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咸丰驾崩时，懿贵妃还很年轻，钮祜禄氏比她还小。这两个年轻的女人能够驾驭庞大的大清国吗？很显然是不能的，所以她们必须仰赖恭亲王奕的经验。
1861年10月4日，桂良上奏请求给太后上徽号，东宫太后为慈安皇太后（钮祜禄氏），西宫太后为慈禧皇太后（懿贵妃，叶赫那拉氏）。此前两天，内阁就太后垂帘听政之事展开讨论。名为讨论，实际是让大家举手赞同。根据大臣们的观点，在现在这种情况下，太后听政是必需的。现在的问题是如何听政，换句话说就是确立听政的程序。
11月7日，内阁发出上谕，将新皇帝的年号由“祺祥”改为“同治”，所谓“同治”就是让两个太后一同治政，同时也有两宫太后和同治帝的小叔奕一起分享大权的意思。
垂帘听政的程序基本上是这样的：两个太后听政的地点是养心殿东暖阁；小皇帝坐在龙椅上，两个太后坐在后面，中间隔着一道帘子，跟武则天当年的所作所为一模一样。
除了听政之外，大臣奏折和紧急军情也要交给两宫太后审阅，太后审阅之后，再下发给议政王和军机大臣。
太后垂帘听政是清朝历史上的大事件，因为在此之前还没有太后听政的先例，孝庄虽然很有头脑，也只是通过自己的想法影响顺治和康熙，从没有直接干预朝政。
虽然名为两个太后听政，实际上是由慈禧一人听政，慈安是个没主见的人，再加上本性懦弱，一切都听慈禧的。
在慈禧攫取大权的过程中，奕是最得力的一个干将。慈禧提出赏其一个铁帽子王，奕是聪明人，当然拒不接受。慈禧说：“既然六叔坚持不受，那这事就暂时缓一缓吧，将来等同治亲政后，让他来办也行。”
这一阶段，大清的实际政权掌握在奕的手中，两宫太后是名义上的最高领导者，而同治呢，只是帝国的一个象征。
这时候的奕权势熏天，朝中大臣多是他的党羽，地方督抚很多也是支持他的，就连西方势力也挺他，把他看成大清未来的希望。在西方国家眼里，奕是一个头脑开明的人，非常适合做清政府的代理人。有奕在，更容易实现他们的利益。
英国领事罗伯逊甚至建议大英帝国扶植奕为清皇帝，所以奕在后人眼里又是一个投降派、卖国派。这种看法显然是不公平的，奕跟列强妥协是事实，但妥协跟卖国是两码事。
恭亲王不是一个卖国贼，他是有自己的难处的。你不能指望他变出一支现代化的军队，把洋人都赶尽杀绝。虽然他不能变出一支现代化的军队，但他知道大清只有自强一条出路，这是他跟洋人打交道过程中的实践总结。
实际上，恭亲王掌权以后也做了不少事，对内对外都是如此。内有“长毛”之患，恭亲王要搞定他们，必须重用曾国藩、左宗棠、李鸿章这些人。曾国藩虽为两江总督，但是管理四省军务，分别为浙江、江苏、江西、安徽四省，奕还授他为协办大学士。此外，奕提拔左宗棠为浙江巡抚，李续宜为安徽巡抚，曾国荃为浙江布政使，李鸿章为署理江苏巡抚。这些安排无非是希望尽快平定内乱，为大清的自强和发展创造一个良好的内部环境。
在跟外国人打交道的过程中，恭亲王更是如履薄冰，方方面面都要考虑到。好在他天性聪明，很多问题能够处理得恰到好处。一方面，大清的政权是一定要保住的；另一方面，要尽量以最小的代价换取洋人的支持。要把洋人伺候舒服又不能让他们狮子大开口。
奕还提出，国家要自强，首先靠练兵。而练兵首先要有利器，不能拿着长矛乱舞，得有先进的洋枪洋炮。要有先进的洋枪洋炮，必须花钱买，钱从哪里来？奕说，从海关的税收中来，用洋人交的税购买洋人的枪。史载奕聪明看来不假，他当然也知道买别人的东西始终是下策，最好的办法是自己能够制造，但是洋人也很精明，把那些好技术都捂得紧紧的。