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北魏和平元年（460）四月，控制北魏朝政长达九年的常太后去世，年龄不详。拓跋濬十分悲痛，颁布诏令，痛悼三日，给常太后的谥号是昭太后。依据常太后生前意愿，把她葬在了广宁磨笄山（又称鸡鸣山或鸣鸡山，在今河北省怀来县西北鸡鸣驿）。
拓跋濬得报，接受北魏封赏的吐谷浑可汗慕容拾寅怀揣二心，又接受了刘宋的封赏，而且所住的宫殿、出行的仪仗，堪比帝王。北魏文武大臣对此很憎恶，要求出兵攻打吐谷浑。
六月四日，拓跋濬命征西大将军、阳平王拓跋新成（拓跋濬的异母弟弟）等人，督率统万镇、高平镇的军队，走南路；命南郡公李惠，督率凉州各路兵马，走北路，攻击吐谷浑。七月，拓跋濬亲自前往河西视察。
北魏两路大军浩浩荡荡，行进到了西平（今青海省西宁市）。慕容拾寅早已得到消息，自知不敌，率众逃入了南山之中。九月，北魏大军南渡黄河，准备追击，这时，军中出现了瘟疫，只好班师。此次出兵，北魏军共缴获各类牲口三十多万头。
刘宋和北魏和平相处好几年了，因为这几年中，北魏内部发生了宗爱之乱等事件，刘宋内部也发生了权力斗争。南朝宋元嘉三十年（453），宋文帝刘义隆准备罢黜太子刘劭，结果刘劭先下手为强，把老爹刘义隆杀死，登上了帝位。刘劭的行为激起了其他诸王的反抗，他的弟弟刘骏起兵攻入建康，杀死刘劭，自己做了皇帝。所以刘宋也无暇攻击北魏，两国之间没有发生大的战事。
拓跋濬为了进一步缓和与刘宋的关系，派使者到建康进行友好访问。刘骏也派使者到平城进行了友好访问。
和平二年（461）夏季，北魏国内发生大旱，土地干裂，庄稼大面积死亡。古人迷信，拓跋濬以为是上天惩罚，于是下诏说：“州郡境内，不论神庙大小，都要予以整修，打扫干净，进行祷告求雨。等到丰收以后，按照神仙等级大小，再行祭祀。”
众佛教信徒利用这次机会，把过去毁坏的庙宇纷纷修复。从太平真君七年（446）二月太武帝灭佛算起，到今年已经十六年了，拓跋濬诏书的颁布，宣告了这次运动正式结束。佛教在北魏境内再次兴起。
和平六年（465）五月十一日，拓跋濬在平城逝世，年二十六岁。按照旧有规制，国家遇有大丧，三天以后，御衣及所用器物要一并烧毁，百官及后宫嫔妃要在旁痛哭流涕。当时冯皇后异常悲痛，边哭边喊，突然站起来冲进了大火之中，旁边的人大惊失色，赶紧前去援救。冯皇后过了好长一段时间才苏醒过来。
拓跋濬被葬于旧都盛乐的金陵，谥号文成皇帝，庙号高宗。拓跋濬共有七子一女，分别为拓跋弘、拓跋长乐、拓跋略、拓跋简、拓跋若、拓跋猛、拓跋安平和西河公主。这些子女均为别人所生，冯皇后没有为拓跋濬生下子女。
拓跋濬继位时，国库空虚（拓跋焘在位三十年，对外战争进行了二十一次，财政开支大），朝政不稳，民心动荡。拓跋濬无为而治，与民休息，减少行政干预，到各处视察，平复民心，生产逐渐恢复。
五月十二日，太子拓跋弘（本年十二岁）即位，大赦，尊冯皇后为冯太后。
此时朝中大权掌握在侍中、车骑大将军乙浑的手中，他是已去世的常太后的宠臣。乙浑和宦官林金闾里应外合，假传圣旨，把政敌尚书杨保年、平阳公贾爱仁、南阳公张天度杀死在宫中。
乙浑为人狂妄无礼，多有不法之举，之前侍中、司徒、平原王陆丽多次举报，与他结仇。乙浑目前专擅朝纲，认为报复陆丽的时候到了，他派司卫监穆多侯携圣旨，前去代郡温泉召正在养伤的陆丽回京。
穆多侯见到陆丽，劝道：“乙浑目无君王，今皇帝刚刚驾崩，王爷德高望重，为权臣所忌，您最好停留在此，观察事态变化。等到朝廷平静下来之后，您再去不迟。”
陆丽感谢穆多侯的良言相劝，叹息一声道：“哪有听到君王去世，考虑自身安危而不赴丧的呢？”
陆丽随穆多侯快马赶到了平城。穆多侯同陆丽讲的话也传到了乙浑的耳中，五月十六日，乙浑同时杀害了陆丽和穆多侯。
此时皇帝年幼，冯太后势力还单薄，只能对乙浑采取隐忍的策略。五月十七日，朝廷擢升乙浑为太尉、录尚书事，安东王刘尼为司徒，尚书左仆射和其奴为司空。和其奴是鲜卑人，善于骑射，为人严整，遵纪守法，从不接受私下请托事项。
殿中尚书拓跋郁准备诛杀乙浑，他率领殿中宿卫兵准备对乙浑动手。乙浑得到风声，把杀害杨保年等人的罪责全都推到林金闾头上，把他交给拓跋郁处置。和其奴讲情，林金闾得以贬为定州刺史。乙浑躲过这次危机之后，找机会把拓跋郁杀害了。
七月二日，朝廷擢升乙浑为丞相，位居各位亲王之上，朝廷大小事务全都交给乙浑决断。振威将军、阳都子贾秀掌管吏朝事，乙浑的妻子是平民出身，乙浑想为她谋求个公主的称号，跟贾秀说了好几次，贾秀都沉默不语。
乙浑憋不住，勃然大怒，对贾秀吼道：“公事你对我言听计从，我为妻子求公主的称号，你为什么一直不答应？”
贾秀情绪也有些激动，慨然说道：“公主的称号，是帝王皇家专属，尊崇至极，给庶族封上公主的称号，并不合适。如果您非要为夫人取得这个称号，我只有自杀以谢天下。我宁愿死在今朝，也不被后世取笑。”
众人听得这番话，都大惊失色，为贾秀的人身安全担忧，但贾秀神态自若。乙浑大怒，准备找机会除掉贾秀。
冯太后也在紧锣密鼓地筹划除掉乙浑，她身边聚集了侍中拓跋丕（拓跋焘弟弟）、冯氏外戚和宦官杞道德等人。他们经过商量，决定让拓跋丕告发乙浑谋反，然后趁势除掉乙浑。
天安元年（466）二月二日，冯太后接到拓跋丕的上书后，下令逮捕乙浑。拓跋丕率领拓跋贺、牛益得等人，逮捕了乙浑，就地正法。从此，朝政归于冯太后之手。