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道光二十年（1840）第一次鸦片战争以后，随着中国逐步沦为半殖民地半封建社会，作为主要反映与代表封建社会下层民众人生理想和现实要求的民间秘密宗教，也进入了一个新的发展阶段，因而表现出鲜明的时代特点，发挥了重要的社会功能，对晚清历史与社会发展造成了巨大而深远的影响。
在清代民间秘密宗教发展史上，清中叶曾是一个民间秘密宗教运动空前兴盛和清政府大兴“邪教逆案”的历史时期。经过长达半个多世纪血与火的生死搏斗，民间秘密宗教中的绝大多数教门被清政府残酷镇压，遂使民间秘密宗教运动在嘉庆末道光初暂时转入低潮。但是，自鸦片战争始，在民族灾难和阶级压迫日趋深重的形势下，先是那些在清中叶遭受清政府严厉查禁的教门乘机而起，立即在全国范围内掀起了一场民间秘密宗教运动。
道光二十三年（1843）三月，青莲教漏网骨干李一沅、陈玉贤、彭德源等人秘密会聚湖北汉阳，决定复兴青莲教，并按“五行十地”重建组织，分头向各地传教，其教势很快遍及川、陕、甘、湘、鄂、苏、浙、桂、粤、皖、赣、滇、贵等省。
随后，斋教也在江南各地重新活跃起来。所谓斋教，即清中叶南传无为教各种支派的统称。雍正、乾隆年间，各省无为教均遭到当局多次镇压。为躲避迫害，无为教在南方的各种支派便纷纷改换名称，分别以老官斋教、龙华会、大成教、大乘教、三乘教、糍耙教、金堂教、观音教、一字教等名称在各地流传。从嘉庆时起，清政府因上述各教派皆吃斋且多为不法，故将其统称为“斋教”或“斋匪”。据清档记载，自道光二十六年（1846）起，至光绪中后期止，在广东、广西、江西、福建等省，都有斋教的频繁活动，并出现了斋教部分教派与会党融合的趋势。
与此同时，主要流布于福建的三一教和盛行于浙江的长生教等教门也都先后从衰微走向复兴。在此期间，有的教门如青莲教福建分支先天道和三一教等，还随着移民传入台湾和东南亚一些国家，在海外华人区域流传。
与此遥相呼应的北方教门复兴运动也如火如荼。八卦教这个在清中叶震撼华北大地的重要教门，虽屡经乾隆、嘉庆两朝严厉查禁，受到沉重打击，但其余党仍不屈不挠，秘密传教。特别是它的分支离卦教于咸丰年间重整旗鼓，再次崛起于河南、山东两省，令世人瞩目。此外，像黄天道、红阳教、龙天道、天地门教、在理教等这些明代中末叶和清初诞生的老牌教门，也在直隶等省重新兴盛起来。
同治末年，黄天道徒开始修复嘉庆时被清政府拆毁的该教创教祖师李宾墓地——直隶万全碧天寺。光绪元年（1875）庙成，并更名普明寺（李宾号称普明佛转世，教内尊称普明祖）。该庙殿宇六进，规制宏丽，正殿内雕有黄天道五祖塑像，为万全庙宇之冠，是晚清北方民间秘密宗教中唯一的一座公开庙宇。
红阳教此时也开始从秘密走向公开，重建佛堂，定时举行“晾经会”，展览所藏宝卷，并不时为信徒举办各种道场法会。
龙天道则继续以其传世经典《家谱宝卷》中的宗教谶纬思想影响其他教门。
天地门教与在理教自清初创立时起，就是两个比较安善的教门，前者以“说唱好话”为特征，后者则以“戒食烟酒”为宗旨。尽管如此，在清中叶清政府大规模清剿民间秘密宗教过程中，这两个教门也未能幸免。此时，天地门教亦开始重新传教，其传播地区，已从直鲁两地扩展到东北地区
；在理教则以天津为中心，扩展到直隶乃至东北广大地域。
不仅如此，伴随着这场由南至北的民间秘密宗教复兴运动，此一时期，还涌现出大量新教门，其中著名的有灯花教、先天道、红莲教、真空道、黄崖教、刘门教、九宫道、末后一着教、皈一道、圣贤道、普渡道等。这些新教门大多与老教门有着组织上和思想上的渊源，如灯花教、先天道、末后一着教均由青莲教派生而来，而普渡道又为先天道分支；九宫道与八卦教有着千丝万缕的联系；圣贤道则是离卦教的易名。这里尤其值得一提的是，黄崖教与刘门教这两个由学术团体转化而成的教门，分别以各自独特的宗教思想和鲜明的政治倾向，使这一时期的民间秘密宗教运动大放异彩。于是，清代民间秘密宗教运动历经鸦片战争前短暂的沉寂之后，由于西方列强的不断入侵和清朝政府的日益腐败，终于又步入了一个老教门竞相复兴，新教门大量涌现，从而再度获得充分发展的历史时期。
晚清民间秘密宗教在教义思想方面，承袭了明中叶以来民间秘密宗教中流传的宗教思想。这种宗教思想，就是以无生老母为最高崇拜，以弥勒佛为信仰核心，以真空家乡为理想境界，主张三教归一，强调三期末劫，重视末后一着的普度功效。尽管这一时期出现了像黄崖教、刘门教这样两个以宗教化的儒家陆王心学为信仰核心的教门，但是它们并不代表民间秘密宗教的主流，绝大多数教门崇奉的仍然是上述传统的教义宗旨。然而，在仪式与经卷方面却发生了明显的变化，这就是在仪式方面倡行设坛扶鸾（又称扶乩），并由此在经卷方面产生了一种新的体裁即坛训（又称鸾书）。
约在明初，民间秘密宗教中出现了一种名叫“宝卷”的经卷，它是民间秘密宗教记载教义、仪式、规戒等方面知识的专门典籍，也是民间秘密宗教从事宗教活动的依据。明末清初，是民间秘密宗教刊刻宝卷的鼎盛时期，几乎是“每立一会，必刻一经”。
当时，刊刻的宝卷，不仅数量大，而且装帧考究，较之佛道经卷尤有过之。正因为如此，明末清初的封建统治者在查办民间秘密宗教时，每次都把搜缴、焚毁宝卷作为重要任务，这就遏制了宝卷的编写与刊行，此种状况一直持续到嘉庆年间。此后，民间秘密宗教中的一些教门，虽然也编写了一些宝卷，但主要是对明末清初宝卷的抄袭或改编，没有太大的发展。
鸦片战争以后，随着民间秘密宗教运动的再度勃兴，一种更适合民间秘密宗教迅速发展需要的经卷——坛训应运而生。坛训均为扶鸾的产物，与宝卷内容大同小异，但编写与制作却比宝卷简单，多是十言韵文，偶有五言、七言者，字数多者一二千，少者几百，因此很便于流传。此风一开，立即风靡全国。最迟至清末，鸾堂（举行扶鸾仪式的场所）几遍国中，设坛扶鸾成为民间秘密宗教的一项主要活动。举凡宣讲教义、吸收信徒、求医问药、聚敛钱财，乃至组建教门、发动起事等，都要设坛扶鸾。降坛“显圣”垂训的神灵，主要有无生老母、弥勒古佛、吕祖洞宾、关圣帝君、观音菩萨及各教门创教祖师等，由此产生的坛训多如牛毛，编印坛训的“善书局”也随之大量出现。这一时期，坛训的编写与制作数量之大，流布之广，影响之深，都是宝卷无法比拟的，因而构成了晚清社会的一大景观。
此外，晚清民间秘密宗教在组织结构上也趋向复杂。这一时期，在一些老教门中，虽然还流行着明末清初形成的“内安九宫，外立八卦”的组织形式，但在大部分新教门中，已经抛弃了这个传统，开始建立独自的组织系统。如先天道，其道内教职从上至下有家长、十地、顶航、保恩、引恩、证恩、天恩、众生八个等级。又如九宫道，其教首李向善将其组织分为十八“天”、五大“会”，他自己则以中皇天、天督的名义统一号令各“天”“会”。十八“天”各“天”，均设天督一人，负责掌管全“天”道务。“天”之下分若干“总盘”，设正、副总盘主各一人。“总盘”下又分若干“分盘”，设正、副分盘主各一人，下辖若干“小盘”，每“小盘”设正、副小盘主各一人，管辖二十四名道徒。五大“会”各会设总领一人，下设若干“直属大头绪”，辅佐总领掌管全“会”道务。“会”下辖若干支会或分会，分别设正、副会主负责本支会道务。如此繁杂的组织系统，对内可以严密控制徒众，对外可以迅速扩大教势。晚清民间秘密宗教中的大多数新教门之所以能在极短的时间内，使自己的教势跨越数省，乃至遍及全国，组织结构上的这种明显变化，是其重要原因之一。
与以往的民间秘密宗教相同，晚清民间秘密宗教也在下层民众中发挥了精神寄托和心灵慰藉的社会功能。
鸦片战争以后，在西方列强和清朝政府的双重剥削与压迫下，下层民众更加困苦。广大农民和其他劳动群众面对现实中的苦难，迫切要求改变自己的悲惨命运，但是他们却找不到出路，只能仰望苍天，希望在那里寻求救星。而此时仍处于正统宗教地位的佛教与道教，由于其教义与仪式异常繁缛，经卷深奥难懂，再加上其本身的急剧衰落，已缺乏吸引力。于是，教义通俗易懂、仪式简明易行的民间秘密宗教，再度拨动了下层民众的心弦。这一时期的民间秘密宗教，无论是老教门，还是新教门，都成为下层民众争相皈依的对象。尤其是一些教门还兴办了一些慈善公益事业，甚至建立起“理想王国”，更使下层民众趋之若鹜。如光绪年间的在理教，经常向寡妇发放救济款物，对死亡贫民施舍棺匣，掩埋倒毙街头的无主尸体，特别是大量发放戒食鸦片药物，或配备医生施治，都受到了下层民众的欢迎。此时，真空道也以帮助人们戒除鸦片烟瘾而声著南北，刘门教则以年终发放米票、四季施衣施药以及施棺、施义地等慈善活动蜚声西南。又如黄崖教于咸丰年间在山东肥城境内黄崖山垒石为寨，建立起财产公有、教养兼施、君师合一、士农商兵相结合的村社式的“理想王国”，成为齐鲁大地上的一方乐土，来归者达两千家，人数累万。光绪年间，普渡道以广西田林三川洞云帘寺为据点，建立起强大的寺院经济，道徒耕织自给，成为远近闻名的“洞天福地”。
然而，更为重要的是，晚清民间秘密宗教组织还继承和发扬了以往民间秘密宗教的叛逆性格与战斗精神，在晚清历史上组织和策动了一次又一次的农民暴动和农民起义，沉重地打击了清朝封建专制统治和西方侵略势力。
咸丰七年（1857）十二月，灯花教白号军攻陷贵州思南府（今贵州思南），杀死知府福奎，全省震动。咸丰八年（1858）二月，灯花教黄号军又在乾溪梅林寺起义。此后，灯花教号军以崇山峻岭为据点，纵横驰骋于黔省及黔川、黔湘、黔鄂边毗地区，与清政权斗争达十余年之久，直到同治七年（1868）六月，才被清廷剿除。几乎与此同时，离卦教女教首郜姚氏为配合捻军作战，于咸丰十一年（1861）八月，在山东归德府（今属河南商丘）马牧集北金楼寨发动教民举行反清起义，附近农民纷纷参加，屡次打败清军。同治元年（1862）四月，清军统帅僧格林沁亲率装备有新式洋枪的大军前来镇压。义军以金楼寨为据点，与僧格林沁率领的优势清军激战三个月，毙敌一千多，终因寨墙被敌炮轰破，义军与清军肉搏，全部壮烈牺牲。
同治五年（1866）二月十五日，福建崇安境内斋教发动起义。数千名斋教徒“头裹白巾、红巾、绿巾”，手持刀矛及书写“天国普有”的旗帜，突然杀入崇安县城，归附者颇众。二十一日，又攻入建阳县城。二十六日，义军一部回师崇安县城，另一部则入九龙山，闽浙总督左宗棠急调六路大军分头进剿。二月底，义军避入大浑岚角一带，被清军围困，“兜剿捕杀”，近千名义军突出岑阳关，向江西上饶、铅山一带奔逸。三月初三日，义军被阻，遂与清军“刀矛搏刺，枪炮环应”，进行了一场殊死战斗，义军不支，退入平顶山，被清军“悉数扑灭”。
是年十月，黄崖教首张积中面对山东当局的清剿，官逼民反，率领教徒在黄崖山起义。山东巡抚阎敬铭先是对义军劝降未成，遂动用武力镇压，张积中与所部两千多人全部殉难，无一投降。
进入光绪朝以后，民间秘密宗教中的许多教门又把斗争矛头指向作恶多端的外国教会，掀起了规模浩大的反洋教斗争。光绪十七年（1891）十月初，金丹道、在理教在热河东部发动了大规模的武装暴动，旨在“杀贪官，毁教堂”
，表明了这次起义具有反对封建统治和打击天主教会侵略势力的双重性质。金丹道为青莲教北传直隶的分支，在热河东部平泉（今属河北）、建昌（今属辽宁）、赤峰（今属内蒙古）、朝阳（今属辽宁）一带有着广泛的群众基础。在理教本是比较安善的教门，在此之前，没有参与过任何一次农民暴动或起义。在蒙古王公贵族和外国天主教势力的双重压迫下，在理教也奋而起事，以响应金丹道领导的武装暴动。这次起义历时两个多月，后被清军血腥镇压。光绪二十一年（1895）六月，福建古田又爆发了斋教领导的反洋教斗争，“聚集多人，顿成巨案”。
此后，在全国各地的反洋教斗争中，都可以看到民间秘密宗教的活动踪迹，它们如涓涓细流，终于在光绪二十六年（1900）汇合成汹涌澎湃的义和团运动。
晚清政府对民间秘密宗教的镇压，比其前辈更加残酷。一方面，清当局继续使用铁血政策，大肆屠杀敢于举旗造反的教门领袖及其徒众。青莲教复兴不久，就遭到了上自皇帝下至各地督抚大员的全力剿捕追杀。道光二十五年（1845），李一沅等青莲教头目和骨干二十余人，先后在甘肃、陕西、湖广、四川等地被捕处死。
同治元年（1862）七月，清军“破金楼，屠其众，擒郜姚氏，斩于军前，士卒剖其胎而食之”。
同治七年（1868），灯花教起义失败，教首刘仪顺等人，或被枭首示众，或被处于凌迟极刑。光绪十七年（1891），热河金丹道武装暴动失败后，其教首杨悦春同样被凌迟处死。为了镇压义和团运动，清政府不惜与帝国主义相勾结，使成千上万的义和团民倒在血泊之中。
另一方面，晚清政府继续企图从思想上消弥民间秘密宗教在下层民众中的影响。这一时期，清当局除了颁布大量上谕，严禁民间秘密宗教活动之外，还于光绪九年（1883）重刊《破邪详辩》一书。该书为道光年间直隶官僚黄育楩编著，集中代表了清代封建统治阶级攻击、诋毁民间秘密宗教的政治立场。该书包括《破邪详辩》三卷、《续破邪详辩》一卷、《又续破邪详辩》一卷、《三续破邪详辩》一卷四部分、卷首一卷，录康熙“圣谕”、《大清律例》禁邪类条文、道光帝关于王法中等案上谕。该书四部分陆续刊刻于道光十四年（1834）正月、十九年（1839）九月和二十一年（1841）七月，均为黄育楩自费刊刻，为北京五云堂书坊刊本。据作者《又续破邪详辩》自序，得知尚有一种道光年间直隶省城刻本。该书刊印后，经作者和各地官府散布者数以万计。在全国民间秘密宗教运动迅猛发展的形势下，荆州将军府于光绪九年（1883）再次刊印该书，还请出宗室祥亨作序，称赞此书“洵为有功世道之书”，借以在更大范围内抵制民间秘密宗教的影响。但晚清当局的任何对策都是徒劳的，直到清王朝最后灭亡，民间秘密宗教也没有被彻底消灭。
民间秘密宗教作为思想观念上的一种意识形态和作为客观存在的一种社会组织，以极其活跃的姿态，在晚清社会历史上打上了深深的印记。与以往任何历史时期的民间秘密宗教一样，晚清民间秘密宗教也曾抒发了下层民众的宗教情感，并成为下层民众追求人生理想的思想源泉和反抗封建暴政与帝国主义侵略的战斗旗帜。但是，随着时代的前进，在近代科学与文明进步潮流的荡涤下，古老的民间秘密宗教越发暴露出它的格调低下和荒诞不经。它对晚清封建专制制度的离异与反叛以及对帝国主义侵略的反抗斗争，无论是采用批判的武器，还是采用武器的批判，都没能改变黑暗的现实世界，反而在民间掀起了一场新的造神运动和偶像崇拜狂潮，为下层民众套上了一具更为沉重的精神枷锁，并对社会发展造成了非常消极的影响。进入民国以后，民间秘密宗教运动继续发展，绝大多数教门迅速走向反动，既说明了作为封建社会产物的民间秘密宗教，只要产生它的根源和滋生它的土壤依然存在，民间秘密宗教活动就永远不会终止；同时也说明了民间秘密宗教由于它本身固有的愚昧与落后，必然被中外反动势力所利用，也必然被历史所淘汰。
原载《天津社会科学》1998年第5期