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石林位于滇东岩溶高原和广西孤峰平原的中间地带。岩溶地貌类主要有石林岩溶、石牙原野、溶洞与洞穴沉积、构造溶蚀湖、构造岩溶瀑布、地下暗河伏流、天窗、峰丛洼地等。石林岩溶早在 20 世纪30 年代就成为独特的旅游观赏对象，但由于建筑材料开采、修建道路和建房等影响，对石林景观曾造成了各种直接破坏和间接影响。
石林地带性植被顶极群落是半湿润常绿阔叶林（滇青冈—云南木樨榄—清香木群丛，高山栲—华山松等）与硬叶常绿阔叶林等。目前植被主要类型有半湿润常绿阔叶林、硬叶常绿阔叶林、落叶阔叶林、暖温性稀树灌草丛、暖性石灰岩灌丛与暖性草甸、高原岩溶湖水生植被等。其中有代表石灰岩山地中偏干环境的高山栲、滇青冈、黄毛冈、铁橡栎林、锥连栎林和暖性云南松针叶林等特有植被类型。石林地区历史上长期盛行的开山种地、游牧养殖的生产方式使原生地带性植被受到破坏，环境干旱化状况较为严重。石林风景区自 20 世纪50 年代开始实行风景区造林绿化，植被主体是人工种植云南松、干香柏为主的稀疏乔木，以及原生植被破坏后萌发的次生灌丛和草被，但受喀斯特环境限制，目前植被恢复的程度难以演变为地带性的季风型常绿阔叶林和针叶林，但整体上生态系统处于正向恢复的方向，生态系统的结构、功能、生产力以及服务价值都具有显著提高。最为显著的大小石林风景片区实施严格的封山育林，有效地减少了人为干扰，原先已砍伐树木的地下根系等残留繁殖体再度萌发，加上植被新生繁殖体的扩散，导致植被群落的明显恢复，使得石林整体景观层次多样、季相变化有致。据 2000 年资料，石林植被覆盖率37.8%，以中幼龄林相为主，人工云南松林占 80%，半湿润常绿阔叶林面积仅占5.2%左右。
经过70多年的开发保护，以石林为对象的旅游业已成为中国旅游的重要品牌，石林成为云南旅游的标识形象。及时、准确地掌握石林风景名胜项目对自然景观的影响，有助于科学保护和开发利用石林风景名胜资源。石林风景名胜项目对自然景观影响评价表见下表。
石林风景名胜项目对自然景观影响评价表
续表
云南石林风景名胜项目的自然景观影响评分为 2.75，总体评价结果是“轻微”。需要制定和实施以保护石林岩溶地貌景观和生物群落，严格控制人工建筑为主要内容的专项景观保护措施。
（1）石林风景区内实行严格的划界保护，严禁破坏石林风景名胜资源。
（2）石林风景名胜区内需要严格控制人工建筑。目前石林旅游服务区与核心风景区大小石林的距离过近，而且大小石林外围地带还紧接着五棵树村，需要将旅游服务设施与村寨进行搬迁。
（3）保护水体景观。石林风景区的水库、及长湖、月湖、大叠水、石林湖、剑逢池等水体水质为二类水，生产生活所排放的废弃物是主要的污染源。按照石林风景区规划，在集中餐饮、娱乐、宾馆住宿、交通设施的旅游服务区以及旅游区周边村寨按规划需要配套齐全的排污、集污、洁污设施系统，有效地减轻对生态环境的污染。
（4）需要对风景名胜区内的产业结构进行调整。部分非旅游开发目的的环境功能保护区中因为混杂有传统农业开发而导致了对植被与生态环境的破坏，开荒种地与游牧养殖都有所扩展，水土流失和环境退化有加快发展的趋势。
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