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魏江（2004）梳理过“创新系统”概念的形成过程。这个概念最初被应用在国家层次上，也即国家创新系统，代表人物有弗里曼（Freeman, 1987）、伦德瓦尔（Lundvall, 1992）、纳尔逊（Nelson, 1993）等。20世纪90年代中期出现了区域创新系统、产业创新系统等概念。到了21世纪，理论界和政策界把“生态系统”引入创新系统，如2004年，美国总统科技顾问委员会发表了题为《持续的国家创新生态、信息技术制造与竞争力》的报告，正式提出“创新生态系统”的概念，将国家、区域、产业创新系统提升到了与环境互动的生态层次，为美国科技政策制定提供指导。“企业创新系统”这个概念是20世纪末由中国学者提出来的，诸如许庆瑞（1997）把企业创新看成一个内部与外部交互的系统。
在数字经济出现之前，不管是什么层次的创新系统，其基本前提是把企业看成整个系统的节点，而且各个系统节点是同质的。创新系统有效运转，需要在机制上遵循三大逻辑：一是制度压力逻辑，节点企业之间对国家和区域的法律法规强制服从。二是社群遵从逻辑，比如通过行业协会、社区公约来协调节点的行为。三是交易契约逻辑，节点之间的链接通过市场交易机制来完成，由交易契约来保证。按照这三大机制来完成的合作都需要很高的制度成本或者交易成本，因为国家和区域的制度压力强制会出现制度失灵，要建立相对完备的制度需要巨大的治理成本。若是通过交易机制来协同，则各个节点出于各自利益最大化的考量，难以紧耦合而主要是松散耦合，进而就出现了市场失灵。我们注意到，各级政府为了推动产业创新系统、区域创新系统建设，把政府自身作为生态系统的构建者，通过自上而下的政府行为来建产业园区、开发区，再通过行业协会、企业家协会的软约束来发挥互补效应，形成系统内部创新协同，但最后的结果并不是最有效的。
对创新系统中的节点企业来说，它们主动或被动地嵌入区域或产业创新系统，需要遵循以上三大逻辑去实现外部合作成本和内部控制成本的最小化，最终就会选择明确的组织边界、固定的组织形态、稳定的科层组织结构和标准的绩效体系。所以，无论是国家创新系统、区域创新系统还是产业创新系统，企业都是相对独立的原子式结构，企业内部通过自上而下的科层组织结构进行设计与管理，组织与个体之间是命令式的关系，个体需要服从组织的安排，贯彻组织的意志。企业与企业之间或者基于契约建立合作关系，或者面向同一市场形成竞争关系，最终都要接受市场的检验。
到了数字经济时代，随着平台型组织、生态型组织的出现，出现了数字化治理，恰好可以弥补制度失灵、市场失灵的不足。由于数字技术的发展，平台组织内出现了领导者与互补者两类不同角色的参与者，平台领导者利用数字化技术，对平台组织内层层嵌套的结构进行高效治理，每层平台中都有强有力的平台主对各自子平台参与者进行分层治理，这样就改变了原先单一的原子式结构，形成了类似自然界中生态系统的治理形式。
大家熟知的阿里巴巴、腾讯、小米、海尔、苹果、亚马逊、百度、抖音等，就是典型的平台领导者主导的生态系统形态。这些系统通过平台领导者的强大赋能能力，把成千上万的参与者协同起来。同时，所有参与者都具有同一平台企业的“标签”，他们为了实现创新目标，不管是主动还是被动地接受平台主的统一治理，形成了由平台领导者——焦点企业为核心治理主体、各类参与者集体行动而构成的系统。这样的系统因为被焦点企业标签化，往往以焦点企业命名成为一个生态系统，例如，以阿里巴巴的淘宝为焦点企业的创新生态系统、以钉钉为焦点企业的创新生态系统、以小米为焦点企业的创新生态系统、以海尔为焦点企业的创新生态系统等，本书就以焦点企业来命名创新生态系统，即淘宝创新生态系统、钉钉创新生态系统、小米创新生态系统、海尔创新生态系统。
那么，在数字经济时代为什么会出现企业创新生态系统？我们借用生产力和生产关系之间的关系逻辑来思考。简单地说，就是信息技术、数字技术的发展，改变了创新组织的形式，逐渐瓦解了科层组织结构的优势，使企业组织的边界变得模糊，进而改变了组织内部个体之间、个体与组织之间、组织与组织之间的关系、结构和行为等。在数字技术广泛普及之前，在传统科层组织结构内，企业内部创新协同需要很高的内部协调和控制成本，与外部协同创新则需要很高的市场化协同成本。波特在“战略与互联网”一文中指出，由于数字技术发展，外部协调成本和内部控制成本都下降了，导致组织规模的扩大。越来越多的企业为获取技术能力和竞争优势所需的资源，尝试进一步打开组织边界，推动与其他各类组织、个体的深度创新合作，发展出类似自然界生态系统的协同共生关系（梅亮等，2014）。
魏江、刘洋等（2021）在《数字创新》一书中提出，企业创新生态系统之所以逐步形成，是企业追求创新效率和效果的自然选择。由于数字技术基础的快速发展，平台企业依靠和参与者无边界合作，可以加快创新速度、降低创新成本、实现与客户的无缝交互，快速获取组织的竞争能力。从数字生态的产业形态来看，从过去的销售互联网、社交互联网到产业互联网、工业互联网，各种创新生态系统不断被建立和发展。我国正在大力鼓励的数字产业化发展、产业数字化发展，都在驱动制造企业、服务企业通过构建创新生态系统来实现转型。我们把创新生态系统的形成过程，概括为创新主体虚拟化、创新要素数字化和创新过程动态化：
● 创新主体虚拟化，是指创新生态系统中的主导者和参与者在线上实现交互，个体和组织两类创新主体之间的合作创新呈现多样性、可塑性、虚拟化趋势。
● 创新要素数字化，是指通过大数据、云计算、人工智能、区块链等技术，改变了人流、物流、知识流、资金流和信息流，推动创新要素流动方向和流动速度的革命性变化，为企业创新提供全新的边界条件。
● 创新过程动态化，是指通过人机交互和深度学习，为平台组织和网络组织的创新协同从线性过程演化为非线性过程，为创新合作者之间的创意交互、流程重构、商业共创提供了无边界的巨大空间。
以海尔2013年上线的HOPE（Haier Open Partnership Ecosystem）创新平台为例，海尔通过这个系统平台，把线上技术需求、技术交易和技术共享与线下研发结合起来，依托虚拟网络和现实网络的孪生空间，构建并发展海尔创新生态系统。海尔的COSMO平台，凭借生态系统的无边界性和快速延展性发展迅速，为系统内部和外部数万个参与主体提供创新服务，孵化出20余个估值过亿元的小微企业。再如，小米2013年开始以投资孵化驱动的方式，依靠小米的供应链和渠道优势在各产业培育生态参与者，通过“竹林效应”构建了以小米为核心的小米生态链等。在这种跨越组织边界的企业创新生态系统内，平台领导者周边围聚百万级、千万级规模的各类行业的中小微企业，一家大型企业就是一个相对完善的市场和颇具规模的产业，引得各个行业的领先者争相效仿。