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前太子元恂被废，太子之位空缺。北魏太和二十一年（497）正月初八，元宏立二儿子元恪为太子。元恪出生于太和七年（483）四月，他的母亲为贵人高照荣。元宏没有按照鲜卑旧俗赐死高贵人。
元宏向北方巡视，于二月十六日抵达平城。元宏亲自审问穆泰和陆叡等人，他们全部招供，无人喊冤。元宏把穆泰及其党羽全部诛杀，赐陆叡在狱中自尽，但饶恕了他的妻儿，让他们迁到辽西郡为平民。中书监穆罴也参加了穆泰的谋反，被贬为平民，穆罴的弟弟、司空穆亮被贬为征北大将军、开府仪同三司、冀州刺史。
处理了穆泰和陆叡等人，元宏开始处理宗室参与叛乱的元氏人马。元隆和元超都是元丕的儿子，准备发动兵变的时候，元隆把消息告诉了元丕，元丕从内心里表示赞同。因为元丕有冯太后赐的不死诏书，元宏特别赦免了元丕，把他贬为平民，诛杀了元隆和元超。元宏又贬元思誉为庶人。
之前元丕、陆叡和仆射李冲、领军于烈都被赐过不死诏书，如今元丕和陆叡被处理了，为了安慰李冲和于烈，元宏下诏对他们说：“除了谋反之外，之前的约定，如日月同光。”李冲和于烈都上表谢恩。
鲜卑部落酋长的子弟中长期养尊处优，忍受不了洛阳炎热天气者，元宏特别准许他们秋天到洛阳朝拜，次年春天再返回部落，时人称他们为“雁官”，比喻他们像大雁一样夏季北上、冬季南下。
元宏从平城折返，到达龙门（鲤鱼跳龙门之处，今山西省河津市西北）的时候，派人祭祀了夏禹，到达蒲坂（今山西省永济市）的时候祭祀了虞舜。四月十五日，元宏抵达长安，得到御史中尉李彪的密报，说元恂准备谋反。于是元宏派中书侍郎邢峦和咸阳王元禧，携带诏书和鸩酒，赐死了元恂（此时才十五岁），然后草草埋葬了事。最是无情帝王家，元恂这时已经完全没有谋反的实力，但新太子就位，为了全局考虑，他这个前太子只有死路一条了。
太和二十一年（497）六月五日，元宏回到了洛阳。都城已经迁到洛阳，也进行了全盘汉化的改革，稳定了内部局势，如今摆在元宏面前的，就是消灭南齐，统一全国。因此返回洛阳两日后，元宏迫不及待地下诏，发冀州、定州、瀛州、相州、济州等五个州的兵力二十万人，集结洛阳，准备南征。元宏把这些部队编为六支部队，分配具体的进攻或者留驻的任务。
皇后冯润准备效仿冯太后抚养元宏的做法抚养太子元恪，但首先要除掉太子的母亲高贵人。高贵人正从平城赶来洛阳，走到共县（今河南省辉县市）的时候，突然得了急病去世，当时很多人说是冯皇后害死了高贵人。
八月二十五日，元宏任命任城王、吏部尚书元澄留守洛阳，命御史中尉李彪兼任度支尚书，让他们和仆射李冲一起处理洛阳的事宜。元宏亲率大军，浩浩荡荡从洛阳南下。
正在这时，北魏的南梁州刺史杨灵珍叛变，投降了南齐，并攻打北魏的武兴王杨集始，杀死了杨集始的弟弟杨集同和杨集众，围困杨集始。元宏得到报告，命河南尹李崇为都督陇右诸军事，率领数万名精兵，前去平叛。
元宏派将领围攻赭阳，他亲率大军南下，于九月十九日抵达了南阳（今河南省南阳市），并攻克了南阳外城。南齐南阳郡太守房伯玉坚守内城，元宏派人前去劝降，房伯玉拒绝。
宛城（南阳郡治）东南河沟上有座桥，元宏要率队从桥上经过。房伯玉提前得到消息，派敢死队数人，身穿彩衣，头戴虎头帽，埋伏在桥下，准备行刺元宏。元宏带领人马经过桥上，埋伏在桥下的武士突然窜出，元宏大惊失色，赶紧后撤，身边数人被砍倒。元宏大喊：“原灵度何在？”神箭手原灵度快马上前，拉弓放箭，南齐的敢死队员纷纷倒地，元宏这才躲过一劫。
再说讨伐杨灵珍的李崇，开辟小道出奇兵，大败杨灵珍，杨灵珍逃回汉中。捷报传来，元宏大喜道：“李崇使我没有了后顾之忧啊！”于是，他任命李崇为都督梁、秦二州诸军事，兼凉州刺史。
元宏命咸阳王元禧继续攻打南阳，他率军攻打新野（今河南省新野县），南齐新野太守刘思忌坚守。
南齐高宗萧鸾为了减轻正面战场的压力，派徐州刺史裴叔业进攻北魏的虹城（今安徽省五河县），俘虏了北魏男女四千多人。萧鸾又派太子中庶子萧衍和右军司马张稷增援雍州。
战局对北魏有利，北齐前军将军韩秀方等十五名将军主动来降。北魏军又擒获了将军王伏保等人。
南齐将军王昙纷率军一万人攻打北魏南青州的城池黄郭戍（今江苏省连云港市赣榆区），北魏戍主崔僧渊率军迎战，大破南齐军。
南齐将军鲁康祚和赵公政率军一万人攻打北魏的太仓口，北魏豫州刺史王肃派长史傅永迎战。傅永在淮河埋下伏兵，大败乘夜偷袭的南齐军，杀死鲁康祚，生擒赵公政。
裴叔业进攻北魏的楚王戍（今安徽省临泉县西南），王肃命傅永迎战，傅永在城下埋下伏兵，大破裴叔业军，裴叔业狼狈逃走。元宏得到战报，大喜，封傅永为安远将军、汝南太守，封贝丘县男。
北魏统军李佐攻克了新野，生擒太守刘思忌，刘思忌宁死不降，李佐斩刘思忌。
南齐的湖阳戍主蔡道福、赭阳戍主成公期、舞阴戍主黄瑶起和南乡郡太守席谦弃城而逃。黄瑶起跑慢了，被北魏军俘虏。因他杀死了王肃的父亲王奂等人，元宏把黄瑶起交给王肃处理。王肃杀了黄瑶起，将他剁成肉酱吃了。