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针对我国农村留守儿童营养健康现状及其影响干预机制这一研究课题，本书采取了微观数据实证分析的研究方法。这一方法以微观家庭调查数据为资料来源，充分结合描述性统计与回归分析的计量方法，既有利于从宏观层面把握儿童营养健康指标的分布差异和变化趋势，又能够从总体上分析变量之间影响效果的显著性及其统计意义。
具体而言，本书所使用的分析数据主要来源于中国健康与营养调查（CHNS）和中国家庭追踪调查（CFPS）这两组大型微观调查数据库。CHNS数据是由北卡罗来纳大学教堂山分校卡罗来纳人口中心和中国疾病预防控制中心国家营养与健康研究所合作并整理，旨在评估我国人口的营养健康状况及其社会经济影响因素。该项目于1989年首次展开调查，样本覆盖我国东、中、西部及东北部地区的九个省份（2011年起又加入北京、上海和重庆三个直辖市），针对省、市/县、社区和家庭等四个层次采用多阶段随机聚类的抽样方法，并根据收入（低、中、高）进行分层抽样。此后，项目组又分别于1991年、1993年、1997年、2000年、2004年、2006年、2009年、2011年和2015年对样本进行了追踪回访，不断扩大样本覆盖面、增加问卷调查内容、深化指标检测专业程度。目前项目组已将所有调查数据结果整理汇编为纵向主题数据可供研究
，各年份的调查问卷均包含营养健康调查、个人调查、家庭调查和社区调查，个别年份还增加了已婚妇女调查、男孩发育调查、血液检测、体格测量及生物样品调查等。由于我国农村留守儿童问题自2003年以来才被社会各界逐渐关注，因此本书仅使用CHNS数据库2004年至2015年中的五个调查年份为研究样本，共选取了2603户家庭中的7459名农村儿童。
CFPS数据是由北京大学中国社会科学调查中心调查并整理，旨在研究我国居民经济活动、教育健康、家庭动态以及人口迁移等全方位的经济社会发展问题。该项目于2010年首次展开调查，样本覆盖我国东、中、西部及东北部地区的25个省、市、自治区（2014年起加入海南省、内蒙古自治区、宁夏回族自治区以及新疆维吾尔自治区，2016年起又加入青海省和西藏自治区，最终共计31个省、市、自治区），针对省、市/县、社区和家庭等四个层次采用多阶段分层概率抽样方法，并以人均GDP作为排序依据。此后，项目组又分别于2012年、2014年、2016年和2018年对基线调查样本进行了追踪回访，由2010年基线调查成员及其直系亲属组成永久性追踪样本，同时回访仍然以面访为主，并辅以电话访问和代答访问。目前项目组已将所有调查数据结果整理汇编为横向编年数据可供研究
，各年份的调查问卷均包含社区问卷、家庭成员问卷、家庭问卷、成人问卷和少儿问卷。由于2010年的基线调查数据未提供父母身份ID，无法将父母信息与儿童信息结合，因此本书仅使用CFPS数据库2012年至2018年中的四个调查年份为研究样本，共选取了12599户家庭中的19677名农村儿童。
应用上述两组数据库资源进行实证分析具有以下三点优势。首先，二者的调查研究均已实施多年，其项目组调查经验丰富、问卷设计科学严谨、数据整理清晰有序；再加上两组数据均具有样本数量大、时间跨度长、省份分布广、变量信息多等特点，非常有利于本研究的实证分析。其次，CHNS数据重点关注我国人口的营养健康状况，其在问卷设计中更加具有专业性和指向性，提供了丰富的营养健康相关的变量信息；同时CHNS项目小组在实地调查中，对被访者进行了身体检测、血液检测和营养膳食测算等，使得本书所构建的儿童营养健康指标更为科学和精确。再次，CFPS数据所涉及的研究领域广泛，其中对我国居民的家庭动态和人口迁移问题探索更为深入，这有利于本书更为准确地定义农村留守儿童群体；同时CFPS的调查问卷层次丰富，着重考察了家庭社会经济各维度的影响因素，这也有益于本书检验儿童营养健康各层面的影响机制。
因此，本书的核心部分将充分挖掘这两组微观调查数据，并从以下四个角度进行实证研究。
第一，本书将在梳理前人文献的基础上，实证性地建构儿童营养健康的测量指标，并选择世界卫生组织（WHO）提供的最新的儿童生长标准作为衡量儿童是否营养不良的参考标准，从生长发育状况、营养素摄入情况以及营养类疾病患病状况等三个维度对儿童营养健康进行描述分析。
第二，本书将通过描述性统计的方式从不同角度描绘我国农村留守儿童的总体规模、人群分布、年代变化趋势等，并进一步从留守儿童的监护类型、个人特征、父母特征、家庭条件和学校条件等五个方面进行多维度描述。描述统计结果清晰直观，年代变化趋势规律可循，百分比分布差异可比性强。
第三，本书将借助回归分析的方法将父母外出务工对农村留守儿童营养健康的影响机制进一步量化，不但能够通过回归结果的显著性检验来判断留守与否是否对儿童营养健康产生影响，更能够通过添加必要的控制变量使得多元线性回归对父母外出务工的影响机制呈现出更加准确的估计。
第四，本书将引入结构方程模型对农村留守儿童营养健康的干预机制进行检验，该模型不仅能够将单一的可观测变量组织起来，共同测量和反映同一个抽象概念，更能够同时考察多个因变量。这两点优势允许本书从整体上把握概念之间的逻辑关系，搭建更为完整的干预机制。