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政府卫生投入是政府以货币形式配置卫生事业的资源总和。各国政府对卫生事业都进行了较大的投入。伴随国家经济的发展，政府卫生投入占卫生总费用的比例呈增长趋势。社会医疗保险是由雇主和雇员按收入比例共同分担而进行强制性筹资的系统，由于没有政府资金介入，社会医疗保险基金不应属于政府卫生投入的范畴。
政府卫生投入的主要作用：一是提高效率。因为任何领域在不同程度上都具有市场缺陷，如果仅依靠自发的市场调节，生产和消费的服务数量和种类将脱离社会最佳点，部门运行将呈低效率。卫生事业是市场缺陷的典型代表，这包括信息缺陷、非完全市场（特别是风险较大的健康保险）、竞争缺陷、外部效应和公共产品等。为提高效率，政府就必须担负着特殊和重要的角色。二是提高公平。在收入存在差异的条件下，由市场供需决定的资源分布并不能带来公平的卫生资源配置。即使在卫生部门运行富有效率的条件下，面对同等需要，一部分人将比另一部分人更容易地获得卫生服务。为此，政府在卫生领域中还担负着矫正不公平的角色。
政府对一些卫生服务项目进行投入，或通过公立机构向所有消费者提供免费的治疗服务，目的在于消除消费者获得卫生服务的障碍，使人们特别是最穷的人不会因缺乏支付能力而不能获得卫生服务，从而提高卫生服务利用的公平性。如果政府卫生投入的相当部分未能分配给意想的受益人群，而被其他人群利用掉，那么政府卫生投入就没有成功。
如果政府卫生投入中的相当部分使富人受益，即：个人收入越多的人群，利用政府卫生投入的机会越多且收益越大，那么这种结果也有悖于政府卫生投入的目的。如何决定哪些服务需要政府投入，哪些服务需要个人和单位或非政府实体投入？经济学为此提供了一些基本的原则。
公共产品是指那些会使全体或大部分人群受益的产品和服务。在卫生部门的公共产品包括大众健康教育、传染病等垂直传播途径的控制和基本公共卫生措施的提供。它们具有这些特性，每一个人都会从公共产品中受益，尽管并不是每一个人都愿意支付。如果由人们自愿支付，那么许多人将不对公共产品进行支付。如果确定公共产品的提供，这些机构就应获得政府卫生投入的支持。公共产品的提供意味着来自个人和公司的税收又回到了纳税者。但是，政府不应因为是公共产品而无选择地资助全部，对于那些工作不仅量大而且效率低下的项目，政府如果进行资助，也将是不明智的。只有值得资助的公共产品（那些花钱可有较好的社会回报的公共产品）才应获得政府投入。
具有外部效应的产品是指有些产品不仅影响消费者个人而且影响其他人。例如，结核病治疗不仅使被治疗者受益，所有可能与被治疗者接触的人都将受益，因为他们会因此不再有接触结核病的危险。外部效应有正性和负性。结核病治疗就是具有正外部效应。另一方面，没有进行结核病治疗具有负外部效应，因为它有可能传染他人。具有外部效应的卫生产品也应获得政府投入，但需要说明两种情况。首先，是否应该提供，要进行成本效果或效率分析。其次，如果值得提供，一个理性的政府应选择对具有外部效应的产品进行部分补贴而不是全部包揽。因为有些产品仅使个人受益，在问题发生后患者愿意支付部分服务费用。同时，由于外部效应的关系，所支付的费用往往不足以覆盖服务的单位成本，因此政府的补贴是必要的。
私人健康产品是指那些既不是公共产品又不具有外部效应的产品。它的消费仅使消费者本人受益，而不对其他人的健康产生任何的正性或负性的影响。私人健康产品包括非传染病的治疗，如普通的头疼、关节炎、癌症和冠状动脉硬化等疾病。现实生活中，各国政府普遍对私人健康产品也进行补贴。在资源有限的情况下，如果政府决定对部分私人健康产品进行补贴，就必须同时决定对哪些医疗服务进行补贴，而且要有一些决策的依据和确定优先顺序的排列。确定资助的优先顺序是一个相当困难的政策问题，也是世界各国的热点问题。
政府卫生投入无论对公共健康产品还是私人健康产品，都应根据成本效果进行分配，在发展中国家应主要支持基本健康干预措施。通过提供基本卫生服务，政府投入可提高大多数人的健康水平，而提供大病保险却无法做到。但是，由于医疗保险可带来经济安全收益，为此各国政府都十分重视。在发展中国家较高的疾病负担往往由于传染病没有得到治疗和控制所致，而政府投入却集中于二级和三级医院的私人健康产品，社会成本效果必然较低。
综上所述，卫生服务是否应该得到政府投入主要取决于：一是卫生服务的性质（例如，公共产品，具有外部效应的产品，昂贵的私人健康产品，基本私人消费品，一般私人消费品）；二是收益人群的特征（人们是否有支付能力）。但是，政府投入并不意味着一定要政府提供。生产效率应该是决定由谁来提供卫生服务的主要经济准则。如果一个机构能够提供符合标准并且成本最低的卫生服务，那么它就应该来提供卫生服务。