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自从电子计算机问世以来，信息系统经历了由单机到网络，由低级到高级，由电子数据处理到管理信息系统，再到决策支持系统，由数据处理到智能处理的过程。我们可以把管理信息系统的发展分为3个阶段。
（1）电子数据处理系统阶段：20世纪50年代至70年代初
1954年，美国通用电气公司开始应用计算机处理商业数据，标志着最原始的电子数据处理系统（Electronic Data Processing Systems，EDPS）的诞生。从发展阶段来看，电子数据处理系统阶段可分为单项数据处理和综合数据处理两个阶段。
①单项数据处理阶段（20世纪50年代中期至60年代中期）。这是电子数据处理系统的初级阶段，主要是用计算机部分地代替手工劳动，进行一些简单的单项数据处理工作，如计算工资、管理库存编制报表等。
②综合数据处理阶段（20世纪60年代中期至70年代初）。这一时期的计算机技术有了很大发展，出现了大容量直接存取的外存储器。此外，一台计算机能够带动若干终端，可以对多个过程的有关业务数据进行综合处理。这时，各类信息报告系统应运而生。
（2）管理信息系统阶段：20世纪70年代初至80年代初
20世纪70年代初，随着数据库技术、网络技术和科学管理方法的发展，计算机在管理上的应用日益广泛，管理信息系统逐渐成熟起来。
管理信息系统最大的特点是高度集中，能将组织中的数据和信息集中起来，进行快速处理，统一使用。有一个中心数据库和计算机网络系统是管理信息系统的重要标志。管理信息系统的处理方式是在数据库和网络基础上进行分布式处理。计算机网络和通信技术的发展不仅能把组织内部的各级管理联结起来，而且能够克服地理界限，把分散在不同地区的计算机网互联，形成跨地区的各种业务信息系统和管理信息系统。
管理信息系统的另一特点是利用定量化的科学管理方法，通过预测、计划、优化、管理、调节和控制等手段来支持决策。
（3）决策支持系统阶段：20世纪80年代初至今
西方管理信息系统的发展遇到了很大的挫折。人们发现，耗费大量投资建立起来的计算机系统并没有像人们所期望的那样，大大提高企业管理工作的效率，给企业带来可观的收益。为此，国际上展开了管理信息系统失败原因的讨论，人们认为，早期管理信息系统的失败并非由于系统不能提供信息。实际上，管理信息系统能够提供大量报告，但经理很少去看，大部分被丢进废纸堆，原因是这些信息并非经理决策所需。决策支持系统不同于传统的管理信息系统。早期的管理信息系统主要是为管理者提供预定的报告，而决策支持系统则是在人和计算机交互的过程中帮助决策者探索可能的方案，为管理者提供决策所需的信息。
互联网络和信息技术的高速发展，改变了企业的经营管理模式、做事的方法，以及人们的生活方式。管理信息系统总的发展趋势是系统应用网络化、开发平台标准化、业务流程自动化、应用系统集成化和系统运行智能化等。
（1）系统应用网络化
企业对互联网络的依赖像其对电力和电话的依赖。管理信息系统的网络化趋势及其重要性是十分明显的。如今成功的企业都依赖于其全球运作的能力，网络的应用和发展使企业的经济活动可以突破国界而成为全球活动。依靠管理信息系统的网络化的企业可以建立世界性销售网点、跨国公司，可以跟踪订货、运货、结算，参与世界市场的竞争。管理信息系统依托互联网向外部发展，已经出现了电子商务、电子政务、供应链信息系统、虚拟企业、网上交易谈判支持系统等许多新的概念。
管理信息系统的网络化为企业营销方式的发展提供了新的机遇。这表现在：企业对目标市场的确定将更加注重对网上信息的分析和利用；可以依靠网络发布商品信息，树立企业形象；可以运用网络和传统相结合的方法开展市场调研，为正确决策创造有利条件，可以打破时空界限搜索货源，利用网络公开招标等采购方法创造更多的贸易机会。
管理信息系统的网络化密切了上下游企业之间、企业和客户之间的关系，为企业与企业、企业与客户之间提供了更广泛的商业交流机会，促使企业管理由面向内部资源的管理转变为面向整个供应链的管理。
（2）开发平台标准化
计算机技术发展到今天，那种封闭的专有系统已走向消亡。基于浏览器/服务器的体系结构，支持标准网络通信协议，支持标准的数据库访问，支持XML的异构系统互联；实现应用系统独立于硬件平台、操作系统和数据库；实现系统的开放性、集成性、可扩展性、互操作性，这些已成为应用系统必须遵守的标准。
（3）业务流程自动化
传统ERP是一个面向功能的事务处理系统，它为业务人员提供了丰富的业务处理功能。但是每个业务处理都不是孤立的，它一定与其他部门、其他人、其他事务有关，这就构成了一个业务流程。传统ERP对这个业务流程缺乏有效的控制和管理，许多流程是由人工离线完成。工作流管理技术的是解决业务过程集成的重要手段，它与ERP或其他管理信息系统的集成，将实现业务流程的管理、控制和过程自动化，使企业领导与业务系统集成，实现企业业务流程的重构，所以工作流管理技术受到了人们的高度重视并得到快速的发展。
（4）系统运行智能化
随着人工智能技术的发展，以及数据仓库、数据挖掘技术，特别是大数据技术在管理信息系统中的应用，管理信息系统必将向着智能化方向发展。智能化的管理信息系统具有思维模拟活动，它具有很高的自学习、自组织和进化性，并具有知识创新功能，可以解决非结构化事务，在决策中处于主导地位，是人们行动的向导；在体系上将是大规模分布式计算模式，以基于网络神经元构件的智能网为主。智能化一直是管理信息系统的目标，管理信息系统的发展将以主动性、自适应性、自组织性、柔性为特征，建立更有利、多样化的管理信息系统模型。