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实行区域卫生规划是一项全新的工作，是对传统经济体制下所形成的卫生发展模式、卫生事业管理体制、发展观念和管理方式的挑战。在推进这项工作的过程中，在思想观念上和管理体制上还会存在许多障碍。因为实施区域卫生规划，不仅涉及卫生资源配置思想的根本转变，即从根据行政隶属关系来配置卫生资源转向根据区域内人口健康需求来配置资源；同时也涉及由“小卫生”观向“大卫生”观的根本转变，即不仅卫生部门所属的卫生资源要按区域卫生规划的原则配置，非卫生部门的分散于各个部门、企事业单位及个体等全社会的卫生资源都要服从区域卫生规划的原则。可见这项工作涉及方方面面的利益调整，阻力多，难度很大。为此，在积极推进这项工作的过程中，要着重处理好以下几个关系：
卫生事业要走健康、协调发展的道路，首先必须统一这样一个认识，即卫生资源（体现在人、财、物等方面）的增长，并不一定意味着卫生事业的发展。如果仅有卫生资源数量上的膨胀，而没有一个优化的资源组合，有时反而会带来大量的重复和浪费，不利于卫生事业的健康发展。这是因为生产要素的投入并不等于现实的生产力。发展强调的是在注重质量、结构和效益前提下的增长。只有发展才是硬道理，而盲目的医疗机构、床位、人员、设备的膨胀是不可取的。这就意味着，今后我们对卫生事业发展的衡量不能单纯看数量是否增长，发展卫生事业的指导思想必须从注重数量扩张向注重结构、质量、效益转变。
资源配置的调整有两种主要方式：一是存量调整；一是增量调整。存量调整是指对现有资源配置的调整，而增量调整是指通过对新增卫生资源投向的选择来促进资源的结构调整。只有处理好存量调整和增量调整的关系，才能逐步实现区域内卫生资源的优化配置。由于目前在资源配置中存在的部门交叉、结构重叠等不合理现象造成了资源配置效率低下和有限的卫生资源的浪费，因此优化现有卫生资源的存量首当其冲，必须下决心对资源存量进行结构性调整。医疗机构，包括企业、事业、行政、中医药、社会、个体等举办的医疗机构，凡是不符合区域规划的都要逐步进行调整。医疗机构设置过多的地方，要下决心兼并医院，压缩医护人员，开拓新的医疗服务领域。对不符合区域卫生规划的医疗机构有分别、有步骤地采取关、停、并、转、迁等措施，并把节约出的资源有计划地转向资源不足的地区或方面。一些地区的实践证明，通过卫生资源的存量积极、稳妥地调整，对优化资源配置往往可以起到事半功倍的效果。但是，必须看到，存量调整涉及利益调整并需要配套政策的完善，如医院消肿后多余的医务人员如何安置？这需要一系列的配套改革和政策的实施。因此，我们在积极推动存量调整的同时，也可以利用增量调整的手段，把新增投入用于加强符合区域卫生规划方向的方面。这样，通过一段时间的调整，也可以促进整体卫生资源的结构优化和效率提高。
调整卫生资源在城乡之间以及在医疗和防保之间的配置属于卫生资源横向配置的内容。调整卫生资源在不同级次的医疗机构之间的配置，则属于卫生资源的纵向配置的内容。从当前的情况来看，一方面存在严重的城乡之间卫生资源不均衡以及医疗和防保之间的不均衡，亟待通过加大对农村卫生和防保两个战略重点的投入力度，把对其倾斜政策真正落到实处；另一方面，针对目前卫生服务体制不合理，医疗机构功能分化不健全，卫生资源过分集中于城市大医院，而社区和基层卫生服务机构由于没有必要的资源流入而逐渐退化萎缩，在不同级次的卫生医疗机构之间缺乏必要的双向转诊体系，“大马拉小车”的资源利用不经济的现象十分突出。一些本来可以在基层和社区以低得多的成本就可以看的普通病、常见病，都要到大医院去解决，提高了整个卫生体制的运行成本。因此，随着疾病模式的转变，必须调整我国卫生服务的模式，相应降低卫生资源的配置重心，逐步从高层次上降下来，以进一步充实、加强基层和社区卫生服务组织，逐步建立健全同人民健康需求相适应的有效、经济、便民、利民的卫生服务体系。
长期以来，卫生行政部门直接管理医疗机构，内部各系统作为独立的利益主体，有过多强调各自部门利益的倾向，缺乏必要的区域整体优化意识，存在职能交叉、各自为政、自成体系，难以形成区域内资源组合的合力优势问题。今后在实施区域卫生规划的过程中，卫生主管部门要从医疗机构的直接管理者的身份中超脱出来，从自身系统的利益中超脱出来，以宏观调控者的身份，解决好卫生部门内部的资源优化配置问题。要打破按行政区划配置卫生医疗机构的传统模式所造成的一定区域内医疗机构的重复建设和小而全的问题，改变在卫生部门内各系统要求建立层层对口职能机构的做法；改变由于机构过多、分工过细，造成的分工不清、责任不明、互相抢业务等弊端。同时我们也应该看到，卫生部门所管理的卫生资源只是社会总体卫生资源的一部分，另外还有大量的卫生资源游离于卫生部门的控制之外。目前企业及部门办的卫生医疗机构在数量上已经超过卫生部门的机构数，床位和人员也相当于卫生部门的¼左右（见表2）。
表2 1996年非卫生部门卫生资源情况
资料来源：卫生部，1996
对于这样一大块分散在企业、社会各部门、各方面的卫生资源，如何同卫生部门的卫生资源一起共同纳入全行业管理，实行全面的区域卫生规划，任务是十分艰巨的。这涉及到现行卫生管理体制改革的深层次问题。而这种部门所有、条块分割的体制是长期形成的，不仅存在于卫生行业，同时也存在于社会事业发展的其他部门。因此，必须转换政府部门的职能，各区域人民政府要对区域内的全部卫生资源，进行统一规划、统一调配、统一监督、统一管理，卫生行政部门要通过负责具体实施区域卫生规划和卫生行业管理和社会卫生管理工作，逐步减少对卫生医疗单位的直接管理和干预，实现从管脚下到管天下，从管微观到管宏观，从管机构到管行业的转变，真正提高整个卫生资源的利用效率和配置效率。