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区域卫生规划的目标作为一个渐进的过程，一方面要突破现有的卫生管理体制，另一方面又要在现有体制的约束下推进。如何在推进中逐渐削弱现有体制的制约，在削弱现有体制作用中推进区域卫生规划，是实施区域卫生规划必须解决的问题。
作为一个卫生资源短缺的发展中国家，动员社会的方方面面投资兴办卫生事业，是我国发展大国卫生事业的现实选择；在分级管理的财政体制下，各级政府投资管理医疗卫生机构也是正常的发展态势。在投资与管理关系比较紧密的体制下，形成了区域内卫生资源管理条块分割的局面。一个城市或地区的卫生资源，从所有制关系上看，有国有、集体、个人和私营等；从部门关系上看，有隶属卫生部门的，也有隶属企业、行业的；从投资体制上看，又分为中央、省级、市级、区（县）级、乡级政府管理和城市街道与农村村委会兴办的医疗卫生机构。
同一区域内的卫生资源隶属于不同的投资主体，不同的投资主体形成不同的管理部门。各级卫生行政管理部门除了负有管理辖区内卫生事业的职责外，也有隶属于自己的卫生资源；企业、行业部门除了投资举办医疗卫生机构外，也管理部门投资的卫生资源。从全国的情况看，由企业、行业部门办的医疗卫生机构在数量上已经超过了卫生部门投资的机构数，床位和人员在数量上也相当于卫生部门的1/4。在这种利益格局下，区域内卫生资源的配置活动，往往缺乏比较有力的调控权威。
由于缺乏强有力的调控权威，条块分割的投资体制和多层次的管理格局造成一定区域内卫生资源的重复配置，机构设置或大而全或小而全，即使在卫生部门内部各子系统也要求机构职能层层对口。在一些区域内，虽然卫生资源的配置规模已经相当可观，但是由于管理部门过多、管理层次过多、机构过多、分工过细，反而出现分工不清、责任不明、互相争抢业务、互相踢皮球、互相扯皮等弊端。
卫生资源部门所有、条块分割的管理体制虽然不一定是计划经济的必然产物，但却是在计划经济条件下形成的。在由计划经济体制向市场经济体制过渡中社会对医疗卫生服务需求的急剧释放，而医疗卫生的管理体制仍在计划经济的轨道上运行，医疗卫生服务供给却未能适应需求的增长。为缓解医疗卫生服务供需之间的矛盾，卫生部门出台了与社会其他部门相类似的政策，多渠道筹措卫生资金，允许多种形式办医。在一些相应鼓励政策的刺激下，多渠道筹资、多部门办医的机制逐步形成。
在多渠道筹资机制作用下，各级政府与行业部门投资卫生事业的动力有所减弱，而医疗卫生机构、社会法人、社会群体和个人参与卫生资源配置的积极性被比较充分地调动起来了。从组建对资金和技术要求不很高的基层医疗卫生机构到医疗卫生机构配置的高精尖的医疗设备，尤其在医疗服务市场发育程度比较高的城市，某类医疗卫生服务只要存在市场份额，就会有相应的卫生资源涌入。而这类新增的卫生资源很大一部分来自于处于微观层次的医疗卫生机构和其他的社会法人及社会群体。
区域内卫生资源配置的多元化和多渠道的筹资机制，在迅速扩大卫生资源规模、弥补短线卫生资源不足、改善卫生资源素质的同时，也进一步强化了卫生资源管理上条块分割的局面，增加了区域内卫生资源调整与规划的难度。
在发展市场经济和区域卫生资源配置主体多元化的条件下，通过区域卫生规划实现区域卫生资源的合理配置，是一条重要的国际经验。区域卫生规划的制定比较容易，由卫生行政管理部门组织实施区域卫生规划，在理论上也没有异议。但对区域卫生规划空间范围的界定、各级卫生行政管理部门权限与任务的划分等问题却一直没有很好解决，出现了区域卫生资源配置调控主体的多元化，这在很大程度上影响了区域卫生规划的实施。在具体操作方面，由于处于中观管理层次的卫生行政管理部门没有相应的管理权限和其调控权限的分解，削弱了其调控区域卫生资源配置活动的权威性，在很大程度上使区域卫生规划的管理流于形式。这种权限的分解至少表现在：市场进入管理权限的分解，使卫生资源的涌入速度加快，空间布局的分化性倾向加剧。世界各国都把医疗卫生行业视为特殊行业，对这一市场领域的进入进行比较严格的限制与管理，对从业人员制定比较严格的职业标准，管理和认证的权限相对集中。近十多年来，随着鼓励多渠道筹资、多层次办医政策的运作，依据医疗卫生资源配置规模的大小，几乎层层卫生行政管理部门和其他部门都有权审批医疗卫生机构。管理权限的分散，使得市场容量相对固定的医疗卫生领域出现了重复建设严重低水平扩张的现象。
对于区域卫生资源结构性的调节，调控权限是一个大问题。例如，价格政策是政府宏观调控和干预资源配置的重要手段。然而现行的医疗服务价格管理权限仍然集中于省级，区域卫生规划的实施主体没有此类调控手段的决策权和调控权，大型医疗设备的审批权也大多集中在省级，使得区域卫生管理部门对区域卫生资源配置的调控缺少制度保障。区域卫生管理部门没有调控权，只能对区域卫生资源配置进行事后调整，而卫生资源配置的专业性特征又使得事后调整的成本加大或根本不能进行。调控权限过分集中的体制对卫生资源配置区域化的制约作用已经明显地表现出来。
区域卫生管理部门运作自主权的限制，使得区域卫生资源合理配置的空间极为有限。当前，区域卫生资源配置的失衡，不仅仅表现在医院的床位过多与过少，也不仅仅表现在设备系统的不协调，主要的矛盾是卫生人力资源配置的失衡。许多国家的实践表明，卫生人力资源的调整是最困难的，而且卫生人力资源的配置失衡表现为结构性失衡，不是单纯靠增量调整所能解决的。在我国，卫生人力资源的调整不是单靠卫生部门所能完成的，需要相关部门的配合与协调。在一些地区，卫生部门仍然承担着人力资源计划配置的任务，卫生部门和医疗卫生机构对是否接受某类卫生资源的选择空间非常有限。
增量控制为主的运作思路，降低了区域卫生规划的严肃性。由于区域卫生管理部门在市场准入和资源配置调控等方面能力有限，区域卫生管理部门所进行的每一次调整都要涉及相关管理层次的既得利益。为了寻求一种妥协方案，往往都是以资源增量的调控为主。遗憾的是，由于缺乏制度保证，区域卫生管理部门的下一次调整又会受到来自其他管理层次的牵制。如此往复，使得区域卫生管理部门的调控政策与操作缺乏严肃性和权威性。在这样的调控条件下，区域卫生规划的实施效果必然被大打折扣。