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在我国卫生事业发展的历史过程中，现行卫生体制为适应当时社会经济发展的需要，曾发挥了积极和重要的作用，保证了我国以较少的卫生投入取得举世瞩目的卫生成就。随着社会主义市场经济体制的建立和医学模式的转变，卫生体制也必须进行相应的改革。但是目前这一方面的改革显得滞后，带来了一系列的矛盾和问题。
首先，在管理体制上，医疗卫生机构不是按区域、人群，而是按部门、地方的行政隶属关系设置，有一级政府就有相应的医疗卫生机构，行业部门和企业也同样开办医疗卫生机构，实行多部门管理。政府既承担了管理卫生行业的职能又兴办卫生机构，并对其采取高度集中的方式进行管理。由于包揽过多，一些应由政府管的事，如某些社会公益性的服务，政府反而承担不了，不得不向服务受益者集资或收费。政府卫生行政部门则以微观管理为主，缺乏统筹规划和全行业管理，导致各方根据各自的需要举办医疗机构，增加床位，扩充人员和购置设备，造成在一些地区集中了从属不同部门、不同层次、职能交叉的多个卫生机构，服务严重重叠，资源过剩。在计划经济体制下，不同部门、地方的医疗卫生机构遵循“大而全、小而全”的服务模式，面向各自特定的人群服务，作为社会福利单位，不进行效益考核，因而掩盖了相互交叉的关系和低效益的问题。随着社会主义市场经济体制的建立，多种形式办医体制形成，医疗卫生机构面向全社会服务，并要讲求效益，使原有卫生管理体制下存在的矛盾日益尖锐。但是由于卫生宏观规划问题没有解决好，各机构的随意性和盲目性更大了。这样形成的卫生资源配置在布局、结构上都存在着严重的失衡，城市人口在病床、医生的拥有量上远远超过农村，一些城市医院拥有的大型设备超过发达国家的水平，而有些农村却缺少必要的检查治疗设备。有资料表明，约占全国人口15%的城镇职工每年用掉60%的全社会卫生总费用，而部分农村特别是边远贫困地区的群众却不能充分享受基本卫生服务。由于城市医疗服务供给相对大于需求，一些医疗机构之间甚至出现恶性竞争的情况。总体资源不足与低效率、浪费并存，如平均住院日过长，病床利用率低，医生平均工作量不足，部分机构人浮于事。
其次，在服务体系上，我国卫生服务以城乡三级医疗预防保健网为基本框架，随着经济发展和群众卫生服务需求的变化，现有卫生服务体系已经难以适应。现有服务体系中各层次之间没有相应的比例关系，每一层次的服务功能与对象大体相同，二级、三级机构配置的设备种类近似，各层次收费标准相差不大。因此，患者往往集中在较高层次的医院就诊，大医院承担了大量基层医院可以用较低成本诊治的常见病、多发病，增加了医疗费用支出。而基层医院缺乏病源难以维持，社区卫生服务几乎是空白。由于利益的驱动，各层次医院之间的双向转诊制度很难实现。卫生服务体系以医院服务为中心，医疗与预防结构失衡，基层预防保健工作得不到应有的重视，在城市大医院规模不断膨胀的同时，一些具有公共效益的预防保健工作却因为资源短缺而无法正常开展。近年来大力提倡发展社区卫生服务，但是对其定位和与其他级次医疗机构的关系不够明确，在整个卫生服务体系没有改变的情况下，社区卫生服务难以有大的进展，而且还面临有可能出现新一轮资源扩张的危险。
第三，在运行机制上，一方面强调医疗卫生机构是公益性事业单位，政策上又允许医院创收，医疗卫生机构过多的精力用在筹资上，而政府和社会对其行为的监督机制又十分薄弱，导致一些影响医德医风的问题出现。医疗机构经济补偿机制不合理，在国家拨款补助水平相对下降、大部分服务项目收费价格较低的情况下，药品销售的加成收入成为医疗机构赖以生存、较稳定的主要经济补偿来源，开大处方、卖贵药和进口药的现象屡禁不止，对医药费用的大幅度上涨起了推波助澜的作用。对医疗卫生机构来说，经营管理的自主权受到现行人事、分配制度和组织管理等限制，缺乏外在的激励和内在的改革动力，人员难于流动，部分机构人浮于事，素质低，不断膨胀的人员和工资增长也拉动了医疗费用的快速攀升。
上述卫生体制三方面相互交织、相互影响，造成有限资源的浪费和医药费用过快上涨，加重了国家、企业和个人的经济负担，影响到卫生服务质量和服务态度，同人民群众的要求出现差距，制约了卫生事业的健康发展。为了适应新的形势，更好地发挥卫生事业对经济社会的保障作用，满足人民群众日益增长的卫生服务需求，迫切需要对卫生体制进行改革。