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人群常用碘营养状态评估指标有4个：尿碘浓度（UIC）、血清甲状腺球蛋白（Tg）水平、甲状腺肿患病率、血清TSH和甲状腺激素水平。这些指标是互补的，UIC是近期碘营养状态的敏感指标，反映几天内碘营养水平；Tg反映的是近几周至几个月的水平；甲状腺肿患病率是反映数月至数年碘营养状态的长期指标；血清TSH更适用于评估新生儿碘营养状态。各指标在实际应用中均有其优缺点（优缺点对比见表6-1），目前仍以人群甲肿率和尿碘中位数作为衡量人群病情和碘营养水平的主要指标。目前尚无明确衡量个体碘营养的指标，24h尿碘可作为参考指标，血碘是否能代表个体的碘营养水平，尚待进一步研究。
表6-1 人群碘缺乏病病情和碘营养状态各项指标的优缺点
人体摄入的碘超过90%通过尿液排出，因此尿碘浓度是反映近期碘营养状态的很好的指标，可以以24h尿碘（μg/d）、尿碘浓度（μg/L）和尿碘/肌酐比（微克碘/克肌酐）来表示。流行病学调查时，采集个体单次尿碘，以样本的尿碘中位数来代表目标人群的尿碘水平。个体化程度的差异在大样本中被很好地均衡掉，因此尿碘中位数与24h尿碘有很好的一致性。在我国的碘缺乏病病情监测过程中，抽样方法是每个省份按人口比例概率抽样法抽取30个抽样单位，再以单纯随机抽样法抽取一个乡镇小学，从这所小学抽取40名8～10岁学龄儿童，以这1200名学龄儿童的尿碘中位数代表该省的尿碘中位数。尿碘中位数还可以用来推导日常碘摄入量，推导公式如下：
碘摄入量=UIC（μg/L）×0.0235×体重（kg）
根据这个公式可推算得，尿碘中位数100μg/L的成年人群体，每天平均碘摄入量约150μg。
虽然尿碘浓度是反映人群碘营养状态的良好指标，但是由于受每天碘摄入量影响，在同一个体同日多次采样依然具有较大的变异性 [38] 。经估算，个体碘营养状态的测定要达到20%的精确度，就需要分别从10个不同时点采样检测。因此以单次尿碘低于100μg/L即判断一个个体碘缺乏是不科学的，因为碘营养状态充足的个体，也不可避免受某日饮食影响而尿碘中位数降低。虽然尿碘水平和甲状腺疾病没有直接相关性，但过低或过高的碘营养水平都会增加甲状腺疾病的发病风险。
Tg仅在甲状腺内合成，是甲状腺内含量最多的蛋白。甲状腺受TSH刺激增生，释放到血清中的Tg也随之升高。血清Tg和尿碘浓度在评估碘缺乏时一致性很好。碘油补碘和碘化钾补碘的干预实验发现，补碘后血清Tg浓度迅速下降，说明在观察补碘有效性时，Tg是比TSH和T 4 更加敏感的指标。传统测量Tg的方法需要依赖血清检测，但是碘营养调查常需要在边远地区进行，静脉采血、离心和样品冷冻的难度都较大。最近采用的指尖血干血斑检测Tg的方法，极大地简化了采集和运输过程。前瞻性研究发现干血斑检测Tg是评估碘营养状态的敏感指标，能够很好地反映补碘数月后甲状腺功能的恢复程度 [39-40] 。但在检测Tg时仍有几个问题需要注意：①Tg可以与TgAb结合，结合后的Tg可能不会被检出，因此在检测Tg时需要加测TgAb，以免TgAb对检测结果造成干扰，使测量值低于实际值。②目前检测Tg的方法还存在较大的批间差，重复性较差，因此尚未建立诊断碘缺乏的参考范围和切点值。③最近，碘全球协作组织（Iodine Global Network, IGN）为使用干血斑测量Tg建立了国际参考指标：4～40μg/L。干血斑检测Tg和这个新的参考范围已经应用于丹麦一项轻中度碘缺乏地区补碘项目中作为评价补碘效果的指标，研究发现补碘后高Tg（＞40μg/L）的比例由11.3%降至3.7%。
诊断甲状腺肿的方法包括两种：颈部视诊和触诊、甲状腺超声。甲状腺肿患病率的数据在学龄儿童很容易获取，但在轻度碘缺乏地区，甲状腺触诊的敏感性和特异性都较低，因此轻度碘缺乏地区适合用超声法检测。甲状腺超声无创、快捷、易于运输，不受边远地区限制。利用超声诊断甲状腺肿的标准，需要碘充足地区不同年龄段儿童作为参照。一项多中心研究纳入来自3592名五大洲碘充足地区6～12岁儿童，计算了年龄和体表面积特异性的甲状腺体积97.5%可信区间 [41] 。但是超声诊断甲状腺肿的标准只有在同一套操作标准下才适用，在很大程度上依赖于操作者的判断和经验，不同操作者测量的甲状腺体积变异度约26%。
在有碘缺乏病史的地区，补碘后甲状腺体积有所下降，但是可能碘缺乏纠正后数月或数年也无法达到正常甲状腺体积。在这段过渡期，甲状腺肿的患病率不宜作为碘营养状态的评价指标，因为既反映历史碘营养又混杂了当前碘营养状态。碘缺乏地区学龄儿童早期的甲状腺肿大，在补碘后可能也无法完全恢复。长期的食盐加碘项目可以将甲状腺肿患病率控制在5%以下，这也是评价是否成功消除碘缺乏病的一个重要指标。
TSH是反映碘营养状态的间接指标，因为循环甲状腺激素水平受碘的影响，而TSH受到甲状腺激素的负反馈调节。但是在大儿童和成人中，虽然TSH水平受碘缺乏的影响有不同程度的升高，但是可以维持在正常范围内，因此TSH水平升高是判断新生儿碘营养状态的敏感指标，但并不能敏感检测成年人的碘缺乏。另外，在用血清TSH评价新生儿碘营养状态，采血时间应在产后至少48h，以避开新生儿生理性的TSH分泌峰值。新生儿TSH筛查是发现新生儿碘缺乏和评估母体妊娠晚期碘营养状态的良好指标。在许多国家，新生儿常规检测TSH筛查先天性甲状腺功能减退，同时也提供了碘营养状态的信息。新生儿甲状腺碘储备较少，但是碘的利用率和转化率很高，因此在碘缺乏时，甲状腺利用碘的需求增加，刺激TSH分泌，在新生儿出生后几周内，能够敏感地反映碘营养状态。瑞典分析全国数据后，认为将新生儿出生后3～4d TSH大于5μU/L的比例小于3%作为判定该地区人群碘充足的依据，但利用TSH判断新生儿碘营养状态的切点值的建立尚缺乏确切证据支持。同样，对于碘缺乏的评估，除非在重度碘缺乏导致甲状腺功能减退的情况下，甲状腺激素水平不宜作为判断碘营养的指标。在轻中度碘缺乏地区，血清T 3 水平增加或保持不变、T 4 水平降低，但改变在正常参考范围内，且与碘充足地区人群差异不大。