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为了降低温室气体清单估算结果的不确定性，清单编制机构在本次清单编制过程中，在编制方法、活动水平和排放因子数据方面开展了一系列针对性工作。
在清单编制方法方面，清单编制机构遵循《1996 年IPCC清单指南》和《IPCC优良作法指南》，并参考《2006 IPCC清单指南》，保证清单估算方法科学，结果具有可比性、透明性和一致性。并在数据可获得的条件下，尽可能选用更为详细的方法。
在活动水平数据方面，重点保证所采用数据的可靠性和准确性。尽可能采用官方统计数据。清单编制机构与国家统计局、各相关专业统计机构和行业协会建立了密切的联系和合作，确保获得权威、可靠的官方统计数据。在没有官方统计数据的情况下，清单编制机构开展了大量的调查与研究工作，如对主要工业部门分品种煤炭消费量、石灰产量、石灰石和白云石消耗量、硝酸生产企业、动物饲料与动物生产参数等，有些活动水平数据直接采用企业级数据。
在排放因子方面，为尽可能采用反映国情的排放因子，清单编制机构进行了大量调研、测试和模型分析工作。主要活动包括：分部门、分煤种煤炭低位热值和含碳量调研、电站锅炉和工业锅炉的碳氧化率抽样测试、煤炭开采甲烷逃逸排放强度的测试资料统计与分析、农村生活灶具的排放因子测试、水泥熟料氧化钙含量抽样调研、稻田甲烷排放模型的改进等。对于一些缺乏测试和文献支持的参数，清单编制机构组织了权威专家对这些参数进行判断，形成专家意见。
通过清单编制机构的努力，2008 年中国温室气体排放清单在报告范围、清单方法、清单质量等方面与 2005 年清单基本一致，较 1994 年国家温室气体清单有很大改进，但限于认识水平和基础条件，2008 年中国温室气体清单还存在一定的不确定性。主要表现为：
在活动水平方面，中国的统计数据基础还比较薄弱，目前的统计指标体系与清单编制所要求的数据体系并不完全一致，有些活动水平指标尚未纳入统计体系，而且统计数据本身也存在一定不确定性。而通过典型调研和专家判断等方式获取的活动水平数据都会带来较大的不确定性。
在排放因子方面，尽管清单编制机构都不同程度地采用了抽样测试、实地观察测量等方式来获取与排放因子相关的信息。由于资金和时间等客观因素的制约，观测的时间尺度、观测点和抽样点的代表性还不够。在一些领域由于缺少本国特定的排放因子，使用了IPCC清单指南提供的缺省值，这在一定程度上也给清单估算结果带来不确定性。
清单编制机构采用了《IPCC优良作法指南》中的质量评估与不确定性分析方法，对清单编制过程涉及的相关数据质量进行了初步分析，各领域清单中存在的不确定性主要集中在以下几个方面：
引起能源活动清单的不确定性的主要因素是煤炭的燃烧和生产。第一，能源统计体系对煤炭品种的分类与IPCC要求不一致，清单编制机构通过对生产端和流通端的大范围调研得到分主要部门、分煤种的煤炭消费量，这其中会有一定的不确定性；第二，煤炭低位热值和含碳量的测试在完整性和连续性方面有一定欠缺；第三，燃煤设备特别是工业锅炉和工业窑炉的碳氧化率变化范围较大；第四，煤炭开采甲烷逃逸排放的监测范围虽广但测试频率较低，在一定程度上会影响到排放因子的准确性。此外，非商品能源（生物质能）的活动水平统计基础较薄弱，农村小炉灶排放因子受各种因素影响较大而测试范围有限，油气系统排放因子的确定较多参考其他国家经验，这些都会对能源活动清单的准确性产生影响。
工业生产过程涉及十三个相关行业，活动水平的不确定性主要来自行业统计误差，如建筑和建材石灰的统计基础较差、白云石和石灰石消耗量未列入行业统计中、硝酸产量统计不完整需要修正、部分小型电力设备小生产企业未纳入统计范围等。排放因子的不确定性主要来源于抽样调查误差、化学分析误差和调查数据的代表性等方面。
在稻田甲烷排放量估算中，除观测误差、模型精度会带来一定程度的不确定性外，主要不确定性来源于区域参数，即土壤沙砾含量、稻田秸秆还田和有机肥施用量、水稻面积、品种类型和单产统计数据以及稻田水管理模式。农用地氧化亚氮排放的不确定性主要来源于排放因子的代表性，主要包括：观测数据在整个氮肥用量范围内的分布欠均匀；在有些施氮量条件下的观测数据稀少；工业过程释放的氨和氮氧化物会在一定程度上影响到土壤氮平衡和氮残余等。
对于动物肠道发酵和粪便管理温室气体排放，其活动水平数据不确定性主要来源于统计数据误差。排放因子的不确定性主要来源于相关参数数据的不确定性，一方面抽样调查数据难以完全反映动物饲养方式、动物饲料及气候特征的多样性，另一方面采用IPCC清单编制指南提供的粪便甲烷潜力、转化系数等缺省数据也造成排放因子的不确定性。
土地利用变化和林业清单的不确定性主要在于表现在以下几个方面：一是 2008 年森林资源面积、蓄积量、林地转化为非林地的年均转化面积是基于已有森林资源清查数据通过内插或外推法获得；二是生物量扩展系数存在一定误差，而疏林、散生木和四旁树的生物量扩展系数与林分有较大差别，由于数据所限，清单编制采用了与林分相同的扩展系数，也存在一定误差；三是各类经济林和竹林及灌木林的生物量存在一定误差，用全国平均值具有较大的不确定性；四是含碳率采用IPCC缺省值 0.5，也存在一定不确定性。
废弃物处理温室气体排放清单的不确定性一方面来源于方法，如一阶衰减方法中固体废弃物填满处理的整个寿命期形成的甲烷总量的不确定性及其数量分配的不确定性。另一方面来自相关各类参数，例如甲烷修正因子、可降解有机碳等，有一部分参数缺少反映国情的实际测定值，只能采用IPCC缺省数值，由于IPCC提供的参数多来自有实测能力的发达国家，发展中国家选择这些参数也相应带来了不确定性。