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市域内植物区系属中国东部湿润森林区，中亚热带常绿阔叶林亚带，武夷山西麓常绿栲楠林松杉林亚区。受地形影响，植被有较明显的垂直变化。共有植被类型7个，101科、250属、468种。其中，有35种列为国家保护的古稀珍贵树种，如花榈木、香果树、水杉、银杏、鹅掌楸等。药用植物有118科、377种。农作物种类与品种亦很多，仅水稻品种即有145种之多，此外还有野生作物，如野生大豆、野生豇豆、野生稻、野生棉花、野生花生等。在动物资源中，家养动物以猪的饲养为主，地方良种有金沙猪。珍稀野生动物有鹿、穿山甲、金钱豹、金猫、大灵猫、小灵猫和白鹇等。水族鱼类资源有11目、20科、107种，其中62.6%是鲤科。昆虫类中，农作物害虫天敌种类有96种，如三化螟天敌：长腹黑卵蜂、螟卵齿小蜂、抱缘姬小蜂等。