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那么，最重要的短语——句子，又是怎样的情形呢？如果说名词短语是以名词为中心的短语，动词短语是以动词为中心的短语，那么句子的中心是什么呢？
评论家玛丽·麦卡锡（Mary McCarthy）曾经这样抨击她的对手莉莲·海尔曼（Lillian Hellman）：“她写的每一个字都是谎言，包括‘and’和‘the’。”这句话之所以带有侮辱性质，是因为句子才是可供判断真伪的最小单位，仅仅一个单词是无所谓真伪对错的（麦卡锡也正是借此表明，海尔曼的欺骗性超出了人们的想象）。一个句子所表达的意思，显然并非仅仅表现于它的名词和动词之中，而是涵盖了整个排列结构，并将其转化为一个或真或伪的命题。例如一个表现乐观想法的句子：“The Red Sox will win the World Series”（红袜队将赢得职业棒球大赛），其中的单词“will”既不是单指“红袜队”，也不是单指“职业棒球大赛”或者“赢得”，它指的是“红袜队赢得职业棒球大赛”这一整体概念。这个概念没有时间上的限定，因此它并不可靠。它既可以指代过去的辉煌，也可以表示对未来的假设，甚至仅仅是陈述一件逻辑上有可能但实际却永远不会发生的事。但单词“will”为这个概念定下了时间坐标，将事实发生的时间定位于句子说出之后。因此，如果我说“The Red Sox will win the World Series”，我的结论也许对，也许错，不过就实际战绩而言，错的可能性更大一些。
“will”是一个典型的助动词，它用来表示与说话者所述命题的真实性有关的意义层面，这类层面还包括否定（如“won’t”和“doesn’t”）、必要性（如“must”）和可能性（如“might”和“can”）。助动词一般出现在树形图的外围，这反映出它们是对句子其余部分的整体判断。助动词是句子的中心语，就像名词是名词短语的中心语一样。由于助动词又被称为“INFL”（“inflection”的缩写），因此我们可以将句子称为IP（即助动词短语）。它的主语位置是为整个句子的主语而设的，这表明，一个句子其实就是一个论断，即句子的谓语（即动词短语）符合对句子主语的描述。以下是句子树形图的大致结构，它依据的是乔姆斯基的最新理论：
助动词属于典型的“功能词”（function word），它是一种与名词、动词、形容词等“实词”不同的词类。功能词包括冠词（“the”“a”“some”）、代词（“he”“she”）、领属标记“’s”、无义介词“of”、用以引入补足成分的“to”和“that”，以及“and”“or”等连词。功能词是一些小型的语法构件，用以将更大的短语装配成合适的名词短语、动词短语和形容词短语，从而为句子的建构提供材料。因此，心智对待功能词的态度与实词不同。人们不断地往自己的语言中添加新的实词，例如名词“fax”（传真机）以及动词“snarf”（窃取计算机文件），但功能词却壁垒森严，它们并不欢迎新的成员。这就是为什么想在英语中添加一个性别中立的代词“hesh”或“thon”的努力都以失败告终的原因。记得我在前面说过，由于大脑语言区域的损害，有些患者无法正确使用功能词“or”或“be”，却可以自如地运用实词“oar”和“bee”。在“一字千金”的情况下，例如撰写电报或新闻标题，作者常常将功能词省去，期待读者能够根据实词的顺序自行填补。但是，由于功能词是句子短语结构最为可靠的线索，因此电报式语言不可避免地沦为一场猜谜游戏。曾经有位记者向加里·格兰特（Cary Grant）发了这样一封电报：“How old Cary Grant?”（加里·格兰特多少岁？——又可理解为：老加里·格兰特过得怎么样？）格兰特的答复是：“Old Cary Grant fine.”（老加里·格兰特很好。）以下新闻标题出自《警方救护被狗咬伤的受害者》（ Squad Helps Dog Bite Victim ）一书，它由《哥伦比亚新闻评论》（ Columbia Journalism Review ）的编辑收集而成。
New Housing for Elderly Not Yet Dead
新建老年住宅的提议尚未失效。——又可理解为：为仍健在的老人提供的新居。
New Missouri U. Chancellor Expects Little Sex
密苏里州州立大学新校长希望杜绝校园性行为。——又可理解为：密苏里州州立大学新校长希望孩子们发生少许性行为。
12 on Their Way to Cruise Among Dead in Plane Crash
12人在旅游途中遭遇空难身亡。——又可理解为：12人准备去空难死者中间旅游。
N.J. Judge to Rule on Nude Beach
新泽西州法官对裸体海滩作出裁决。——又可理解为：新泽西州法官在裸体海滩上做出裁决。
Chou Remains Cremated
周的遗体已经火化。——又可理解为：周仍然处于火化之中。
Chinese Apeman Dated
中国猿人的年代已经确定。——又可理解为：中国猿人进行约会。
Hershey Bars Protest
赫尔希禁止抗议。——又可理解为：好时牌巧克力棒提出抗议。
Reagan Wins on Budget, But More Lies Ahead
里根赢得预算，但将来的预算会越来越多。——又可理解为：里根赢得预算，但将会面对更多的谎言。
Deer Kill 130 000
杀死13万只鹿。——又可理解为：鹿杀死了13万人。
Complaints About NBA Referees Growing Ugly
人们对NBA裁判的抱怨越来越难听。——又可理解为：人们抱怨NBA裁判越来越丑。
功能词的运用也反映出各种语言之间在语法上的一些差别。虽然所有语言都拥有功能词，但它们的属性却各不相同，因而对相关语言的结构特征产生了重大影响。我们前面提到过一个例子：拉丁语中的显格和一致性标记使得名词短语的位置可以随意调换，而英语中的无形之格则迫使名词短语各安其位，不可妄动。功能词决定了一门语言的语法外观与风格。就像下面的文字，它们没有一个实词，全由功能词构成：
DER JAMMERWOCH
Es brillig war. Die schlichte Toven
Wirrten und wimmelten in Waben.
LE JASEROQUE
Il brilgue: les tôves lubricilleux
Se gyrent en vrillant dans la guave.
我们还可以从一些趣味文章中领略功能词的影响，它们由一种语言的功能词和另一种语言的实词构成。例如下面这段用“伪”德文写成的告示，它过去常常被张贴于英语国家大学的计算机中心：
ACHTUNG! ALLES LOOKENSPEEPERS!
Das computermachine ist nicht fuer gefingerpoken und mittengrabben. Ist easy schnappen der springenwerk, blowenfusen und poppencorken mit spitzensparken. Ist nicht fuer gewerken bei das dumpkopfen. Das rubbernecken sightseeren keepen das cottenpickenen hans in das pockets muss; relaxen und watchen das blinkenlichten.
为公平起见，德国的计算机操作员也如法炮制，将这段文字翻译成了“伪”英文，并把它贴了出来：
ATTENTION
This room is fulfilled mit special electronische equippment. Fingergrabbing and pressing the cnoeppkes from the computers is allowed for die experts only! So all the“lefthanders”stay away and do not disturben the brainstorming von here working intelligencies. Otherwise you will be out thrown and kicked andeswhere! Also: please keep still and only watchen astaunished the blinkenlights.
任何一个见识稍广的人都知道，乔姆斯基在其学术生涯中的一大贡献是提出了“深层结构”（deep structure）的概念，以及一组能将深层结构映射为“表层结构”（surface structure）的“转换规则”（transformation）。在行为主义盛行的20世纪60年代，乔姆斯基的这些术语一石激起千层浪，深层结构一词逐渐被用来指代任何一种含而不露、深奥难测的对象，或者具有普遍、深远意义的事物。没过多久，学界就开始热烈地讨论视觉感知、故事、神话、诗歌、绘画、音乐作品的深层结构。然而，我不得不透露一个颇为煞风景的事实：深层结构只是语法理论中一个平淡无奇的工具，它既不代表句子的意义，也并非为人类语言所共有。虽然普遍语法和抽象的短语结构似乎是语法理论的永恒特征，但许多语言学家都认为深层结构并非不可或缺，就连乔姆斯基本人在他的最新著作中也发表了类似看法。为防止人们对“deep”（深层）一词产生过多联想，如今的语言学家通常将其称之为“d-结构”，它实际上是一个很简单的概念。
根据前文所述，如果要构造一个正确的句子，首先必须满足动词的需要：动词词条中所列举的所有角色必须按部就班地出现在指定位置。但在许多句子中，动词的需求似乎并没有得到满足。例如，动词“put”需要一个主语、一个宾语和一个介词短语。无论是“He put the car”还是“He put in the garage”，听起来都不完整。那么，我们又该如何解释下面这些合乎语法的句子呢？
The car was put in the garage.
汽车被停在车库里。
What did he put in the garage?
他把什么停在了车库里？
Where did he put the car?
他把汽车停在了哪里？
在第一句中，即便缺少宾语，动词“put”也没有问题，这似乎与它的属性不符。而且，此时的它绝不能携带宾语，像“The car was put the Toyota in the garage”这样的句子显然贻笑大方。在第二句中，“put”一词也同样缺少宾语。在第三句中，“put”缺少必备的介词短语。这是否意味着我们应该为“put”一词增加新的条目，以便它可以在没有宾语或介词短语的情况下出现呢？显然不是，否则像“He put the car”“He put in the garage”这样的句子就会大行其道。
其实从某种意义上说，那些必需的短语实际上是存在的，只不过它们并没有出现在预期的位置。第一个句子是被动结构，扮演“所放之物”角色的名词短语“the car”并没有按照惯例充当宾语，而是出现在了主语的位置。第二个句子是特殊疑问句（即由“who”“what”“where”“when”和“why”领起的问句），“所放之物”的角色由“what”一词充当，出现在句首。在第三句中，“放置之处”的角色也出现在句首，而非像通常那样跟在宾语之后。
我们可以用一套简单的理论来解释上述所有状况：每个句子都拥有两种短语结构。到目前为止，我们所讨论的结构都是深层结构，它是由超级规则所规定的结构。深层结构是心理词典与短语结构的接口。在深层结构中，动词“put”的所有角色都出现在它们的预期位置。然而，通过所谓的“转换”操作，句中的短语可以“移动”到树形图中有待填补的空当中去，而这个空当就是该短语在句中的实际位置，这个新的树形图就是表层结构（如今被称为“s-结构”，因为“表层”一词容易使人们缺乏对它应有的尊重）。以下是被动句的深层结构和表层结构：
在左边的深层结构中，“the car”出现在动词要求的位置上；但在右边的表层结构中，它则处于句中的实际位置。在表层结构中，由于转换操作而移动的短语会在其空出的位置上留下一个无形的符号，这个符号被称为“语迹”（trace）。语迹的作用是提醒人们被移动的短语所扮演的角色。它告诉我们，要确定“the car”在整个事件中的所作所为，我们就必须在动词“put”的词条中查找“宾语”的位置。根据词条内容，这个位置表示“所放之物”。正是由于语迹的存在，表层结构才能囊括必要的信息，从而还原句子的意义，而原初的深层结构只是用来调取心理词典中的正确词条，它本身不起任何作用。
为什么语言要多此一举，既有深层结构，又有表层结构呢？这是因为，如果要生成一个适用的句子，就不仅仅需要依靠深层结构来满足动词的要求。通常，一个给定的概念必须同时扮演两个不同的角色：一个是由动词短语中的动词规定的角色，一个是与动词无关、由树形图中的其他层级规定的角色。试着比较“Beavers build dams”（海狸建造水坝）和它的被动句式“Dams are built by beavers”（水坝由海狸建造）。就动词短语的层级（即“A对B做了什么”）而言，这两个句子中的名词扮演的是相同的角色，“beavers”（海狸）是建造者，“dams”（水坝）是建造的对象。但从句子的层级（即“主谓关系”或者“A是否适用于B”）来看，它们的角色则各不相同。主动句表述的是与海狸相关的一种普遍现象，而这恰好符合客观事实；被动句表述的则是与水坝相关的普遍现象，但它却是一个假命题（因为有些水坝并非由海狸建造，如大古力水坝）。表层结构既可以将“dams”一词放到句子主语的位置上，又可以通过语迹的帮助，将它链接到动词短语中的原来位置，从而起到一石二鸟的功效。
表层结构能够在移动短语的同时仍然保留它们所扮演的角色，这种能力给英语这种讲求语序的语言提供了一定的回旋余地。例如，一些通常深埋于树形图中的词语可以被调到句子的前端，以便在第一时间用最重要的信息勾住听者的耳朵。比如说，如果一位冰球解说员一直在描述内文·马克威特（Nevin Markwart）的场上表现，他会这样说：“马克威特刺伤了格雷茨基！”但是，如果解说员描述的对象是韦恩·格雷茨基（Wayne Gretzky），他则会说：“格雷茨基被马克威特刺伤了！”此外，由于被动分词有权决定深层结构中的施动者角色（即通常意义上的主语）是否出现，因此，当有人希望回避这个角色时，这种句式就大有用武之地了，例如里根总统用来推卸责任的名言：“Mistakes were made.”（错误已经铸成。）
为不同情景中的参与者分配不同的角色，这是语法的拿手好戏。例如下面这个特殊疑问句：
What did he put [语迹] in the garage?
他把什么放在了车库里？
在这个句子中，名词短语“what”拥有双重身份。在表示“A对B做了什么”的动词短语层级里，语迹的位置表明该事物扮演的是“所放之物”的角色，然而在表示“A是否适用于B”的句子层级里，单词“what”表明这个句子的重点是要求听者告知某个未知事物的情况。如果让一位逻辑学家来表述句子背后的意义，他会说：“设有某物X，约翰将X放在了车库里。”当这些操作与句法的其他组件一并运用的时候，例如“She was told by Bob to be examined by a doctor”（鲍勃叫她去看医生）、“Who did he say that Barry tried to convince to leave”（他说巴里试图劝说谁离开呢）、“Tex is fun for anyone to tease”（特克斯是人们取笑逗乐的对象）等句子，各个组件相互作用、相互影响，形成一条逻辑上的推导链，并由此决定整个句子的含义，而这整个过程的精密程度不亚于组装一块瑞士手表。