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根据道路交通安全法第8条和有关法规规定，机动车的登记机关是公安机关交通管理部门。机动车所有人可以向住所地的公安机关交通管理部门的交通管理所申请登记。机动车是机关、企事业单位和社会团体购置的，“住所”指的是该单位的主要办事机构所在地；机动车是个人购置的，“住所”是其户籍所在地或者连续居住一年以上的经常居住地。
农用机动车是指分布在广大农村，主要活动在田间、场院和乡村之间，从事农业生产的拖拉机、农用运输车等。对于此类机动车的登记管理一直比较混乱，有的地区由公安部门管理，有的由公安部门委托农业（农业机械）部门管理，也有的地区由农机部门直接管理，还有一部分处于无人管理的状态。由于管理秩序混乱，安全标准掌握不一，给道路交通安全带来极大隐患。对于农用机动车由哪个部门管理，在制定本法过程中曾引起很大争议。立法机关经广泛征求各方面意见，认为要解决这个问题，既要把坚持人民的生命财产安全放在第一位，坚持道路交通安全管理的统一性，保障道路交通安全；同时也要根据农用机动车使用和管理的特点，从减少工作环节，提高效率，减轻农民负担，促进农村经济发展的角度出发，兼顾农用机动车牌照发放的管理现状，区分拖拉机和其他农用机动车的不同情况。因此，本法第121条规定：对上道路行驶的拖拉机，由农业（农业机械）主管部门行使公安机关交通管理部门的管理职权。也就是说拖拉机的登记机关是农业（农业机械）主管部门。拖拉机以外的农用机动车还是由公安机关交通管理部门进行登记。从方便农民、减轻农民负担考虑，第121条还规定，在本法施行前农业（农业机械）主管部门发放的机动车牌证，本法施行后继续有效。
为了规范机动车统一管理，督促农业（农业机械）主管部门依法履行职权，杜绝侵害农民利益、滥用职权、执法犯法、徇私枉法行为的发生，本法还进一步做出规定，农业（农业机械）主管部门行使登记职权，应当遵守本法有关规定，并接受公安机关交通管理部门的监督；对违反规定的，依照本法有关规定追究法律责任。