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人类社会发展至今，由于分工的细化和合作的加强，各个利益主体（如政府、社团、企业）在国民经济中的职能、作用、权利和追求的目标存在着一定的差异，而且同一利益主体的目标在时间上也存在着可变性。如果一个国家的政府作为国家的公众代言人，需要站在宏观的层面考虑国民经济的可持续发展、社会的稳定、投资环境的改变、经济结构调整等全局性的问题，而那些从事商品生产和销售的企业，一般是站在微观的层面上自主经营、自我发展和开拓创新，其基本目标以经济效益即利润为主，相应地考虑企业信誉、产品和服务的质量和回馈等方面。
正因为不同利益主体追求的目标存在差异，因此，对同一工程经济活动进行工程经济评价的立场不同，出发点不同，评价指标不同，因而评价结果有可能不同。例如，很多地区的小造纸厂或小化工厂从企业自身的利益出发似乎经济效果显著，但生产活动却排除了大量废物，对河流、湖泊和附近的居民造成了直接或间接的损害，是国家相关法规所不容许的。因此，为了防止一项工程经济活动在对一个利益主体产生积极效果的同时有可能损害到另一些利益主体的目标，工程经济分析必须体现较强的系统性。系统性主要体现在以下 3 个方面：
①评价指标的多样性和多层性，构成一个指标体系；
②评价角度或立场的多样性。根据评价的立场或看问题的出发点不同，分为企业财务评价、国民经济评价以及社会评价等；
③评价方法的多样性。常用的评价方法有以下几大类：定量或定性评价、静态或动态评价、单指标或多指标综合评价等。
由于局部与整体、局部与局部之间客观上存在着一定的矛盾和利益摩擦，系统评价的结论总是各利益主体目标相互协调的均衡结果。
需要指出的是，对于特定的利益主体，由于多目标的存在，各个方案对各分目标的贡献有可能不一致，从而使得各方案在各分项效果方面表现为不一致。因此，在一定的时空和资源约束条件下，工程经济分析寻求的只能是令人满意的整体方案，而非各项效果都最佳的最优方案。