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经济上的丰收丝毫不能安慰政治上的困境。
嘉庆接手皇权的时候，大清已经走过了一半的路程，康乾盛世的高潮刚刚过去。高潮之后自然就是落潮，所谓的乾隆盛世已经过去，留下的是危机四伏。
首先是吏治松弛、贪腐成风，各级官员利用职务之便聚敛人民财富，给百姓带来了无尽的苦难。
河工治理也是嘉庆关心的头等大事，但是许多官员却根本不放在心上，他们关心的是如何将治理河患的钱塞进自己的腰包。嘉庆不傻，当然知道这里面的猫腻，他就南河工程发表讲话：“南河工程近年来拨款不下千万两，河患却迟迟没有得到解决，耗钱如此之多，一遇到河患，工程马上坍塌，明显有不法官员从中作假。”
对这种腐败行为，嘉庆有切肤之痛，他写诗骂道：“内外诸臣皆紫袍，何人肯与朕分劳？玉杯饮尽千家血，银烛烧尽百姓膏。天泪落时人泪落，歌声高处哭声高。平居漫说君恩重，辜负君恩是尔曹。”
改革吏治、整顿风气是嘉庆面临的第一道难题，颓风已经刮了这么多年，短时间内现状很难改变。
嘉庆认为，要改变朝野上下的颓风，必须从自己做起。嘉庆带头崇尚节俭，奖励清廉。嘉庆第一道命令就是从今以后禁止呈献宝物，这个命令似小不小，清朝有献宝的风气，各省督抚进京之前都会准备好宝物，每逢庆典佳节，宝物更是琳琅满目、数不胜数，结果形成官场歪风，导致吏治腐败，地方官拼命搜刮。
嘉庆并不是说一套做一套，而是身体力行从我做起。和珅自尽第二天，叶尔羌回部采到了一个重达上百斤的玉石，正在运往京城的途中。嘉庆下了一道旨，不论玉石运到何处，即刻抛弃，不必运到京师，劳民伤财。
嘉庆还下过一道“中秋节令”，说民间中秋不过是以瓜饼果肉为主，内廷也不要过于奢侈，以后中秋节贡要永远停止。
如果说官场腐败是乾隆留给嘉庆的一个治不好的痼疾，那么军队战斗力低下更是一个致命的问题。早在嘉庆当皇太子时，就跟随乾隆到校场阅兵，当时的情景让嘉庆记忆犹新，许多官兵刚骑上马就从马上掉下来，射箭的时候箭箭虚发。一场大阅兵差点变成了小丑闹剧。在嘉庆看来，八旗子弟丧失了满人尚武的传统，这是最危险的一件事。跟努尔哈赤、皇太极时期的八旗铁骑比起来，简直是一个天上、一个地下。
由于武备松弛军事懈怠，白莲教变乱之时，八旗兵不堪一击，清朝各级政府不得不征召相对彪悍的乡勇和团练。
到嘉庆继位时，国库空虚，首先是乾隆挥霍了大量的钱财，六下江南、大兴土木、连年战争，这些行为貌似很盛世，但加剧了社会矛盾。到嘉庆时，百姓起义更加频繁，是以嘉庆亲政后国库空虚，如果不是从和珅那里找到一笔钱，嘉庆都不知道应该怎么把大清经营下去。
与此同时，西方国家正在资本主义的道路上突飞猛进，在政治、经济、科技和工业方面取得了重大进步。资本主义发展迫切需要开发海外市场，一再要求和中国通商，而闭关自守的清政府拒绝了西方国家的要求。
落后就要挨打，这是亘古不变的铁律。乾隆给嘉庆留下了一个烂摊子，嘉庆将给子孙后代留下了一个更烂的摊子。嘉庆无力改变清王朝衰亡的趋势，所以很多人觉得作为一个皇帝他很平庸，有人也觉得他很可悲，那么努力那么辛苦，结果还是没有遏制国家的下坡趋势。
朝鲜使臣来朝觐见后，回国说嘉庆纪律很严，做事不拖沓，很勤政。嘉庆经常工作到很晚，还经常叮嘱大臣们，内外衙门一有陈奏之事，应最快送到朕的案桌前，不能耽搁。嘉庆四年（1799年）六月的一天，天气炎热，管理宗人府的睿亲王淳颖不想嘉庆过于劳累，私自将宗人府的奏折扣下来。嘉庆知道后非常生气，让宗人府给淳颖议罪，并警告大臣，如果以后再发生这种事情，一定从严治罪。
嘉庆深知官员上书是治理国家的一个关键，如果大臣们都不敢上书，必然会导致言路堵塞，吏治不畅。所以，嘉庆颁发求言诏，表明自己欢迎官员们发表言论。为了让官员们去掉心理包袱，嘉庆用实际行动表明了自己的立场。他为乾隆时期因为直言而获罪的官员平反，甚至对蒙冤者公开赞扬，加官进爵。
在乾隆时期，有一个叫曹锡宝的官员曾经上书参劾和珅家奴刘全仗势欺人，没想到曹锡宝反而落了个诬陷栽赃的罪名，受到处罚。嘉庆亲自为曹锡宝平反，说当时举朝噤声，曹锡宝却能够坚持自己的臣道，不畏强权，直言进谏，是一个铮铮铁骨的诤臣。像这样的臣子不仅不应该受到处罚，反而应该给予重赏。
嘉庆的诚意最终打动了群臣，许多大臣纷纷站出来解囊献策，指出朝廷内外种种弊政。嘉庆所做的一切是因为他知道身上的责任沉重，这说明他早已看到了乾隆盛世所暗藏的危机，所以他当上皇帝之后，很多事情都以身作则，以达到上行下效的目的。为了解决经济问题，他主张勤劳节俭，表示终止父亲南巡的传统。
即使是乾隆，晚年也对六下江南表示后悔，曾说过：“当皇帝六十年，没有犯什么大错，只有六次南巡，劳民伤财，好心办了坏事。”
我们很难说白莲教变乱跟乾隆的奢靡之风有多大的关系，但乾隆治下，吏治腐败、贪官横行却是不争的事实。应该说，白莲教变乱和乾隆是脱不了干系的。嘉庆用了九年的时间平定白莲教，花去了两亿两白银，这些钱相当于清廷四年的财政收入。为了打赢这场战争，嘉庆大搞捐纳，捐纳可以缓解经济窘迫，但是也会加剧官场颓风。根据雍正的说法，那些通过捐钱当上官的人不仅不知感恩，发愤报效国家，反而志趣低劣，拼命敛财收回之前捐出去的钱。
他们要敛财，就必须搜刮民众；搜刮民众，难免会影响社会的稳定。之前，他们捐钱为国家平乱，结果他们自己扰乱社会，这简直是一种恶性循环。捐官制度只能是一种权宜之计，乾隆已经看出了其中的弊端，所以他下令子孙后代永远取消这个制度，虽然乾隆曾因为一些特定的需要也实行过捐官制度。
根据清宫档案的记载，嘉庆朝的捐纳情况是最严重的。嘉庆时，国家问题特别多，财政明显不足。为了缓解经费问题，嘉庆不得不实行捐官制度，将这些钱用在剿匪、治河、军需等方面，甚至有时候连皇家的一些用钱也靠捐纳解决，可以想见当时清廷财政窘迫到何种地步。
许多有钱的商人纷纷出钱为国效力，如潘致祥，他和盐商温永裕在嘉庆四年（1799年）各捐二十万两银子犒赏有功的官兵。嘉庆五年（1800年），温永裕和吴叙慈等人再次捐钱五十万两银子平定川陕一带白莲教变乱。嘉庆十年（1805年），黄河、淮河发大水，徽商鲍漱芳捐米六万石、麦四万石救济灾民。后来，鲍漱芳还带头募捐了三百万两银子开山归海，修理河堤。
从这些例子中可以看出，对于捐纳，嘉庆是非常欢迎的。这并不是因为嘉庆不知道捐纳的坏处，只是当时国家问题太多，而且多是一些迫在眉睫的问题，从中可以看到嘉庆对富国强民的渴望。他急切地想把国家治理好，有些饥不择食的味道。
当然，嘉庆的努力也不是完全没有效果的，至少出现了一些表面上的转机，但是清廷已经非常腐朽，嘉庆不可能从根本上扭转清朝的危机。这些危机主要体现在三个方面：第一是吏治腐败，第二是制度落后于时代，第三是西方的崛起。