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研究方法在本研究前期商定，并于 1990 年 12月编写开题报告时加以确认。开题报告明确了经中外双方同意的所有详细任务、时间、所需人力物力以及数据资料、调查内容、运输模型、开题研讨计划、培训计划和设备购置计划。研究的实际进展，在时间和人力物力的利用等方面，都非常接近原定计划。
本项研究由中外专家组成的长江三角洲地区综合运输规划研究课题组具体承担，课题组由管理组、运量组、经济政策组、模型组和运网组等五个职能小组以及上海、江苏、浙江和安徽等四个省市组构成。总的安排是中外专家对口合作共同研究。
本研究是中国迄今最大的一次各种运输方式的综合规划研究，通过大规模实地调查，收集了大量描述运输系统和客货运输的资料，并相应开发一个运输模型支持了这项研究，最后形成了二百余万字的研究报告和附录材料。