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当前社会的开放性、人口流动性大大增强，社会的利益主体也日益多元化，妇联组织原本的服务内容和服务模式已经无法满足当前社会的现实需要，妇联组织的工作面临着以下困境：
第一，妇联组织的角色定位不明确。妇联和政府的连接功能要求妇联完成党和政府赋予妇联的参与民主管理、维护社会安定团结的职责，妇联维护妇女权益的功能要求妇联代表妇女的利益和心声，为妇女争取更多的合法权益。这种双重角色定位使妇联在一些工作中不能明确自身的职能，常常出现“越位、错位、缺位”等问题。
最典型的例子就是关于妇女儿童工作委员会办公室的职能承担。在日常工作中，妇联是要代表妇女儿童工作委员会来行使一定的行政权力，作为政府的行政机构与相关组成单位开展工作。由于国家对妇女儿童工作越来越重视，妇儿工委办公室承担的行政职能和工作任务也越来越沉重，这在一定程度上造成对妇联本职工作的挤压。
妇联组织这种职能上的错位，进一步影响了自身组织体系的创新与其基本职能的履行。又由于妇联组织属于政府架构，资金来源属于财政拨款，组织人员要服从党和政府的安排。因此，这就使得妇联优先回应政府要求，优先接受党和政府的安排与管理，这就导致组织内部官僚化倾向严重，严重影响了妇联自身工作的开展。
第二，妇联组织队伍职业化、专业化水平不高，难以满足现实需求。主要表现在以下四个方面：其一，由于当前利益主体日益多元化，原有的妇联组织未能全面覆盖所有妇女群体，尤其是新经济组织、新社会组织中的女性从业人员、外来妇女等，少有建立妇联组织或成立妇女团体，妇女群众缺乏一个表达利益诉求的渠道。其二，我国妇联组织具有浓厚的政府色彩，使得妇联缺乏敏感性，无法预测妇女的诉求，对于部分社会问题，在工作上习惯于等待上级制定政策、发号施令，在实施政策的过程中仅限于举办活动，缺乏深入基层开展调查研究、倾听妇女群众呼声的主动性。其三，缺乏专业的社会工作者人才，由于基层妇女工作者素质不高，专业化不强，且多为兼职，普遍缺乏专门针对妇女群众开展社会治理的知识和技能，进一步造成了服务与需求之间的矛盾。
其四，在承接政府项目方面，涉及维护妇女儿童的项目较为单一，尚未与妇女儿童建立起长效互动机制，特别是对外来务工人员的关怀和关注力度缺乏，提供公共服务的能力有待进一步提升。
第三，工作方式有待提高，工作机制有待完善。当前妇联组织主要是充当政府的助手，协助政府管理一部分妇女事务。另外向人大、政协提出有关保障妇女儿童权益的政策建议，为女性维权，提供免费的法律援助以及妇女再就业技能培训与咨询服务。综合来看，仍是协助政府为主，参与事物的能力还缺乏。目前各级行政部门女性领导的比例比较低，妇女缺乏以民主参政的方式维护妇女合法权益，这就可能导致一些关于妇女权益保障的法律法规在制定过程中没有听取女性的意见与建议，政策不够有针对性并且实施效果不明显。
另外，妇联成员在工作方式上习惯于行政化的思维方式，利用社会资源、运用市场机制的思路不宽，且方法也不多；习惯于以大活动推动工作，探索有效的工作机制并长期坚持下去的自觉性不高。这都表明妇联在参与社会管理与公共服务方面还远未形成长效机制。
以上三点都表明当前的妇联工作面临着困境，如何有效解决这些困境，提高妇联组织参与社会治理和管理的能力，是现阶段我们需要思考的。