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我国是世界畜禽生产和消费的第一大国，每年出栏生猪近7亿头，约占世界生猪总产量的1/2；活禽生产每年100多亿羽，约占世界养禽总量的1/3。然而，我国的养殖效益却低于世界平均水平，究其原因，疫病是其最主要的制约因素。我国每年因动物疫病造成的直接经济损失超过400亿元，间接经济损失高达3000亿元。2005年的禽流感、2006年的无名高热（高致病性蓝耳病）以及自2018年8月起，我国多地相继暴发的非洲猪瘟，不仅给我国的养殖业带来了巨大的灾难，而且口蹄疫、布鲁氏杆菌病、高致病性禽流感、非洲猪瘟等烈性畜禽传染病的暴发，还对我国社会稳定和国家安全带来重大冲击。动物源性人畜共患病与畜禽重大疫病严重威胁食品安全。世界卫生组织（WHO）统计资料表明，70%的动物疫病可以传染给人类，75%的人类新发传染病来源于动物或动物源性食品。目前已经证实的人畜共患传染病有200多种，其中大多数由家畜、驯养动物、宠物和野生动物传染给人类。而且，畜禽养殖和疫病防控过程中抗生素的滥用，造成兽药残留问题日趋严重，直接威胁食品安全。因此，提高畜禽疫病防控水平，有效防控疫病的发生与流行，保障畜禽群体健康，减少疫病造成的危害与损失，是养殖业产业升级和国家创新发展的需要。同时，疫病暴发导致的大量动物死亡给生态环境造成极大危害。2013年黄浦江“漂猪”事件，首次将病死动物带来的环境问题推到舆论焦点，近年来我国先后发生高致病性禽流感、非洲猪瘟等，这些被扑杀的动物尸体处理也会给生态环境安全带来重大隐患。因此，提高畜禽疫病防控水平，提高成活率和养殖效益，已成为我国养殖业发展过程中最为迫切的需求。
由于我国养殖规模和养殖量巨大，而养殖规模和养殖水平参差不齐，小规模分散养殖普遍，集约化、规模化和专业化水平低，养殖技术和疫病诊断及防控缺乏，疫病防控观念和技术落后，再加上我国畜禽疫病种类繁多，流行复杂，危害严重，畜禽疫病防控面临诸多挑战。
1．从单一的传染病转为多种传染病混合感染
病毒病、寄生虫病和细菌病多重混合感染。例如，猪流感和弓形体并发、蓝耳病和圆环病毒混合感染、流行性腹泻和传染性胃肠炎混感、蓝耳病和副猪伴发或继发、附红细胞体病和链球菌病并发等；鸡新城疫和大肠埃希菌混感、新城疫和传染性支气管炎以及支原体并发、大肠埃希菌和支原体以及安卡拉并发、败血支原体和滑液支原体混感、肉鸡球虫和梭菌混感等；狐貉等经济动物细小病毒和冠状病毒混感；犊牛冠状病毒和轮状病毒甚至和大肠埃希菌、贾第鞭毛虫混感等。多种病原的混感或并发使疫病的诊断和防控更加困难。
2．老病未净化，新病又传入
家禽的新城疫、传染性支气管炎、大肠埃希菌病、传染性法氏囊病、慢性呼吸道病等老病依然存在，仍然是养禽业中最常见最多发疾病。然而2005年H5N1禽流感、2010年血管瘤、2015年安卡拉、2017年H7N9给养禽业造成了巨大的损失；猪瘟虽然有100多年的历史，但仍然是临床上常见多发病，2006年猪群中发生的“无名高热”（高致病性蓝耳病）、2018年的非洲猪瘟更是给养猪业带来了毁灭性灾难。此外，近5年来，圆环三型病毒、急性腹泻综合征病毒、塞内加病毒、非典型瘟病毒（抖抖病）在我国自南向北猪群中陆续发生和流行，而这些病还没有疫苗可用。牛羊猪的A型口蹄疫、羊的小反刍兽疫和布鲁氏杆菌病、2019年8月10日，我国首次在新疆伊犁哈萨克自治州确诊发生牛结节性皮肤病等都给我国畜禽养殖造成巨大的威胁。《国家中长期动物疫病防治规划（2012—2020年）》列出了重点防范的13种外来疫病，已经有4种疫病（小反刍兽疫、非洲猪瘟、H7亚型禽流感、西尼罗河病毒）传入我国。因此，如何将已传入国境的外来动物疫病切实控制和有效根除，以及将可能传入的外来动物疫病有效阻挡于国门之外，是我国畜禽疫病防控长期面临的挑战。
3．变异毒株的出现，造成疫苗的免疫失败
在持续免疫和环境压力下，病原不断发生变异，导致新毒株或新亚型的出现，这不仅会增强原有病原的毒力和致病力，而且还造成现有疫苗的免疫效果不佳或保护效率显著下降，甚至是免疫失败。例如，猪的蓝耳病、伪狂犬，鸡的新城疫、禽流感、传染性支气管炎等，尽管很多养殖户频繁免疫，但效果一直不理想，甚至暴发，就是毒株变异的结果。