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根据《中国流域管理项目（CWMP）监测评估体系开发之生物多样性监测评估指标测试任务书（修订稿）》（以下简称为修订稿）提出的监测评估指标体系，进一步加以理解和完善，制定出项目实施的指标。修订稿中提出的小流域层面生物多样性（技术类）监测评估指标如下：
1）草地覆盖率，通过样方测定得到（定量）；
2）森林覆盖率：通过样方测定得到（定量）；
3）生物多样性方面的指标包括（民间机构承担）
4）草本植物物种数量（年度变化）：通过设定植物样方统计得到；
5）木本植物物种数量（年度变化）：通过设定植物样方统计得到；
6）植物物种丰富度：通过计算植物物种的香龙指数（Shannon）得到；
7）当地常见哺乳动物物种数量与分布：通过线路调查和样方统计得到；
8）当地常见鸟类物种数量与分布：通过线路调查统计计算得到；
9）当地常见昆虫物种和密度变化：通过样方测定得到；
10）植被的文化与景观多样性（小流域和地块的土地利用结构或者土地利用类型，植被景观与当地文化关联，例如风水林等）：通过样方和社区评估得到；
11）农作物的多样性（物种数量变化/土地利用结构）；
12）林木包括经济林多样性的变化；
13）生物灾害；
14）社区/治理沟层面生物多样性（定性类）监测评估。
15）年度生态和地质灾害变化；
16）土壤肥力比过去好了还是差了；
17）土壤保水性比过去好了还是一样或者差了（必要的人工灌溉比过去多了还是少了，如果有人工灌溉行为的话）；
18）长年裸露地多了还是少了；
19）生物灾害是否严重。
1）当地植被（景观）的变化：草地/林子多了还是少了？环境变漂亮了还是其他；
2）当地最常见鸟类（如麻雀等）的变化：哪些有了？哪些没有了？多了还是少了？容易看见还是不容易看见；
3）当地最常见兽类的变化：哪些有了？哪些没有了？多了还是少了？容易看见还是不容易看见；
4）当地常见动物灾害（例如鼠害）的情况：主要灾害动物的物种和危害程度的变化，以及变化的原因；
5）当地小孩最喜爱的小型动物及其变化：例如红山雀、松鼠有无、多少等；
6）附近森林里药材和野生蔬菜的变化：种类和数量多了还是少了？好挖还是不好挖；
7）有没有过去没有见过的动物（例如鸟类）；
8）哪些树木和草是当地的，哪些是引种的；
9）地块上种的农作物种类比过去多了还是一样；
10）地块上种植的林木（包括经济林木）比过去多了还是少了。