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管理信息系统可以从系统使用的技术手段、信息处理方式和信息服务对象3个方面进行分类。
管理信息系统的概念内涵广泛，可以从不同的角度分为很多类别。例如，依据系统的功能和服务对象的不同，可以将管理信息系统分为国家经济信息系统、企业管理信息系统、事务型管理信息系统、办公型管理信息系统、专业型管理信息系统；依据其服务范围可以分为组织内管理信息系统和组织间管理信息系统等。在企业中，管理信息系统的应用可以按照纵向管理层次和横向组织功能进行分类。
管理信息系统是为了完成企业的组织管理和业务运行的信息需求而设立的。由于信息具有用户依赖性，根据企业纵向管理层次对信息的需求不同，管理信息系统可以分为事务处理系统、知识管理系统、办公自动化、管理信息系统、决策支持系统、经理信息系统6种类型。
（1）事务处理系统
事务处理系统（Transaction Processing System，TPS）是组织内最基本和最常用的一种信息系统。每个企业都有大量重复性的信息处理工作需要完成，如以下几种企业活动：
①财务处每月都要进行工资结算。
②销售部每天都进行订单登记。
③材料进出仓库时，保管员要进行入库/出库登记。
④客户购买了商品，销售部要开具发票。
以上这些活动称为事务活动。事务是指组织的基本业务活动。事务处理系统是指负责记录、处理并报告组织中重复性的日常活动，记录和更新企业业务数据的信息系统。它是为组织作业层服务的基本信息系统，也是信息系统早期在组织中的应用形式。事务处理系统获取、处理和存储由事务产生或者与事务相关的数据，以及企业例行活动的各种文档。企业例行活动的各种文档事务处理系统是一种面向数据的系统，其输出的数据如果不进一步加工，则不一定会形成对管理有用的信息。事务处理系统的特点如下。
①事务处理系统支持的是每日的运作，面对的用户多，处理的事务重复性强，处理的数据量大。
②处理的数据详细，精度要求高，但是逻辑关系简单，规律性和结构化程度高。
③事务处理系统处理的信息多半来自企业内部的信息源。
④服务对象主要是组织的作业层。
事务处理系统的服务目标是实现事务处理的自动化，提高组织处理事务的工作效率和工作质量，提高客户的满意度。企业通常能够从中获得以下几个方面的收益。
①提高准确度。在人工的事务处理系统中，多由员工检查事务处理系统产生的文档和报告。由于人难免犯错误，因此经常需要消耗时间、精力和资源来加以修正。而采用计算机技术的事务处理系统经过运行的检验，一般不会出错。
②提高处理速度，及时生成文档和报告。人工的事务处理系统要花几天的时间才能生成事务报告，而采用计算机技术的事务处理系统则能够在几秒钟内完成。
③提高劳动效率。需要大量人力才能完成的事务工作，采用事务处理系统后需要的人力减少，成本降低。
④改善服务水平。事务处理系统可以帮助企业记录、处理和跟踪许多细节信息，更好地满足客户对产品和服务的要求。
⑤提供辅助决策的数据。事务处理系统产生的数据不仅反映了组织的基本活动，也为制订企业战术和战略决策提供所需参考的原始资料。
（2）知识管理系统
随着信息时代的到来，企业中出现了专门的知识层。知识层员工由知识员工和数据员工组成，他们是信息和信息技术的使用者，负责帮助组织把知识运用到管理或经营中去。知识员工是指能够创造新知识和信息的人，如工程师、程序员、科学家等专业人员，以及高级经理、部门主管等从事管理创新的人员。
知识管理系统（KnowledgeManagement System，KMS）是收集、处理、分享一个组织的全部知识的信息系统，它利用软件系统或其他工具，对组织中大量的有价值的方案、策划、成果、经验等知识进行分类存储和管理，积累知识资产避免流失，促进知识的学习、共享、培训、再利用和创新，有效降低组织运营成本，强化其核心竞争力。KMS是一种能利用专业领域的知识对来自企业内外部的信息进行高效处理的信息系统。
（3）办公自动化
知识层的另一部分工作人员是数据员工，如秘书等，一般只处理而不创造信息。其主要工作是使用、处理和传播信息。办公自动化（Office Automation，OA）是将现代化办公和计算机技术结合起来的一种新型的办公方式。它是基于工作流的概念，以计算机为中心，采用一系列现代化的办公设备和先进的通信技术，广泛、全面、迅速地收集、整理、加工、存储和使用信息，使企业内部人员方便、快捷地共享信息，高效地协同工作，改变过去复杂、低效的手工办公方式，为科学管理和决策服务，从而达到提高行政效率的目的。OA的运行过程是将企业的行政文档进行存储、分类、检索，作为企业管理人员进行日程安排及企业人员行政沟通的一种先进的工具。
（4）管理信息系统
中层管理者在其工作中常常会遇到以下的问题。
①某类产品的市场占有率是多少？哪些商品畅销？
②企业本期收支情况与前一年的收支情况相比有何差异？
③本月订单的完成情况如何？
④当前企业员工年龄结构的分布情况如何？
借助管理信息系统（MIS）、中层管者可以轻松地得到答案，从而做出战术决策。狭义的管理信息系统是指那些能够从组织内部和外部收集数据，并对其进行加工处理，形成有用的信息，以预先设定的形式提供给以中层管理者为主的各级管理者使用的信息系统。在信息系统的应用体系结构中，狭义管理信息系统起着连接事务处理系统、决策支持系统和经理信息系统的作用。它通过对事务信息的汇总和分析，向管理者提供定期和预先设定的报告、报表和查询服务、支持管理者（以中层管理者为主）高效地组织、计划和控制企业的运行。
组织的战略目标是通过管理层的战术运作来实现的。管理信息系统的服务对象是组织的中层管理者。管理信息系统帮助中层管理者进行资源的分配、计划的制订和调整，使他们能够深入观察组织的日常运行状况，将现有运行结果与预定的目标进行对比，确定问题所在，寻找改善的途径和机会，从而有效地控制组织的运行。管理信息系统的有效运行能够对组织（企业）的成本、利润、客户服务、产品创新等方面产生积极的影响，帮助组织取得竞争优势。
（5）决策支持系统
组织运作过程中常常会遇到许多决策问题，下面所列为示例。
①企业采购原材料时应该选择哪家供应商？
②如何确定合理的库存量？
③如何选择最佳的运输路径？
④连锁门店选在什么位置比较合适？
人们常常把解决以上问题的过程称为决策过程。在管理活动中，管理者经常需要对以上问题做出决策。管理者虽然可以通过管理信息系统获得经过分类、比较、汇总和简单计算的信息，但这些信息对制订特殊问题决策的支持力度是不够的，以至于只能靠直觉、经验进行决策。为了满足解决复杂决策问题的要求，决策支持系统（Decision Support System，DSS）应运而生。决策支持系统的概念经过无数次扩充，成为一个融计算机技术、信息技术、人工智能、管理科学、决策科学、心理学、组织行为学等学科与技术于一体的技术集成系统。
决策支持系统与管理信息系统有很大的差别，主要表现在以下4个方面。
①管理信息系统面向组织的中层管理者，处理的是结构化决策；决策支持系统主要面向组织的高层和中层管理者。例如，结账管理信息系统从应收账款数据库中把过期未付的客户账单生成周报交给主管财务的经理，由其自行分析；而决策支持系统则通过“WhatIf”模型来决定这些未付的客户账单对现金流量、总收入、整体利润水平的影响，把模型分析的结果交给主管财务的经理。此外，决策支持系统也支持作业层的决策。例如，运输公司车辆优化调度决策支持系统、集装箱配载优化决策支持系统可以帮助调度员和配载工人决定车辆行驶路线和集装箱。
②管理信息系统提供的报表和信息大多用于控制组织整体的运行，决策支持系统则支持个人、群体或整个组织的问题解答。决策支持系统可以支持特定的管理者做出特定的决策，从而解决特定的问题。例如，车辆优化调度决策支持系统可以帮助调度员安排车辆并确定最佳运输路线。
③管理信息系统主要采用数据驱动的分析技术确定信息需求，完成例行事务的信息分析；决策支持系统则根据决策问题确定并做出决策过程中要使用的分析模型和决策信息，主要采用模型驱动和人工智能等方法，使用图形输出。
④决策支持系统强调以交互方式允许终端用户控制数据、选择模型和对话。决策者针对同一个问题可以选取不同的模型，由此产生多个可供选择的行动方案。由此可见，决策支持系统的运行是由它的用户控制的。而管理信息系统主要是基于固定的信息需求，由系统开发人员按需求编程，用户最终获得的信息取决于这些程序的预定功能。
（6）经理信息系统
企业战略层由组织的高层管理者或资深管理者构成，他们负责确定组织的目标和发展方向，制订实现该目标的长远策略。经理信息系统（Executive Information System，EIS）也称主管信息系统，是服务于组织的高层管理者的一类特殊的信息系统。EIS能够使经理们得到更快更广泛的信息，能够迅速、方便、直观（用图形）地提供综合信息，并可以预警与控制“成功关键因素”遇到的问题。EIS还是一个“人际沟通系统”，经理们可以通过网络下达命令，提出行动要求，与其他管理者讨论、协商，确定工作分配，进行工作控制和验收等。EIS主要提供高层决策者进行决策时需要的内外部信息的综合，通过一定的图形工具或分析工具将内外部信息以直观、清晰、综合的方式表现出来，便于高层决策者理解。
组织根据功能在横向上可以分为不同的部门来实现组织目标。管理信息系统为了满足各组织部门的信息需求，专门设计了相应的具有专门功能的管理信息系统。对最常见的制造企业来说，管理信息系统在组织横向上可以分为销售管理信息系统、生产管理信息系统、采购管理信息系统、财务管理信息系统、人力资源管理信息系统等。
（1）销售管理信息系统
销售管理信息系统通常包括产品的销售、推销及售后服务的全部活动，是一个用来辅助企业销售活动、销售管理和销售决策的工具。管理销售信息系统的主要功能有管理销售信息、控制销售活动、处理销售业务、确定销售方针、分析销售环境及效果、规划销售策略、制作报表、制订预算等。
（2）生产管理信息系统
生产管理信息系统的主要功能是满足组织生产部门的各项活动，包括产品的设计与制造、生产设备计划、生产工人录用与培训、质量控制等。通过生产管理信息系统，管理者能够随时了解生产情况、库存情况，自动生成生产配料单，跟踪整个生产过程，科学管理生产物料，同时还可以帮助企业管理者有效控制生产成本，及时了解产品产量及库存的业务细节，发现存在的问题，避免库存积压，做出快速的市场反应。
（3）采购管理信息系统
采购管理信息系统是综合采购申请、采购订货、进料检验、仓库收料、采购退货、购货发票处理、供应商管理、价格及供货信息管理、订单管理及质量检验管理等功能的管理系统，对采购物流和资金流的全部过程进行有效的双向控制和跟踪，实现完善的企业物资供应信息管理。
（4）财务管理信息系统
财务管理信息系统分为企业财务和决策两个层次。企业财务以总账系统为核心，包括总账、应收应付、现金管理、项目管理、工资管理和固定资产管理等模块，为企业的会计核算和财务管理工作提供了全面、详细的解决方案。决策功能是利用信息技术，结合财务管理方法、管理理论，以计算机及网络为工具，建立各种预测、决策、预算与控制及分析模型，如财务预算、营运资金管理和控制、投资决策分析、筹资决策分析、销售和利润预测与管理、成本计算和控制、财务分析等。
（5）人力资源管理信息系统
人力资源管理信息系统是管理信息系统在人力资源管理部门的应用。人力资源部门借助人力资源管理系统，可实施电子化人力资源管理，如招聘、培训、使用、考核、评价、激励、调整等。