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北魏司徒崔浩才华横溢，精通儒家经典著作，深谙阴阳五行之术，对事情发展的预见性很精准，因此深得太武帝拓跋焘的欣赏和信任，在朝中可以说是一人之下，万人之上。
一些大族南渡之后，清河郡崔氏成为北方第一大族，崔浩又是崔氏最显贵的一支。崔浩出身高门，他的政治理想是恢复贵族阶级的统治，就是想要把高官和博学结合起来。因此他“大欲齐整人伦，分明姓族”，他的这一举措，势必引起一些鲜卑贵族和汉人寒族的反对。鲜卑贵族缺少的是文化，寒族中有文化的缺少门第，这对他们都是不利的。
崔浩的外甥卢玄对此深感忧虑，劝崔浩道：“创立制度，建立功业，要符合时代特点，现在乐意这么做的，能有多少人呢？请您三思而后行。”崔浩没有接受。
崔浩对出身高门之人的欣赏也溢于言表。永嘉之乱时，太原大族王氏南渡，王氏后人王慧龙因故投降了北魏。王氏世代都是酒糟鼻，鼻子大，崔浩看到王慧龙的鼻子比较大，由衷地说道：“真是贵种矣！”他数次在朝中大臣面前称赞王慧龙。这引起了鲜卑贵族长孙嵩的极大不满，他向拓跋焘告状说，崔浩赞叹南方人，看不起鲜卑人。拓跋焘大怒，把崔浩召过来，劈头盖脸就是一顿训斥。崔浩很紧张，脱下官帽谢罪，拓跋焘才作罢。
崔浩在朝中拥有巨大的影响力，这也势必与储君、太子拓跋晃发生冲突。
有一次，拓跋焘命崔浩选择中书学生中才能和学业都优异者担任助教。崔浩推荐了他的门下弟子箱子、卢度世和李敷三个人应选。给事高谠的儿子高祐和尚书段霸的儿子等人也都盼着这个位置，因此认为崔浩选拔不公，向太子拓跋晃告状。拓跋晃也认为崔浩偏私，但他没有足够的力量来改变这个决定，因此亲自向皇帝老爹拓跋焘告状。拓跋焘接到报告后，采取了一个折中的办法，既没有选用崔浩推荐的箱子等人，也没有选用高祐等人，而是选用了李䜣。
还有一次，崔浩推荐了冀州、定州、相州、幽州和并州五个州的贤士数十人，直接推荐他们做郡太守。这引起了太子拓跋晃的反对，他对崔浩说道：“之前我们选拔的隐士卢玄、崔绰、李灵、游雅等人，也是郡守的合适人选。他们具有一定的行政经验，兢兢业业，还没有对他们进行安排，应该先让他们补缺。他们留下的位置，再由新推举的人接任。且太守、县令，事务繁杂，不但管事，还要管民，由有行政管理经验的人来担任更为合适。”
崔浩这时候是司徒，主管干部人事工作，他没有理会拓跋晃的意见，坚持分派这些人出任郡守。
中书侍郎兼领著作郎高允，听说了这件事情，对东宫博士管恬说：“崔公难以免祸啊！为了达到自己的目的，而与权势之人对抗，并争得优势，权势之人又怎么能忍受得了呢？”
道武帝拓跋珪时，曾经命尚书郎邓渊撰写编年体《国记》十多卷，后来因为邓渊被赐死，这个事就停顿下来了。拓跋焘命当时还是太常的崔浩召集人续写国史，称为“国书”。崔浩召集了弟弟崔览及高谠、邓颖（邓渊儿子）、晁继、范亨、黄辅等人参与编写。拓跋焘还专门叮嘱他们“务从实录”，就是要实事求是，有什么写什么，是什么写什么。崔浩等人经过辛勤工作，写成了《国书》三十卷。
著作令史（协助修国史者）闵湛和郗标，脑子反应快，善于溜须拍马，经常拍得崔浩很舒服，崔浩对他们很是信任。崔浩曾经为《易经》《论语》《诗经》《尚书》作注，闵湛和郗标上书说：“东汉马融、郑玄、王肃、贾逵（以上四人皆为大儒）为这些书所作的注解，都不及崔公所注的精深微妙，请陛下尽收这些人所注的书，而颁布崔公所注的书为正宗，供天下读书人学习。并请陛下命崔浩注解《礼经》《左传》，让天下的读书人得到正确的理解。”
崔浩也在拓跋焘面前称赞闵湛和郗标有著述的才能。闵湛和郗标又劝崔浩，把所写的拓跋国史刻到石碑上，让大家都能看到崔浩写史的直笔，彪炳史册。崔浩这时候被闵湛和郗标的吹捧之言冲昏了头脑，没有仔细考虑这个事情的后果，准备付诸实施。崔浩征求太子拓跋晃的意见，拓跋晃竟然同意了。
于是，崔浩命人把《国书》刻到大石碑之上，把石碑立在平城南的天坛东侧，方一百步，前后共动用劳力三百万人，总算完成。崔浩写的拓跋族国史，非常翔实，包括一些政治斗争内幕，以及部落时代非常落后的风俗习惯等。大石碑矗立在交通要道，过往行人纷纷驻足观看，看过后无不惊讶连连。
鲜卑人看过后，都非常恼怒，他们集合起来，向拓跋焘告状。他们对拓跋焘说，崔浩这么做，是想暴露拓跋鲜卑族的丑陋，让汉人质疑拓跋族统治的正当性，这些人又把崔浩赞扬王慧龙鼻子大，以及他在刘裕死后劝说拓跋焘不攻打南方之事等联想起来，说崔浩用心险恶，其心可诛。拓跋焘闻听，暴跳如雷，命令把崔浩和秘书郎吏等关押起来，收集他们的罪状。
拓跋焘召见崔浩，亲自审问他关于撰写国史的情况，而这时崔浩非常惶恐、疑惑，竟然说不出话来。以崔浩的学识口才和之前同拓跋焘的关系，这是他表现自己的最好机会，也可能是拓跋焘故意给他的机会，所以才会亲自来审他。崔浩不发一言，实在不合情理，可能是他被人动了手脚，已经无法言语。能做到这点的人，极大可能就是之前同意把《国书》刻到石碑上的太子拓跋晃。崔浩拒不说话，让拓跋焘失望而去。
太平真君十一年（450）六月十日，拓跋焘下诏：诛杀清河崔氏和与崔浩同宗者，以及崔浩的姻亲范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏，统统灭族。这些都是名门望族。其他涉案者，只诛杀本人。
行刑那天，崔浩被装进囚车中，押往城南，被放置在大道旁，看押他的卫士数十人，往他身上淋尿。崔浩发出嗷嗷的叫声，路人都听得真切。崔浩年七十岁。顺便交代一句，寇谦之已于两年前死去。
拓跋焘处死崔浩后，立即就后悔了，说：“崔司徒可惜！”