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本书共分为九个部分：
第一部分为绪论。首先从选题的研究背景入手，阐明本研究的意义；其次回顾了区域创新能力、经济增长以及区域创新能力与经济增长关系的相关文献，为后文研究开拓了思路；最后再次论述了本研究的思路、技术路线以及创新之处等相关内容。
第二部分为理论基础。回顾了创新能力理论以及经济增长理论。创新能力理论主要包括创新的内涵、创新的模式、国家创新系统理论以及区域创新能力理论，系统阐述了区域创新能力的产生和演化。经济增长理论通过阐述技术创新对经济增长由外生到内生作用的理论变迁，重点阐述了创新能力对经济增长的影响。以上内容为后文对西部区域创新能力与经济增长问题的研究提供了理论支撑。
第三部分为区域创新能力促进经济增长的机理分析。主要包括两部分内容：一是阐述了区域创新能力的形成。二是从微观和宏观两个层面分析创新能力对经济增长的作用机理。从微观层面来看，区域创新能力主要通过产品创新（产品水平创新和产品垂直创新）和生产过程创新（生产要素进行新组合和采用新资源）来提升企业竞争力，从而促进经济增长；从宏观层面来看，区域创新能力主要通过调整产业结构（产品结构、消费需求结构）和转换经济增长方式（生产要素重新组合与运行、企业竞争力）提高资源配置效率，从而促进经济持续增长。
第四部分为西部区域创新能力与经济增长的空间特征描述。首先，针对西部区域创新的投入产出、创新环境以及创新能力的空间动态演化趋势进行分析，得出西部区域创新的产出按上游—中游—下游依次递减且创新产业化程度不高的特征。其次，通过对西部区域产业结构的空间格局以及经济增长的空间动态演化趋势分析，发现西部区域经济增长速度已经快于东部区域，但西部区域的产业结构仍需优化升级。最后，通过研究西部区域创新能力与经济增长率的演化趋势，发现二者呈非线性关系的特征。
第五部分为西部区域创新能力差异的评价分析。在建立评价指标体系和确定测度方法的基础上，结合西部区域的实际情况，根据本书第三部分阐述的创新能力的五个构成部分，选取27个具有代表性的指标，构建了西部区域创新能力的评价指标体系。采用2014年的指标数据进行因子分析，得出西部区域创新能力在全国的具体排名情况和西部区域整体排名偏低的特征，并结合影响西部区域创新能力的因素进行分析评价。
第六部分为西部区域创新能力的技术追赶模式选择。本书依据技术路径动态实现总结了技术追赶的产业要素，对西部地区技术赶超路径构建和产业的动态选择进行分析，从而对西部区域创新能力的技术赶超模式做出选择。
第七部分为西部区域创新能力促进经济增长的作用路径分析。运用校企协同SD动力学模型，剖析了校企协同的作用过程、内部机理与不同层面对创新绩效影响的动态演化规律。分析西部区域创新能力与经济增长的作用与反馈的因果关系，提出西部区域创新能力促进经济增长的作用路径。采用2000—2014年的数据资料，利用系统动力学研究方法和相关函数填充，构建系统动力学模型（经检验，系统模型与实际情况基本吻合）。通过模拟仿真和敏感性分析，展开进一步研究，发现在西部区域创新综合能力中，企业创新能力对经济增长影响作用最强，知识获取与转化能力则影响作用最小。
第八部分为西部区域创新能力与经济增长的空间计量分析。从空间计量经济学视角，研究构建包含人均地区GDP、区域创新能力、工业新产品销售收入、市场化水平、对外开放度等因素的空间计量模型，分析2000—2014年西部区域创新能力与经济增长的空间效应问题。研究发现，全国样本以及分区域样本中创新能力系数均为正数，表明创新能力对经济增长有积极的拉动效应。西部区域经济增长主要是依靠工业企业新产品的销售来拉动。
第九部分为结论与对策。归纳并总结本书的主要研究结论，并有针对性地从不同角度提出提升西部区域创新能力、促进经济增长的对策及建议。
本书采用定性研究的方法对区域创新能力促进经济增长的机理进行阐述，结合相关的理论框架和西部区域特征，利用以下定量分析方法开展实证研究：运用因子分析法对西部区域创新能力进行测度评价，得出西部各省份在全国的创新能力排名，对西部区域创新能力的影响因素进行评价；运用系统动力学分析二者的作用与反馈的因果关系，刻画西部区域创新能力促进经济增长的作用路径；运用空间计量的方法验证西部区域创新能力与经济增长之间的空间相关关系和回归关系，用实际度量与测算结果验证二者之间的时空效应。
（1）因子分析法。
因子分析法是利用少数公共因子的线性关系，以及特定因子之和来解释原观测变量，将众多复杂变量归纳为少数几个综合因子的一种多元统计分析方法。主要通过以下步骤进行计算：第一步，首先对原始数据进行标准化；第二步，计算指标的相关系数矩阵；第三步，通过特征值和特征向量得到主因子及主因子贡献率；第四步，进行因子载荷矩阵计算；第五步，将因子载荷矩阵进行方差最大化正交旋转，得到旋转后的因子矩阵；第六步，首先进行主因子特征值计算，并对方差进行解释；第七步，通过计算特征值综合得分进行排名。
（2）系统动力学的分析方法。
系统动力学是一种定性和定量且能够将理论和实践相结合的研究方法。定性分析主要是对系统内部各个参与主体的作用效果与关系进行分析，定量分析目的是通过模型构建对系统参与主体之间的关系进行数据化表达。结合本书研究目的与系统动力学研究方法的特点，具体应用步骤主要有：第一，系统进行定性分析，结合所选取的研究层面，对研究对象分层次进行变量选取与描述，并分析其各个层面之间的关系以及对研究对象的作用。同时收集相关数据并结合数据之间的趋势描述对系统的作用情况进行性质界定。第二，对研究系统的作用路径进行刻画，结合研究维度对所选取的变量进行分类，并根据变量在系统中的作用与特点，细化系统的共演过程，从而从作用与反馈两个角度明确系统内部的因果关系。第三，研究系统的模型构建，在因果关系的基础上，构建相关的系统动力学模型，整理填充搜集的时间序列数据，同时根据变量之间的作用关系，利用系统动力学研究方法的相关函数填充，实现系统的运行。第四，系统模型的检验与分析，构建与现实契合的模拟系统。通过系统的敏感性分析，对相关数据变量进行调整，确定系统内部敏感性因素对整个系统的作用情况。第五，结合分析结果提出政策建议。
（3）空间计量经济学。
空间计量经济学通过空间结构参数化方法能更准确地检验空间变量相互影响的关系、方向和强度。它跨越诸多经济领域，正逐渐被区域科学、经济学（特别是国际经济学和区域经济学）、地理学、政治科学领域等诸多学者广泛关注和运用。空间计量经济学旨在处理截面数据或面板数据中的空间效应、空间相关性与空间异质性，通过专业化的建模、估计及统计检验，得到接近真实情况的计量结果。如果区域的空间效应分析能发挥独特作用，就需要将空间效应放到空间计量的模型框架中进行考量，空间计量模型的经济意义在于，能探索个体变量产生的冲击如何传至相邻个体，并解释相关区域之间的作用关系。
区域创新能力是依托在区域创新系统各创新主体与创新要素相互结合的非线性复杂作用关系中表现出来的能力，因此系统分析的思维贯穿全文。区域创新能力涉及各个方面的内容，区域创新能力与经济增长关系的研究是一项复杂的系统工程。因此，本书从知识的创造、获取和转化、企业创新、创新环境以及创新绩效五个方面分析区域创新能力，从产业层面以及企业层面分析区域创新能力与经济增长之间的联动关系。
从时间和空间的维度针对区域创新能力对经济增长的影响进行研究，随着时间的推移，社会经济条件不断变化，其水平与结构呈现不同的空间格局。在研究二者关系时，我们既以2014年截面数据分析了目前的水平与结构的变化，同时又通过2000—2014年的时间序列数据来观察二者的水平与结构的变化趋势，进一步揭示西部区域创新能力对经济增长影响的特征规律性，寻找出内部存在的根本问题，提出解决途径和对策建议。