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对于西蒙来说，这项探索始于“人类行为在社会环境中的原子现象”。 5 他相信，最具原子性的现象就是“选择”这种基本行为。如果能够揭示人类社会的原子如何以及为什么选择做这件事情而不是做另一件事情（遗传与个性、教育与环境的力量如何协力促成某个人选择右边或者左边的路），如果可以弄清个体如何做出选择，或许就可以构建起关于人类行为的真正的科学体系。
在20世纪三四十年代西蒙形成这个目标的时候，面对选择这个问题，学术界存在两种强大的、影响广泛的、明显势不两立的处理方式。每种方式的支持者都把自己的方式看作通向伟大综合的正确道路，并寻求把另一方的元素纳入其中，然而总是功亏一篑。其中一种方式强调个体社会原子的选择自由，把个体视为意图实现自我价值最大化的理性选择者。这种理解人类行为的方式得到了正在崛起的数理经济学先驱们的认同，尤其是芝加哥的考尔斯经济研究委员会（the Cowles Commission for Research in Economics）里的那一批。这种观点主要把物理学和工程学看作思想和灵感的源泉，而效率是他们的中心概念之一。这一派的思想被概括为博弈论、新古典效用理论和统计决策理论，统称为“关于选择的科学”。
看待人类行为的另一种基本方式认为，个体是可塑的生物体，由其社会环境塑造。社会科学领域的大多数学者都认可这种观点，包括行为主义实验心理学、社会学、社会心理学、人类学和政治学，统称为“关于控制的科学”。生物学，尤其是实验生理学，是典型的关于控制的科学，而“适应”是一个关键的概念。这种方法主要体现在以下方面：哈罗德·拉斯韦尔（Harold Lassell）和查尔斯·梅里亚姆（Charles Merriam）对宣传和权力的心理学研究、约翰·布罗德斯·华生（John B. Watson）的激进行为主义和塔尔科特·帕森斯（Talcott Parsons）的结构功能社会学。 6
尽管每一派的支持者都把自己的道路看作通向统一的行为科学的康庄大道，但是西蒙认为二者都缺少了某些对方才能提供的本质性的东西。例如，帕森斯把他的社会理论称为社会行动的“唯意志”论，但在其结构功能主义中，几乎没有留给个体选择的空间。对于相信生活中“唯一真正的确定性”是必须承担“个人道德选择的重担” 7 的人来说，这个说法恐怕很难成立。
又如，在关于选择的科学中，参与者在生活博弈中的每一步，就好像他们对自己所做的选择拥有完整的认知和完美的理由一样。西蒙认为，其实很简单，这些都是“虚幻的”假设。 8 正如他给一位同事的信中所写：“我们需要的选择者，不那么像神，而更像老鼠。” 9 即便只是意图接近这种高度理性化，这个世界对于人类来说都显得太过复杂了。
如何从这两种全然相异的人类行为模式中开创出一种统一的科学来？这不是一项简单的任务，也不会是一条笔直的道路。然而，西蒙不懈的努力将其工作的所有方面都和谐地统一了起来，最终发展出一套完整的世界观，以科学、人性和自然模型的嵌套集合的方式，把关于选择和关于控制的科学融合在了一起。
然而，西蒙并没有从职业生涯伊始就寻求创造这种统一的多层级模式。相反，他从几个基本假设入手，尝试对这几个假设进行精心加工、详细描述和形式化。首先，他相信自然界存在某种秩序，甚至人类的天性也是如此。其次，他假定这个秩序是普遍的，这就意味着复杂和局部一定是的简单和全局的具体体现。第三，他坚持认为，这种秩序是人类通过观察和推理能够认识到的，而不是靠天启。第四，他从来不怀疑，人类理性的能力是有限的，也是有意义的。
在这些假设所形成的广泛框架内，西蒙致力于发展人类行为特定方面的专门理论，尤其是那些与组织内部决策有关的理论。这些研究让他不断审视、提炼并形式化自己的假设。这些更加全面详尽的假设随后形成了一个基础，从而把他在一系列领域内的研究成果连接起来。因此，西蒙的早期项目是通过它们各自与选择问题的联系，通过认为它们之间全都以某种方式相连的直觉而关联起来的，而他晚期工作之间的关联性则更紧密、明确。他的很多项目都是一个完整计划的组成部分，而且在20世纪50年代中期之后，他每迈出新的一步，心里都在默念着这个综合模式的发展。
这个综合模式，是一个嵌套模型集合，体现了西蒙的“官僚主义世界观”。我之所以给它取这个名字，是因为西蒙把大脑和机器、有机体和组织、个人和机构全都定义为层级系统，它们尽管力量有限，但都尽其最大可能，尽可能地高度专业化，然而又紧密地联系在一起，而且都被锁死在为适应环境而不断的奋斗中。对于他来说，大脑和计算机是典型的官僚体系，官僚体系则是典型的大脑。
应景地，在西蒙的世界图景中，这种官僚化在多个层级发生。它涉及把世界重新定义为一个复杂的、层级化的系统，把各种科学重新定义为对该系统的子单位的研究，把人文科学重新定义为针对这类复杂系统的研究，而这些系统以有目的的自适应行为为特征。为了与这种科学模型保持一致，西蒙把关于选择和关于控制的科学重新定义为关于这种新的、更高层面的自适应系统的科学的组成部分。这种新科学的目标是构建形式化的人类行为模型，其方法是开发能够让一个复杂系统（比如计算机）模拟另外一种行为（比如人类大脑）的程序。因此，逻辑理论家不仅是一个新的计算机程序，还是关于科学和大脑二者如何工作的理论。
“系统”和“有限理性”的思想，是这种新理论的柱石。对于西蒙来说，整个世界都是一个系统。经济、家庭、有机个体、细胞、原子，都是复杂的层级结构系统。说它们是系统，意味着它们的组成元素之间的相互依存程度很高。说它们分层级，意味着它们具有树状结构，因而能够分解成子系统、子——子系统，并一直这样分解下去。说它们复杂，意味着层级结构中某个层级的系统行为，难以通过对较低层级的元素属性的认知来预测。
把世界预设为一个系统，对于西蒙提出的问题以及他用来回答这些问题的方法具有重要意义。首先，把世界看作一个系统，让西蒙把注意力集中在系统性的属性上，比如系统元素的组织、它们相互交流的方式、系统如何保持平衡以及整个系统用以适应自身环境的方法等。
其次，把世界看成一个系统，支持了“行为——功能”分析法。在西蒙看来，要了解个体，就只可能通过它们的行为来了解，而要了解和识别这些行为，就只能观察它们对所属系统的其他元素的影响。不仅人类是如此，物体亦然：对于西蒙来说，甚至像质量（mass）这种自然属性和个体属性，实际上也是物体在某个具体系统中的属性，而不是物体本身的属性 10 。
行为主义和功能主义也建立于系统的观点之上，这两种理论关注的是系统成分之间的关系，而不是它们的固有属性和个体属性，从而使现象分析得到了根本性的简化。执行某种功能的个体，远比具有独特历史和天性的个体更加容易理解，而对个体功能的分析，只有在它们作为系统组成部分的时候，才有可能进行。
再次，把世界看作一个系统，有助于数学上的形式化。它不必然走向数学分析（塔尔科特·帕森斯为证），但是，它确实让社会科学数理化自然而然地成为接下来要做的工作。对于西蒙来说，改革后的行为科学毫无疑问将是数学化的，因为数学是科学“发现的基础语言”。他很喜欢引用傅立叶对数学的赞美：“数学与大自然一样浩瀚无边；它定义了所有可以认知的关系，度量着时间、空间、力……它的主要特征就是明确；它没有表达含混概念的符号。它把最多样的现象结合在一起，并揭示出把它们团结起来的那些秘而不宣的相似之处。它似乎是人类大脑的一种天赋，注定就是用来补充生命的缺陷和感官的不完美的。” 11
西蒙相信，这种类型的数学形式主义适合用来对复杂的自适应系统进行建模，比如人类以及人类建立的世界，然而，它看起来并不像刻画了过去科学的特征的那种数学形式主义。新的形式主义不是表现了古典物理学特征的微分方程系统，也不是表现了量子力学特征的随机微分方程系统。相反，专门描述复杂自适应系统行为的形式主义，应该反映系统的层级结构，并能够描述一系列连贯的行为。能够做到这一点的形式就是“程序”。西蒙没有发明程序的概念，但他率先提出，程序是研究自适应系统的各个学科的基础形式。
官僚主义世界观的第二个概念基石，是西蒙标志性的有限理性原则。在他看来，人的理性是有边界的。设定边界的，不是热情或无意识，而是作为信息处理器的人类有机体的固有限制。简单来说，“人类大脑表达并解决复杂问题的能力，跟问题的大小比起来，是微不足道的，而在现实世界里，客观理性的行为需要这些问题的解决方案”。结果就是，人类参与者必须“建立一个真实环境的简化模型，以便处理这些问题” 12 。面对这些简化的模型，人类表现得很理性，但这些行为与客观理性其实没有任何的关系。理性选择是存在的，而且也是有意义的，但受到了极大的限制。
要做到理性，我们需要具备足够多的知识，或者说处理的速度要足够快，而完全只靠我们自己，这些都是做不到的。我们需要帮助，而这个帮助由我们所从属的组织提供，比如家庭、公司、政治机构。事实上，在西蒙看来，对问题的求解过程进行简化，是我们建立组织的首要原因。很简单，“我们称之为组织的行为模式，对于广义上的人类理性……是基础性的。理性的个体是，而且必须是，组织化且机构化的个体”。 13 因而，组织强加于理性的限制，并不是韦伯式（Weberian）的官僚统治“铁笼”。恰恰相反，它们正是让理性成为可能的推手。
有限理性原则是西蒙在所有领域中的基础性建筑材料，从公共管理到经济学，再到人工智能。它看似是个简单的概念，但在这些领域中，都产生了革命性的意义。比如在经济学领域，它沉重打击了新古典主义经济学家“经济人”（homo economicus）概念中利润最大化的理性这个获得广泛认同的假设。类似地，在反对试验心理学领域严格的行为主义方面，有限理性概念同样发挥了重要作用，因为它相信大脑在构建世界模型时的积极作用。
对西蒙的科学哲学来说，有限理性也具有深远的意义，因为它认为，简化模型的构建和检验，是所有思想的精华，甚至科学思想也是如此。西蒙对模型和建模的重要性的认识，可以从他一些著作的名称中窥见一斑：《人的模型》（ Models of Man ）、《思想的模型》（ Models of Thought ）、《发现的模型》（ Models of Discovery ），以及《有限理性的模型》（ Models of Bounded Rationality ）。他甚至将自己的自传命名为《我生命的模型》（ Models of My Life ）。
在西蒙对科研事业应该如何组织的看法中，有限理性同样具有很大的意义。比如，有限理性让他倡导跨学科研究，因为学科划分会以不健康的方式限制理性。尽管他真心实意地支持专业化研究——因为学科这样的社会组织对理性地解决问题来说至关重要——但他相信，这些研究必须被协调和综合起来，否则不会取得任何成果。因此，西蒙努力将他所属的机构——卡内基理工学院的工业管理研究生院，建设成跨学科研究中心，他也有意识地支持跨越学科边界的人士和项目。