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紧紧围绕改善生态环境、改变项目区群众生产条件和实现脱贫致富的项目建设宗旨，进行项目措施建设与组织管理。以基本农田、经济果木、林草植被、沟道治理工程为主体；以县域为单位，以小流域为单元，实行分类指导、科学规划、合理布局，建立系统、高效、结构合理、布局科学的水土保持综合防护体系。
项目建设总目标为：通过项目实施，增加项目区植被覆盖，建立水土保持综合防护体系，有效控制水土流失，改善生态环境，为项目区的农业和经济持续发展奠定良好的基础；改善项目区农业生产条件和农村基础设施，达到提高粮食产量和农业生产水平的目的，促进区域经济发展和群众脱贫致富，减少入黄泥沙，为治理黄河服务。
在宏观规划的指导下，以小流域为单元，调整土地利用比例，优化产业结构，发展高产优质高效的主导产业。把自然资源的治理保护与开发利用结合起来，把治理水土流失与脱贫致富结合起来，融经济效益、生态效益、社会效益于一体，寓综合治理于经济开发之中，形成“建设一片，富裕一方”的区域经济新格局和环境建设的良性走向。在具体措施上，注重农、林、牧综合协调发展，工程、植物多种措施结合，以适应不同地域的自然特点和农村经济发展的多种需要。坚持“因害设防”的原则，因地制宜地建设骨干工程与小型拦蓄淤地工程相结合的沟道防护体系，拦泥蓄水，建设水、坝地，提高项目区整体防护水平。
项目区治理措施按照黄土高原沟壑区、黄土丘陵沟壑区、风沙区三个水土流失类型分区，因地制宜地规划布局，做到按地域差异科学地指导规划，用最优的配置方式利用自然资源，以获得最佳的综合效益。
（1）黄土高原沟壑区
该区治理的基本要求是：“保塬固沟，以沟养塬”，塬面建设粮食生产基地，沟壑建设林果、畜牧多种经营基地，自上而下形成塬面、塬嘴坡、沟谷不同措施综合配置的“三道防线”。塬面修筑水平梯田，最终建成方田林网；沟头修防护围埂，“四旁”全面绿化，形成田、林、路、渠配套，工程与植物措施相结合，防止塬水下沟；塬嘴坡、缓坡修梯田、建果园，发展经济果木，陡坡造林种草，发展人工草地和乔灌混交防护林，发展林牧业生产。沟谷、沟坡采取水平沟、鱼鳞坑整地造林，防止冲蚀；沟底修谷坊坝埝，巩固并抬高侵蚀基点，制止沟蚀，有条件的地方修小水库，解决人畜饮水，或筑坝淤地。
（2）黄土丘陵沟壑区
该区治理的基本要求是：坚持沟坡兼治，综合治理，形成梁峁坡、谷坡、沟底梯层防护体系。梁峁坡：缓坡修梯田，陡坡造林种草；谷坡：造林种草，兴建果园，发展林、牧、果业生产；沟底：修坝淤地，冲沟修谷坊，巩固沟床，有条件的地方修库蓄水或修滚水坝，抬高水位，引水灌溉，发展小片水地。
（3）风沙区
该区治理的基本要求是：重点治理流动沙丘，其次是半固定沙丘，固定沙丘则着重保护和预防。主要措施为：迎着沙丘移动方向，营造防风固沙林带，制止沙漠扩展，在耕地四周营造农田防护林或植物篱，保证农业生产。在已固定的沙丘上，大量发展灌木林带和人工草地。在有条件的地方，引水拉沙造田，挖排水沟降低地下水位，种草或客土改良土壤，修“马槽”井自流灌溉，发展小片水地。漫岗丘陵区采取的治理措施是：沟坡兼治，以治坡为主，工程措施与植物措施结合，以植物措施为主。在大规模营造灌木为主的防护林体系的同时，开展坡面改土工程和沟道谷坊工程、筑坝工程及沿沟道两侧建设基本农田；整治沟道建设堤防，营建和开发河滩地工程。
一期项目涉及陕西、山西、甘肃和内蒙古四省（区）7个地盟、21个县（旗），3个主要水土流失类型区，分布在7条流域（片），总面积15559km 2 。
项目从1994年开始实施，计划通过8年（1994~2001年）的综合治理和开发，初步完成546298hm 2 水土流失面积的治理开发，通过基本农田建设，新修水平梯田83114hm 2 ，发展坝地5613hm 2 ，水地6171hm 2 ，并积极提高农业集约经营水平，加强科学技术的推广应用，使各项目区人均产粮稳定在500kg以上，达到自给有余；通过林草建设，增加林地面积268733hm 2 ，果园27667hm 2 ，人工种草155000hm 2 ，林草覆盖率由基期的18.3%提高到54.3%；修建骨干坝236座，淤地坝2208座。到治理期末使项目区内水土流失基本得到有效控制，每年减少入黄泥沙4087万t。农、林、牧用地结构得到有效的调整，使其比例趋于合理，农、林、牧用地比例由项目实施前的26.8%、15.3%、22.7%，调整到21.6%、34.5%和16.1%，基本做到农、林、牧诸业并举，综合发展。最终建立起一个合理的土地利用系统和生态环境稳定、经济发展、水土流失得到控制的水土保持开发型防护体系。
截止2001年底，项目区累计完成各项治理面积507290hm 2 ，其中水平梯田89958hm 2 ，坝地2454hm 2 （包括治河造地），水地7148hm 2 ，乔木林90617hm 2 ，灌木林136575hm 2 ，经济林26984hm 2 ，果园30987hm 2 ，人工种草122566hm 2 ，修建治沟骨干工程147座，淤地坝1128座，谷坊1956道，旱井20个，沟头防护532.38km，护岸工程30.23km。一期各支流项目区及分年度措施完成情况见附录，表3-1。
二期项目亦涉及陕西、山西、甘肃和内蒙古四省（区）12个地盟、37个县（旗），3个主要水土流失类型区，分布在13条流域（片），总面积19488.7km 2 。
项目从1999年开始实施，计划通过6年（1999年~2004年）的综合治理与开发，完成436000hm 2 水土流失面积的治理开发，其中新修基本农田98400hm 2 ，造林338700hm 2 ，到建设期末，项目区林草覆盖率达到31.6%，每年减少入黄泥沙2980万t，提高土地利用率，调整土地利用结构和产业结构，使其趋于合理。在项目实施期间，改善项目区道路交通等基础设施，为人民群众的生产、生活创造良好的环境条件，为区域农村经济持续发展奠定基础。
截止2004年底，项目区累计完成各项治理面积446292hm 2 ，其中水平梯田80832hm 2 ，坝地1647hm 2 ，水地5321hm 2 ，乔木林108935hm 2 ，灌木林71219hm 2 ，经济林46847hm 2 ，果园15987hm 2 ，人工种草57047hm 2 ，封禁56627hm 2 ，修建治沟骨干工程67座，淤地坝232座，谷坊1763道，旱井23585个，沟头防护375km。二期各支流项目区及分年度完成情况见附录，表3-2。