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袁世凯帝制自为暴亡之后，中国政局面临最大的两项政治任务就是恢复约法和国会，而最重要的核心任务就是制定宪法。1916年6月29日，大总统黎元洪发布命令：“共和国体，首重民意，民意所壹厥惟宪法，宪法之成，专待国会。我中华民国国会自三年一月十日停止以后，时越两载，迄未召复，以致开国五年宪法未定，大本不立，庶政无由进行，亟应召集国会，速定宪法，以协民志而固国本，宪法未定以前仍遵行中华民国元年三月十一日公布之临时约法，至宪法成立为止。”
按照规划，8月1日国会正式开会。在当时“不党主义”思想风潮的影响下，“是时大多数议员仍系前进步、国民两大党党员，不过此时都纷纷改变名目，原属国民系者有客庐派、丙辰俱乐部，以后与旧进步系的韬园派合组为宪法商榷会，后来再分为四个小政团。原属进步系者，至是分组宪法研究会和宪法讨论会，以后合并为宪法研究会”
。至此，研究系登上了历史舞台。研究系是已经消亡的进步党在新的历史条件下的延续，历史亲历者华觉明也认为以袁世凯的暴亡为界，“自此以上，为进步党的活动时代；自此以下，为研究系的活动时代”
。
组成研究系最重要的两个政团是成立于1916年8月22日的宪法案研究会和发起于1916年8月23日的宪法研究同志会，它们都号称以研究、制定良宪为宗旨。面对前国民党各派势力当时要合组“宪法商榷会”的局面，为了在国会重开后在与前国民党人竞争中处于优势，1916年9月11日，宪法案研究会和宪法研究同志会在北京石驸马大街前煤油矿公司召开合并大会，汤化龙任会议主席，会议议定团体名称为宪法研究会，并选举汤化龙、王家襄、刘崇佑、蓝公武、陈述立等人起草章程。三天之后，宪法研究会再次开会，两院议员到会者227人，逐条表决并通过了宪法研究会简章，并选举出编辑员、干事员和交际员等。宪法研究会简章如下：
第一条，本会以研究宪法及其他重要政务为宗旨；
第二条，凡国会议员有与本会宗旨相同愿入本会者得为本会会员；
第三条，非国会议员有与本会宗旨相同愿入本会者由本会会员三人以上之介绍得为本会会员；
第四条，本会每星期（日）开会一次遇有重要问题得随时开会开会主席临时推定；
第五条，本会会议一问题讨论终了得付表决以觇会内多数意见但于表决案与自己意见绝对相反者亦可自由主张；
第六条，本会设由会员公推编辑员若干人担任整理各种研究案；
第七条，本会由会员中公推交际员若干人担任交际事宜；
第八条，本会会员中公推干事员若干人分掌文书会计庶务等事办事员得雇用由干事定之；
第九条，本会事务所设于石驸马大街；
第十条，本会经费由会员筹措随时报告出纳；
第十一条，本简章如有未尽事宜得随时提议修改。
经选举，宪法研究会会中的办事人员如下：
编辑员：蓝公武、陈光焘、林长民、陈善、贾庸熙、孙光圻、彭运斌、吴日清。
干事员：（1）文书科：王家襄、陈铭鉴、曾有翼、陈光谱、陈景烈。（2）会计科：梁善济、周大烈、虞廷恺、郭涵、王锡泉。（3）庶务科：凌文渊、刘星楠、胡源汇、张树森、杜成镕。
研究系一般会员名单如下：张云阁、张宏铨、胡源汇、陈铭鉴、莫德惠、张雅南、范殿栋、王湛尘、郭涵、刘云屏、陈瀛洲、张树森、范樵、张荫亭、何昌阿、陈善、沈河清、李耀忠、蒋风梧、陈义、姚文枬、汪秉忠、张烈、王戈、李兆年、邓毓怡、周大烈、常堉璋、金还、孙光圻、林长民、陆大坊、董毓梅、郭广息、曹瀛、王广圻、王之箓、周祖澜、阎与可、张玉庚、马荫荣、杜凯之、魏丹书、李元亮、王谢家、熙钰、吴渊、熙凌阿、王銮声、噶拉增、刘丕元、祺诚武、布尔格特、荣厚、陈洪道、虞廷恺、杜师业、杨绳祖、杨振州、徐希之、赵成息、萧文彬、娄鸿声、李膺息、齐忠甲、毕辅廷、陈士髦、谢翊元、董增儒、董继昌、王家襄、陈国祥、陈允中、刘可均、陈祖基、王荫棠、鄢泮春、孙乃祥、刘兴申、张嗣良、富元、赵连琪、蘓毓芳、程崇信、陈毅、姚守先、祁连元、马英俊、杨润身、马良弼、陈光焘、谭焕文、岳云韬、王鸿宾、白常洁、李增、许植材、陈光谱、宁继恭、刘鸿庆、彭昌福、姚华、孙世杰、恩咏春、陈金鉴、周学源、刘光旭、王卓甫、谷蔼堂、贾洞元、张则林、韩增庆、耿北栋、吕泮林、张恩级、张敬之、崔怀灏、张滋大、刘士三、宋桢、张其密、刘尚衡、谢书林、唐士行、蓝公武、张敬弟、林辂存、高登鲤、黄荃、连贤基、王敬芳、胡汝霖、籍忠寅、唐乡怀、唐瑞铜、金承新、布霖、齐耀瑄、吴涑、朱继之、李文治、翁恩裕、葛庄、陈经镕、李增秾、侯效儒、杨廷栋、严天骏、张联芳、吴文渊、唐理淮、王多辅、恒诗峰、黄镜人、吴作棻、吕金镛、李景濂、李保邦、王文芹、汪震东、孟昭汉、金桂山、田美峰。
从这个名单来考察研究系人事组织，我们必须指出这样几点：（1）虽然这个名单中也有像梁善济、林长民、王家襄、陈国祥、蓝公武、籍忠寅这样的研究系骨干人物，但是人们普遍认为的研究系精神领袖和头面分子并没有出现在这个名单内，比如梁启超、黄溯初、蒋百里、张东荪、张君劢以及和研究系保持极为亲密关系的范源濂、陈叔通、张公权等人俱不在名单内，他们大多是研究系精神领袖梁启超的门生故旧，但是他们不肯承认自己是政党的成员。张东荪辩解说：“我的朋友以进步党人为多，且较密切，我却从未正式加入该党，亦向不与闻他们的党的活动。”
除此之外，研究系汤化龙一派的青年少壮派如陈博生、霍俪白等人尚在日本求学均没有出现在这个名单内。（2）研究系内部的组织结构其实延续了进步党的特点：“进步党的党员虽由三党组成，惟有共和党的梁启超、民主党的汤化龙与周旋汤、梁之间的林长民等，对于党务很热心，经常到党部参加会议，因此进步党就形成汤、梁两派交换意见的机构。”
研究系在形式上是由汤化龙和梁启超合组而成的政团，但是在研究系内部“汤是汤，梁是梁”的特点很明显，除了以梁启超为中心的前共和党人及其门生故旧之外，研究系内也存在以汤化龙为中心的一派，而且汤化龙一派内部也是派别林立。“盖先生（指汤化龙，笔者注）组党之基础，早确立于清末之谘议局联合会，时各省谘议局正副议长均集京师，先生以湖北谘议局议长出席该会，与山西议长梁伯强（善济）、四川议长蒲伯英（殿俊）、直隶议长孙伯兰（洪伊）、福建副议长刘崧生（崇佑）诸先生，均以促进宪政为职志，结契甚深。入民国后，组共和建设讨论会，组民主党，进而与共和党合并为进步党，咸奉先生为魁，而诸人皆其中坚也。”
经过了清末立宪的磨难、共和斗争的成功以及民初国会的历练，这批党人同心同德，希冀在新开的国会大展宏图。（3）从宪法研究会成员的年龄来看，他们大多在三四十岁，正是在仕途上追求上进的时期，而从他们的教育背景和从事职业来看，都曾接受过中国传统旧式教育，但是大多数却并不是科举制度的受益者。他们大多在日本或国内接受过政法或师范类教育，既有中国传统教育的影响，又受过西方或东洋新式教育的熏陶，他们大多在国内各地从事法政、教育类工作，或是清末谘议局系统的立宪人士，因此，民国建立后他们“别求新路”以实现政治理想的愿望极其强烈。（4）研究系的组成人员中也包括身处多党的跨党者以及心怀叵测、心口不一的政治投机者，比如曾组织共和统一党与同盟会合并成立国民党的张树森等人，可见此时的研究系人员成分复杂，成员的思想也不统一。
黎元洪在1916年6月继任大总统后，按理说汤化龙、梁启超是反对帝制的有功之人，且汤化龙还是黎元洪武昌首义的故旧，黎元洪对二人领导的研究系应该青睐有加才对，实际情况远非如此。在黎元洪、前国民党势力、研究系和段祺瑞之间展开了一场复杂纷乱的权力博弈和势力结托。黎元洪起用段祺瑞组织内阁，对于阁员人选则推重国民党人。华觉明曾回忆说：“推其致此之由，实因黎想借重国民党以抵制北洋军阀，期完成南北统一的大业；而研究系一向反对国民党，国民党衔之刺骨，黎若与研究系接近，国民党的国会议员必不与黎合作，此黎所最虑者。……汤认为黎已完全为国民党的小孙派所包围，不足与有为。孙洪伊主张孙（中山）、黎联盟，来抵制北洋军阀；研究系则主张黎段联盟，来削弱国民党。孙洪伊派与黎愈接近，研究系的汤化龙与黎的距离就愈远，这是必然的趋势。”
事情发展到后来，汤化龙甚至都很难得见黎元洪一面。于是，“……研究系就一心一意为段策划一切；同时段在这一阶段也想利用他们，故对于研究系的领袖极为优礼。而研究系亦认为段有实力，且做事负责，可以借其帮助，扩充该系的势力，进而夺取政权”
。说到底，研究系导国家政治于正轨的途径仍然是与北洋实力派合作来对抗所谓国民党的暴民政治。
1916年8月1日，国会重开，其最重要的目的就是制定宪法。从1916年8月一直到1917年上半年，研究系与前国民党人主导的宪法商榷会围绕制定宪法产生了极其尖锐的矛盾冲突。在制定宪法的进程中，双方的主要矛盾集中在两大问题上，其一是定孔教为国教问题，其二是省制加入宪法问题。在第一个问题上，国民党议员张鲁泉呼吁要求删除宪法草案中以孔道为修身大本的条文，认为这样的条文本身就是封建王权统治阶级思想的体现，与民主共和思想相悖，同时也认为这与宪法中宗教信仰自由、人民权利平等的条文相矛盾。但研究系党人沿袭了原进步党坚决支持立孔教为国教的思想，梁启超在1913年就曾表示应当以孔教为风化之本。1917年年初，参议院宪法起草委员会集会讨论时，作为研究系代表的蓝公武公开表示赞成原案及规定国教。在后一个问题上，双方爆发了更为激烈的冲突，国民党议员主张省制应加入宪法并且省长直接民选，而研究系对此坚决反对。国民党议员原本想通过省制入宪来扩张国民党势力控制的省份，以此来削弱北洋政府中央集权对自身带来的压力。而在梁启超看来，“盖宪法比较的宜含永久之性质，凡制度之常须因时变革者宜勿拦入，以免根本法之常常动摇。我国（省）之性质，在法律上殊未明了，其理想的组织权限，煞费商量。而彼既有历史上之依据，自不能骤革。今方欲借助法制之力，使其性质渐次蜕变，则所谓法制者，宜含有过渡的精神，万不能以最完全之理想径行规定，致有不应时势不能实行之病”
。对于省长民选，梁启超也表示坚决反对，认为在国民政治道德水平低下的现实状况下，金钱收买、利益交换、武力威胁和地域偏见等不利因素会让野心家当选，并导致地方动荡。不难看出，梁启超的政见是维护北洋政府中央集权统治的。双方政见水火不容，最终在议院里爆发严重冲突。1916年12月8日，议院否决省制入宪，“暴乱党先锋陈策首先跑登演台，大叫审议长违法，并将蓝票抛之地上，暴乱党党徒在台下者一起起立拍案顿足，附和捣乱，既不能说出何以违法理由，又不肯服从依法表决之结果，明知自己主张失败，故意扰乱，冀可达其推翻表决之目的。且殴打反对党以泄其愤，于是吾民国神圣尊严之议会竟为若辈暴民逞凶殴人之场所矣”。当研究系议员籍忠寅对此表示抗议时，“陈不由分说，便举拳殴打，伤籍右颊。籍正欲退出议场，又被邓天乙自后以脚踢倒，复有五六人将籍包围群殴，拳足交加，并将籍衣服拉破，籍负伤颇重，幸由张鼎彝、王弌等救护，始获出场”。与此同时，原国民党议员又围着刘崇佑武斗起来，“东边之殴打未毕而西边之暴乱党徒刘成禺、张我华、叶夏生、陈时铨、蒙经等及其他暴乱分子多人亦逞凶殴打刘崇佑，且以椅子墨盒等为武器，刘面部右颧及左手肘均受伤，陈光焘见刘被殴向前劝解，忽有焦易堂追随陈后，先以拳猛击陈右肩，继以椅脚击陈之头，又有张金鉴亦欲上前劝阻，被谢良牧以椅将张右手第四指打伤，此当时陈策、刘成禺等恃强殴人之情形也”
。被殴打伤之议员刘崇佑、籍忠寅等人遂即将前国民党议员刘成禺、陈策等人起诉至地方检查厅。后来在各政团斡旋之下，双方互有妥协，最终1917年1月10日由中立政团拟定的地方制度大纲通过国会，省制问题告一段落。
1917年2月8日，为对德绝交问题梁启超入京，最终围绕着这个问题，不仅导致议会中研究系与国民党矛盾再次激化，而且导致北洋集团内部分裂。梁启超影响下的研究系主张对德绝交并宣战，认为这样可以提升国家地位并可以提升我国军力水平，但是国民党人担心北洋军阀借机备战扩军，于自己不利；而总理段祺瑞想要借对德宣战拉近与日本人的关系，以此借款扩军，但总统黎元洪担心皖系军阀一家独大会威胁自己的统治，因此主张与美国保持一致，即反对中国对德绝交，可以说国际上美日之间在远东地区的外交之争转变成了中国府院之争，矛盾错综复杂：“研究系主张绝交，国民党以为非；院主绝交，府以为非，驯至党与党争，府与府争。”
在这个过程中，研究系积极支持段祺瑞政府及北洋督军团。虽然有国民党议员的激烈反对，但在1917年3月10日参众两院都通过了以对德绝交为主题的外交方针案并由北京政府在3月14日正式宣布。不过梁启超继而主张对德宣战应接续进行，但又遭到了总统黎元洪及各省督军的普遍反对。随着美国在1917年4月6日对德宣战，特别是段祺瑞向各省督军表示宣战而无须出兵之后，督军们迅速就对德宣战达成一致。1917年5月3日研究系开会商讨对德宣战问题并欢迎各省督军，表示一致赞同对德宣战，后又于5月6日发表“宪法研究会关于对德外交之宣言”来阐释参战的理由。“事实上国会对参战问题意见非常混乱，除研究系旗帜鲜明外，没有一个党派能够有坚定不移的主张，也没有一个党派能够有全体一致的主张。”
几乎在同期，段祺瑞内阁在4月25日在京召开各省督军及其代表会议，妄图通过军事施压的方式强迫国会通过对德宣战案，这引起了国会成员的强烈反对；5月4日，督军团又在北京邀宴三百余名国会议员，以此来拉拢国会议员以通过对德宣战案；5月10日，国会对该案进行表决时，段祺瑞和督军团操纵军人策动“公民请愿团”，在陆军部人员指挥下利用游民、流氓包围众议院、殴打议员，强迫议员通过宣战案，议员被围困十小时之久，进一步激化了矛盾，内阁谷钟秀、张绍曾、程璧光等总长纷纷辞职，仅余段祺瑞一人。虽然研究系也公开谴责公民团暴行，但公民团事件激怒了国会议员，反倒让他们在倒阁的共同要求上团结起来，要求黎元洪罢免段祺瑞。而5月19日对德宣战案提交众议院议决，经讨论决定缓议，同日督军团借口宪法草案将导致“暴民专制”要求解散国会。双方矛盾已经不可调停。势成骑虎，这对研究系来说，不论在国会内部的势力和影响还是在社会上的形象来说都是极大的打击。
1917年5月23日，总统黎元洪下令解除段祺瑞总理职务，而段祺瑞对此通电不承认，并威胁道：“（该免职令）未经祺瑞副署，将来地方国家，因此发生何等影响，祺瑞概不负责。”
作为应对，同日张勋在徐州召开第四次督军团会议以“必将激生他变”威胁黎元洪，安徽倪嗣冲、奉天张作霖等通电全国表示与中央脱离关系并在天津设立军务总参谋处，山东、直隶、河南各省纷纷宣布独立并派重兵威胁北方，战事一触即发。在此过程中，包括众议院议长汤化龙在内的研究系议员纷纷辞职，研究系首脑也与被解职的段祺瑞站在了一起，“免职令下，段（祺瑞）即卸职赴津。此时研究系的主要分子梁启超、汤化龙、林长民等仍然表示与段合作，取一致行动，随之共同赴京；研究系的机关报亦移津出版，为段宣传”
。
万般无奈之下，1917年6月1日黎元洪只得请张勋率三千辫子军入京调解府院之争，6月12日黎元洪在张勋的胁迫下最终解散国会。1917年7月1日，张勋复辟。对于甚嚣尘上的复辟逆流，宪法研究会于6月5日在天津俄界二号路该会临时事务所开会讨论对策，“大众极为愤慨激昂，全体议决一致反对复辟之举”
。段祺瑞乘机誓师讨逆，梁启超亲赞戎机，讨逆檄文和军中文告都是出自其手，研究系其他重要分子如汤化龙等也纷纷加入讨逆行列中，助力良多。历史潮流，浩浩荡荡、不可阻挡。7月12日，复辟失败，7月14日在黎元洪辞职的同时，段祺瑞进京复职。
共和再造，居功至伟。段祺瑞和研究系步入蜜月期。虽然段祺瑞心腹徐树铮对研究系首脑乱平之后的职务安排意见极大，但是段祺瑞依然在7月17日请定梁启超担任财政总长、汤化龙担任内务总长、林长民担任司法总长，这也是时人所谓的“研究系三总长”。除此之外，阁员汪大燮、范源濂等也与梁启超有旧，而且蒲伯英被任命为内务次长，张嘉璈则被任命为中国银行副总裁等。对于这样的内阁职务安排研究系分子极为兴奋，理想中政党内阁的架构已经初步确立，大展宏图的机会似乎到来了。
1917年7月26日，宪法研究会正式开会，梁善济主席报告会务，其后三阁员相继发言。梁启超在讲演中主要强调了政党道德，要求尊重在政治轨道内竞争的他党，并表示“今后之进退一视吾辈之政策能否实现为断”。汤化龙和林长民在演讲中也都希望研究系诸君可以作为政党内阁的坚强后盾。这次集会显然是研究系在新的政治局面下调整自身政治定位，为未来执政筹划宏图的关键集会，会议中甚至有党员提出要复活进步党的提议。1917年8月10日，研究系三总长宴请研究系成员，“到者二百余人入席次，三总长相继致谢，觥筹交错，至十时主宾尽欢而散”
。
从表面上看，研究系与段祺瑞确实拥有一段蜜月期，段祺瑞基于对自身利益的考量之下对研究系首脑的谏言言听计从。对德宣战问题和国会问题是段祺瑞政府亟待解决的两大问题，对于前者，由于没有了国会的掣肘，1917年8月4日内阁开会顺利地通过了对德宣战案，8月14日冯国璋以北京政府总统名义公布对德、奥宣战；而后者则让梁启超和研究系承担了极大的历史骂名，乱平之后，梁启超认为之前的国会不能恢复，而应援用民元旧例召集临时参议院，段祺瑞对此也表示支持，毕竟可以抛开之前国民党员占多数的国会，减少了自身施政的种种国会阻力，同时又达到了废除临时约法的目的。7月24日，国务院通电各省，声称国会业已明令解散，断无重行召集之理由。对于研究系和段祺瑞的倒行逆施，国民党议员和西南实力派督军纷纷表示反对。7月23日，旅沪国会议员发表对外公告，表示不承认段祺瑞非法政府，要求维护约法、恢复国会，7月27日首批旅沪国会议员五十余人启程赴粤，1917年8月4日，旅沪国会议员一百八十人启程赴粤，8月25日孙中山在广州召开“非常国会”，9月1日孙中山被选举为中华民国军政府大元帅。护法运动由此拉开序幕，南北分裂的态势形成。对于这样严重的后果，梁启超和研究系可谓是祸乱的始作俑者。
研究系党人刘以芬认为：“梁、汤、林入阁，为进步党最盛时期，同时亦即其失败开始时期。”
说到底，梁启超领导的研究系与段祺瑞之间是一种相互利用的关系，对缺乏稳固基础和坚强力量的研究系而言，依附段祺瑞是想要依人成事，而对段祺瑞来说，此前与国民党对峙之时确实需要与研究系相结托以御强敌，但是在南北分裂的大变局前，鸟尽弓藏、兔死狗烹，研究系的助力已经无关紧要，而有着政治理想和宏大抱负的梁启超、汤化龙等人也决非一般普通官僚可以随意掌控。最关键的是，此时一心想要凭借武力统一全国的段祺瑞和想要在政党政治框架下实现政治抱负的研究系阁员产生了执政重心和政策方针的冲突和错位，因此，双方关系的破裂只是时间问题。
对梁启超而言，此次入阁最重要的事情是在外交方面促成政府出兵欧洲、在财政方面则是改良币值。对于前者，梁启超主张在1918年春之前派遣数万中国军队赴欧西战场，以此为国正名并希图在战后挽回利权，为此他积极与法、美各国公使交涉。对此政策，段祺瑞认为完全是书生之见，突飞太过。对于一心想要武力统一南方的段祺瑞来说，怎么可能将手中的兵力投入到欧洲战场呢？因此，梁启超的建议只能是与虎谋皮，必将以失败而告终。“（梁启超）先生常与协约国甚善，曾署名于对德宣战书并提议派兵赴欧参战，政府不听反以北兵压南方，先生大示反对，遂辞职。”
对于后者，梁启超希望在财长的职位上依靠五国银行团的“善后大借款”来改革币制，按照梁启超的打算，他想把日本银行团先期支付的一千万日元借款存在日京银行，作为汇兑准备金以便在国内发行金汇票，“启超以为此即金汇兑本位之发端耳”。
可段祺瑞为了筹备内战资金，绕开了财政总长梁启超。“借款本应由财政部主管，而对日借款乃由曹汝霖（交长）辈秘密办理，财梁几不得与闻。”
各项借款在段祺瑞的授意下主要都用来支付政府的军政支出，梁启超改革币制的梦想彻底破灭。
除此之外，研究系作为政治党团，非常看重的是临时参议院的选举，而这也被段祺瑞、徐树铮等人看做潜在的威胁，卧榻之侧岂容他人鼾睡。据刘以芬回忆，“闻当召集临时参议院时，本由进步党开列名单，以内务部名义密电各省照办；乃段派闻之，大不谓然，认为如此则所选出者将尽为进步党员，此后政府一举一动，难免悉受其挟制，是去一国民党不啻又来一国民党。因由徐树铮将此意向段陈述，段无明确表示。徐窥知段意已动，乃另行列单，或用己名，或假用段名，分电各省将内务部前电推翻”
。对于研究系成员，段祺瑞、徐树铮则许以相当条件大肆收买，令其脱离本党而加入新党，安福系即由此脱胎而成。“选举本应归内务部主持，而新国会选举乃全由徐树铮等暗中操纵，内汤几不能过问。”
1917年11月14日参议院开第一次正式会，在场人数102人，先选举议长，王揖唐得65票，梁善济得35票，张凤台、那彦图各一票，王揖唐当选议长；在副议长选举中，那彦图52票，梁善济23票，孙润宇20票，其余多人如罗纶、蓝公武得一票，那彦图当选副议长
。研究系在选举中铩羽而归。“事前（研究系）方以临时参议院可以全权在握，某也议长，某也秘书长，均已内定有人，结果大出意外，经此一番变动，而党势遂大受影响矣。”
在其后的新国会选举中，由于徐树铮通过收买、贿选等非法方式刻意排挤、限制研究系党人当选国会议员，最终在新国会的选举中只获得了二十余席。
显而易见，在研究系阁员看来自己完全是无足轻重的傀儡。“名为阁员，实则等于虚位，选举犹在其次，而借款则关系国脉，势不能无言，言之不听，势不得不求去。若辈（指徐树铮，笔者注）乃更借此而指为有意拆台，段亦深信不疑，于是此一方则恶意慰留，而强使之分谤，而彼一方则力表不与合作，以求外间谅解。计梁、汤等自六年七月十七日入阁，至十一月二十二日随同段氏去职，表面若相始终，而精神则早已分立矣。”
1917年11月15日，直系将领在长沙通电停战，段祺瑞请辞国务总理职务，梁启超等研究系阁员一体辞职，面对挽留，梁启超等坚拒不就，他在18日写给好友张一麟的信中表示：“昨今两日头痛欲裂，或是用脑太过，刺激太甚所致。”
其挫败灰心，可想而知。至此，研究系组织政党内阁以引导段祺瑞等北洋实力派入政治轨道的构想和努力彻底失败。
纵观研究系成立后与北洋实力派合作的全过程，研究系继承了进步党依人成事的政治风格，希冀与北洋实力派相结托并引导其步入政治正轨，但事实反复证明，他们的想法是与虎谋皮、不切实际的。正如刘以芬所说：“进步党自创党以来，其所取政策，即系与现有势力相结合，意欲乘机而指导之、改造之，使成为我国之中坚力量，以求安定一时之社会秩序，并徐图发展。故彼之所谓结合，亦有一定限度，与一味附和者不同，苟一旦越此限度，则彼即不能不顾及自己之立场而立与离异。但观该党第一期与袁世凯结合，然一见袁欲帝制自为，背叛民国，则毅然起而反对；第二期与段祺瑞结合，然一见段之滥用日债，倒行逆施，则决然不肯苟同，便可以知其态度矣。当时外间谓进步党尚有为有不为，若其他党派则且有无所不为者，的是平情之论。”
痛定思痛，痛何如哉！从政失败后的研究系首脑在大势已去的情况下也在反思己派的政治路径和作为，他们清醒地认识到要想在国民思想尚不成熟、政党经验幼稚的历史条件下彻底解决政治问题是不切实际的，也是注定失败的。那么如何寻找新路呢？东渡日本时汤化龙公开表示：“我国由专制一跃而为共和，国民思想变迁之速因世界大势所压迫，思想实未成熟，七年来变故相乘，为过渡时代必至之现象，如何使不成熟之思想渐就成熟以压胜此恐慌之现象，须计其久且远者。所谓久且远者，即在乎培其根而养其源，求根本上之解决及去政治上一切阻力之方法。……吾人当今急务无他，在国内或国外皆应负有指导国民之责，即在养成国民心理，使为有理性的判断。……故吾人之责任在能引深厚之理想灌输于国民，评判为有理性之评判，行动为有理性之行动。”
前路漫漫，政治投机者纷纷散去之后，对留下来的研究系中坚分子来说，希冀在思想文化上谋划“久且远者”以承担起指导国民之责任，那么，未来的突破口到底在哪里呢？