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正常人甲状腺存在一定的变异，其中以出现锥状叶（Pyramidal Lobe）最为常见。锥状叶是一个附属叶，附着在甲状腺峡部的上部，向上方如指状突出，约15%的人有锥状叶。锥状叶来源于甲状舌管退化的缺陷，甲状舌管尾部被保留下来并继续生长 [2] 。锥状叶通常在正中线侧方，以左侧更为多见。甲状腺功能亢进症患者行甲状腺切除术后，锥状叶可显著增大，并可被触及。
其他的变异与导管萎缩的缺陷有关。一些情况下，整个甲状舌管成为连接舌盲孔和喉的上皮索。另一些情况下，残余的导管沿着下降的导管形成单个或多个囊肿。残留的甲状舌管还可以分化为甲状腺组织和甲状腺副叶。甲状腺副叶的存在就是异常的，还有一种发育缺陷会形成异位性甲状腺。另一个常见的解剖变异（5%的人存在）是甲状腺没有发育完整 [2] ，包括峡部的缺失或侧叶的缺失，常见于左下叶的缺失。