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实施区域卫生规划，是从思想观念到管理方式、卫生发展模式、卫生管理体制的重大转变，是一个复杂的社会系统工程。特别是长期以来形成的资源配置格局及相应的政策调整与改革，受现行体制的制约，不可能一朝一夕完成，因此，实施区域卫生规划和卫生资源的结构调整是一个长期的渐进过程。鉴于这项工作的难度和紧迫性，我们认为，现阶段实施区域卫生规划应将着眼点和立足点放在抓好如下重点工作方面：
当前，国有企业改革、国家政府机关机构改革以及即将推开的全国城镇职工基本医疗保险制度改革，为各地加快实施区域卫生规划工作提供了良好的宏观环境，使过去卫生部门想做但无法做的事，如减员增效、富余机构的调整与合并等在今天成为现实。为此，各地卫生部门应转变观念，摒弃等待观望和求稳怕乱思想，抓住机遇，主动进取，积极研究国家宏观政策和城镇职工基本医疗保险制度的建立对实施区域卫生规划工作的影响，研究卫生部门如何适应改革与市场经济的客观要求，做好各项综合配套改革，由此推动整个医疗服务体系的改革，使卫生机构在改革中找出路、求效益，步入可持续健康发展的良性轨道。我们只有主动、深入地改革，并且从管理体制和运行机制上积极探索，才能尽快建立起适应社会主义市场经济新体制、充满生机与活力的卫生机构发展运行机制。
根据卫生改革与发展的需要，现阶段推进区域卫生规划工作的基本思路应是边规划，边调整。边规划，就是按照《决定》要求，中央和省级尽快出台区域卫生规划指导原则和卫生资源配置标准，各地据此编制区域卫生规划；边调整，就是对那些矛盾比较突出、上下已有共识、解决矛盾的条件基本具备的区域主要卫生问题和资源配置进行实质性调整。鉴于各地卫生部门面临的主要问题不同，当前应首先抓住关键环节，找准优先领域，因地制宜地选好突破口，循序渐进，摸索和积累经验，逐步推进。当前，调整卫生资源结构应是实施区域卫生规划的重点与核心，各地应注意把握如下原则：一是凡区域内新增卫生资源必须严格按区域卫生规划原则配置，建立各项严格的审批制度；二是在有效控制总量资源的基础上，对存量资源进行结构调整和资源重组，按照合理布局、方便群众、满足需求、资源共享、高效利用的原则，对重复建设、长期业务量不足、社会效益与经济收益差的机构，通过合并、兼并、撤消或规模建制的压缩等方式进行调整和优化组合，充分发挥有限卫生资源的合力与潜能。
今年底即将全面推开的城镇职工基本医疗保险制度改革，将使我国医疗机构受到全方位的冲击，特别是在定点医院选择、费用结算与支付方式、与社区卫生服务协调发展等方面，都将给医疗机构的生存与发展带来重大影响，也使解决医疗机构的布局调整、资源的重新组合与分配问题迫在眉睫。因此，城镇职工基本医疗保险制度改革既为医疗机构提供了新的发展机遇，将有力地促进外部医疗机构之间的竞争及内部运行机制的改革，同时也为医疗机构的生存带来新的问题和挑战。卫生部门要更新观念，主动参与，积极研究医疗机构配套改革措施，研究医疗机构如何革除弊端、围绕医改目标进行有规范的良性竞争，以及在竞争中合理调整医疗资源配置，协调与社区卫生服务的关系等等。