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修订稿中把指标分成了两大类：需要专家完成的和社区调查完成的，在指标中除了这样分类外，还依据指标类型分为一般性生态指标和生物多样性指标。
但是，由于操作人员的个人经历和专业的制约，对于指标的理解不同，操作起来难免有一定的区别。所以，在指标确定前应当认真的理解指标的内在含义。
（1）草地覆盖率、森林覆盖率通过样方测定得到（定量）。两个指标的含义和获取的方法似乎不完全适应。根据国家有关规定，森林覆盖率的含义是在一定的国土面积上具有一定郁闭度的森林植被所占的比例，数据获取的方法有两种：样地法和野外现场制图。样地法是在调查区域内采取机械布点，进行调查，计算比例，这个方法相对的比较麻烦，工作量大，但是，好处是获取的信息多。野外现场制图好处是工作量少，面积数据相对准确，但是，获取的信息少。这两种方法主要用于没有任何资料或者需要从头作起的区域，如果是具有系统资料并且不需要从头作起的地区，多采用补充调查，即在原有资料基础上进行补充调查。
在项目区典型小流域的森林覆盖率和草地覆盖率的应该采用补充调查的方法，其理由是在项目实施前有完整的资料和设计方案，逐年又有实施资料和局部的调查资料，所以，采取补充调查方法是一种省工省力的方法。
（2）缺少植被盖度和森林郁闭度指标。植被盖度和森林郁闭度是直接影响到水土保持效益的重要指标，也是一个表达植被生长好坏的指标，因此，这个指标应当列入监测的内容。
（3）反映植被状况的指标仅仅只有数量是不够的。根据过去的生物多样性变化研究和植被演替研究的资料分析，植被在演替过程中，物种的数量是随着演替进程在不断地变化，而且，这种变化并不是随着演替过程只有增加。一般说来，植物群落最稳定、最旺盛时期，群落构成的物种数目并不是最多，而是在一个演替阶段演变到下一个阶段的过渡阶段时，物种数量最多，因为在过渡时期，群落构成中既包含有下一个阶段的物种，也包含有上一个阶段的物种。因此，在判断植物群落的进步与否，也应该注意到群落构成的成分，并要判断这些成分的来源，例如，在草本群落中有一株灌木种，应该查明这株灌木是新侵入的物种还是过去遗留下来的，如果是新侵入的物种，这表明群落在向前发展；如果是遗留下来的，这表明群落由于一些不明原因在退化，即逆向演替，是人们不愿看到的，应该引起注意。所以在植物多样性的监测过程中对群落结构需要进行一定的专业分析。
（4）增加一些能够反映植被生长的监测指标。例如增加生物量指标、木本植物生长状况指标等，这些指标能够反映植被的状况，并且能够间接地或直接地反映植被保持水土的功能。
（5）修改稿中监测项目有一定的重复。例如，木本植物物种数量和林木（包括经济林木物种）的多样性的变化。两者似乎说的是一件事，所以，建议把两者合并。