方面反映区域卫生规划实施效果的信息，对其实施情况作出系统分析和评价，及时地发现有关法律法规与政策在设计、选择、执行等方面存在的问题，反馈给决策机构和监督机构，作为重新调整的依据，反馈机构应由政府官员、管理者、研究人员共同组成，尤其应发挥学术研究机构的作用。
区域卫生规划在组织管理结构上的分工，是为了形成推进上的封闭管理。一个有效的管理系统只有形成一个连续封闭的回路，才能形成有效的管理运动，才能自如地吸收、加工和收到应有的效果。区域卫生规划的组织管理应当是一个纵横交错的立体管理网络、决策机构、执行机构、监督机构和反馈机构之间既有明确的分工，又有内在的密切联系，四位一体。组织管理结构的科学选择，是在社会主义市场经济条件下和社会化大卫生发展潮流下，推进区域卫生规划的基本条件之一。
推进区域卫生规划首先要从解决条块分割入手，这是许多研究得出的结论和开出的处方。但在实际操作中，这个方案很难实施。难以实施的原因固然很多，但在认识上，对条块分割缺乏具体分析，把投资体制与管理体制混为一谈，必然会增加实施的难度。至少在当前我国宏观经济体制与管理格局已经基本明朗的情况下，从投资体制突破，推进区域卫生规划不仅很难有所作为，而且不符合我国经济发展和卫生事业发展的实际。推进区域卫生规划，必须从这一思路中跳出来，区别投资体制与事业发展的实际。推进区域卫生规划，必须从这一思路中跳出来，区别投资体制与管理体制，绕过卫生资源的投资体制，从卫生资源的管理体制突破，推进区域卫生规划。这实质上是区域卫生规划要适应外部环境，还是让外部环境适应卫生部门的问题。
应当承认，卫生资源配置主体的多元化具有其存在的客观条件。作为一个发展中国家，不可能完全依靠政府配置卫生资源。卫生资源总量不足与结构性质量不高的现状，决定了卫生资源配置主体的多元化。即使在市场经济条件下也仍将坚持。在许多经济发达的市场经济国家，卫生资源配置与管理主体也呈多元化的态势。因此，卫生资源配置主体条块分割不能构成推进区域卫生规划所要解决的主要问题。从国际经验看，类似英国的中央统一的卫生融资政策和以卫生区域为单元的资源配置政策有利于区域卫生资源配置的平衡。但是，英国的区域卫生资源配置也存在不尽人意的方面。这从另外一个角度提示，分级管理的财政体制下所形成的卫生资源配置主体的多元化如同一把双刃剑，既可能扩大区域卫生资源的规模，提高区域卫生资源的质量，也可能造成区域卫生资源的配置失衡。市场经济条件下，区域卫生资源配置利益主体的多元化是不可避免的，扬长避短的关键是建立有效的中观调控体系。有效的中观调控体系有可能把资源配置主体的多元化造成资源配置失衡的弊端降到可以接受的程度，突出其扩大资源规模和提高资源质量的功能。宏观调控方式和方法的不当造成资源配置的失衡，这已为社会经济和其他行业经济发展所证实。
强化卫生行业管理，必须改革卫生管理体制，要求卫生行政管理部门转变职能，从其直属的医疗卫生机构直接管理者的身分中超脱出来，从自身的部门利益中超脱出来，以宏观调控者的身份，解决好卫生部门内部的资源优化配置问题；运用法律法规、方针政策、规划指导、信息服务和经济手段等，行使区域内卫生行业管理的职能。强化卫生行业管理，要求卫生行政管理部门强化其对社会卫生发展和卫生资源配置活动的管理职能，代表政府监督管理区域内全部卫生资源的配置与重组，监督管理区域内的所有医疗卫生机构的运转。
强化卫生行业管理，并不意味着卫生事业仅由卫生部门一家来办，管理体制与投资体制密切相关，但又是两个不同的范畴。作为发展中国家，鼓励社会各部门、各方面投资兴办卫生事业，多渠道地筹措卫生事业的发展资金，提高卫生资源的配置质量，仍将是我国今后一定时期内的卫生发展政策。应该强调的是，不管谁投资，卫生资源的配置都要按照区域卫生规划的要求统筹考虑；卫生行政管理部门都要依法实行监督管理。
区域内的卫生行政管理部门要依据当地政府制定的有关区域卫生规划的法律法规，对区域内的全部卫生资源进行统一规划、统一调配、统一监督、统一管理，提高全社会卫生资源的配置效率。目前，在不改变现行的卫生资源隶属关系的前提下，要明确不同的医疗卫生机构应承担的任务和功能，按照社会需求控制和调整机构规模，规定机构的服务内容，对卫生资源的增量部分要严格按照区域卫生规划进程的要求进行合理布局。随着企业改革的深化和企业医疗卫生机构社会化改革的推进，一部分企业投资兴办和管理的医疗卫生机构将会从企业中分离出来，这种资源的重组和调整必须纳入区域内卫生资源调整规划中；仍需保留在企业中的医疗卫生机构要自觉地接受卫生行政管理部门的监督与管理。卫生行政管理部门对社会法人和社会群体以及个人举办的医疗卫生机构应进行严格的审核与规范，不能随意设置，对其业务活动也要进行监督管理。
转变卫生行政管理部门的职能，不仅是实施区域卫生规划的条件，而且也将积极促进卫生行政管理部门逐步转换管理职能。卫生行政管理部门通过组织实施区域卫生规划，将卫生资源配置的出发点立足于解决区域内的主要卫生问题和满足社会对卫生服务的需求，从而减少对医疗卫生机构微观服务活动和过程的直接管理与干预，实现管理职能由“办卫生”向“管卫生”转变，由微观管理向宏观管理、由部门管理向行业管理转变，由对医疗卫生机构的直接管理向对社会卫生资源的间接管理转变，由行政管理向法制管理过渡，逐步强化对区域内卫生事业发展的调控。